Нефертити и ее супруг Аменхотеп IV прослыли большими реформаторами, они основали новую столицу Египта Амарн, они пытались распространить свою собственную религию, они заменили всех местных идолов, вместо них предложили одного — Бога Солнце. Это подрывало власть жрецов, но, пока Эхнатон был жив, священнослужители не могли помешать нововведениям. Счастье продолжалось недолго. На 12-м году правления Эхнатона и Нефертити скончалась дочь супругов, принцесса Макетатон. На стене усыпальницы, приготовленной в скалах для царской семьи, изображено отчаяние супругов, на ложе распростерта мертвая девочка. Рядом замерли родители — отец с заломленной над головой рукой, а другой рукой схвативший за руку жену, и мать, прижавшая руку к лицу, словно еще не верящая своей утрате. Пожилая нянька умершей рвется к телу любимицы, ее удерживает молодая служанка. Сцена смерти Макетатон по силе переданных чувств, бесспорно, относится к шедеврам египетского рельефа. Вскоре скончалась и царица-мать Тейе.
Смерть Макетатон, по-видимому, стала переломным моментом в жизни Нефертити. У той, кого современники называли «красавицей, прекрасной в диадеме с двумя перьями, владычицей радости, полной восхвалений… преисполненной красотами», появилась соперница. И Нефертити оказалась в опале. Остаток дней она провела в одном из второстепенных дворцов столицы. Одна из статуй, обнаруженных в мастерской скульптора Тутмоса, показывает Нефертити на склоне лет.
Ее лицо все еще прекрасно, но время наложило на него свой отпечаток, заметны следы утомления и отрешенности от всего земного. Царица одета в облегающее платье, на ногах сандалии. Она мать шести дочерей, многое в жизни видела и испытала.
Вся ее биография подробно «записана» в настенных барельефах жилого здания царской семьи. Там представлены подробные сцены из жизни фараона Эхнатона, его любимой жены Нефертити и их шести дочерей. В египетском искусстве мало произведений, которые столь подробно отражали бы любящих супругов, их благополучную семейную жизнь. Вот Нефертити с супругом и детьми, вот она сидит у мужа на коленях и придерживает рукой маленькую дочь. На одном из рельефов, обнаруженных в Ахетатоне, запечатлен кульминационный момент этой идиллии — поцелуй Эхнатона и Нефертити. И в каждой сцене присутствует Атон — солнечный диск с многочисленными руками, протягивающими царственной чете символы вечной жизни.
В чем же была причина неожиданной опалы Нефертити и крушения союза, любовь и взаимные чувства которого воспевались в десятках гимнов? Вероятно, основной проблемой царственной четы стало отсутствие сына, который мог бы унаследовать престол. Дочери Нефертити не обеспечивали надежности продолжения династической смены власти. В своем почти маниакальном желании иметь сына Эхнатон вступал в браки даже со своими дочерьми. Но судьба не была к нему благосклонна. Сына он так и не дождался.
Когда он умер, Нефертити взяла власть в свои руки. Однако правила она недолго. Против нее был составлен дворцовый заговор. На нее напали и убили. Напали тайком, убили ударами ножей в спину. Это подтверждено новыми раскопками и находками. Не так давно в Луксоре в одной из многочисленных пещер Аллеи фараонов была найдена женская мумия, оказавшаяся мумией Нефертити. Исследования показали, что царице были нанесены серьезные ранения в области спины. Увечья наносились и после ее смерти. На ней вымещали злость убившие ее заговорщики. Очевидно, действовали подкупленные жрецами люди. Сами жрецы надеялись, что нанесенные царице повреждения лишат неугодную счастливого загробного существования.