Ибрагим-бей поначалу заинтересовался предложениями Бонапарта, но через неделю после Абукирской катастрофы прислал отказ: «уничтожение эскадры изменило положение вещей; не имея более возможности получать подкрепления, будучи со всех сторон окружены врагами, французы кончат тем, что будут побеждены».
Мурад-бею Бонапарт предложил еще больше: в дополнение к тому, от чего отказался Ибрагим, - «пост губернатора одной из провинций Верхнего Египта - до того времени, когда удастся облечь его суверенной властью в Сирии».
Мурад-бей принял это предложение и заявил, что «полагается во всем на великодушие французского полководца, нацию которого он знает и уважает; что сам он удалится в Исну и будет управлять долиной, от «двух гор» до Сиены с титулом эмира; что он считает себя подданным французской нации и предоставит в распоряжение главнокомандующего для использования по его усмотрению отряд в 800 мамелюков; что за ним и его мамелюками будет закреплено владение всеми принадлежащими им деревнями и прочим имуществом, и что он примет предложение относительно предоставления ему территории в Сирии, если главнокомандующий распространит на нее свою власть, но хочет лично договориться по этому вопросу с главнокомандующим, которого горячо желает видеть».
Розетти вез этот обнадеживающий ответ Бонапарту. Однако негоциант надолго задержался в Бени-Суэйфе и перед отъездом из города получил от Мурад-бея новое письмо: «Будучи уведомлен командующим английской крейсерской эскадрой о гибели французского флота в Абукире, он не может принять на себя никаких обязательств; что если бы он подписал таковые, то стал бы их придерживаться; но, оставаясь еще свободным, он решил сам попытать счастья».
Следом Джеззар-паша, наместник султана в Сирии, прислал в Каир документ, содержавший объявление султаном войны Франции. Бонапарт направился на обед к шейху Сада, адресату документа, и, оставшись наедине с ним, потребовал выдачи оригинала послания. Сада сначала отрицал, что знаком с документом, но, запутавшись в противоречиях, отдал бумагу.
Город наполнился слухами. Говорили о высадке «бесчисленной» армии, составленной из османов и сирийских солдат Джеззар-паши. Союзники Бонапарта к нему охладели, многие сделались врагами оккупантов.
Диван стал сомневаться в исходе войны - ведь теперь Франция в одиночку боролась против сил Порты, Англии и России. Разбитый у Пирамид Мурад-бей накапливал силы в Верхнем Египте, а Ибрагим-бей и Джеззар-паша - в Сирии.
Появились партизаны. Жители угоняли и прятали скот, убивали французских курьеров и фуражиров, нападали на небольшие отряды. В Розетте, Александрии, Даманхуре и других местах вспыхнули мятежи. Бонапарт ответил казнями, арестами заложников, обысками, контрибуциями. «Каждый день я приказываю отрубить пять-шесть голов на улицах Каира. До настоящего времени мы должны были щадить их, чтобы уничтожить страх, который нам предшествовал. В настоящее время, напротив, нужно взять тон, который необходим, чтобы этот народ повиновался. А повиноваться для них - значит бояться», - писал он 31 июля.
Арабы решились на мятеж, несмотря на внушительные демонстрации военной силы на праздниках, организованных новой властью. Первая кровь возбудила массы, и шейхи - даже те, кто считал затею безумной, - встали под общие знамена или, по крайней мере, одобрили действия повстанцев. Шейх Сада стал председателем дивана мятежников, куда вошла сотня имамов и людей низших сословий.
Пришлось применить штыки и орудия. Восстание было жестоко подавлено и унесло жизни нескольких членов Комиссии по наукам и искусствам (они были убиты в самом начале мятежа), двадцати офицеров штаба и инженерных войск. Погибли комендант Дюпюи, убитый копьем, любимый адъютант Бонапарта - молодой поляк Сулковский. Триста солдат были убиты либо ранены.
Сулковский выехал из Каира с двумя сотнями кавалеристов, перешел через канал по мостику, атаковал бедуинов, убил несколько повстанцев и преследовал остальных. Действуя умело и решительно, он очистил окрестности города, но был ранен. Под ним пала лошадь, он рухнул наземь и был пронзен множеством копий.
Многие ученые, заблокированные в разных районах города, спаслись лишь благодаря местной интеллигенции. Хранившиеся в доме генерала Каффарелли ценнейшие научные приборы, инструменты и книги были уничтожены.
Восстание перекинулось и на близлежащие селения, где также было много крови.
«Ежедневно, - писал Бонапарт, - мы рубим по три десятка голов… Это им послужит уроком». Он одобряет действия Бертье: «Вы хорошо сделали, что приказали отрубить головы всем взятым в плен с оружием в руках».
После мятежа Большой Диван (Совет Нации) был распущен, члены «мятежного дивана» расстреляны, а город укреплен. Одна из больших мечетей была превращена в форт, названный в честь храброго офицера и талантливого человека, - академика Юзефа Сулковского. Повысили и меры безопасности ученых: вблизи сада Института соорудили крепость.