Его войска рассредоточены по нескольким пунктам, что не мешает ему сражаться, имея лишь 12 тысяч солдат против 70 тысяч у Ибрагим-бея. Он начал стягивать части армии в Каир и укреплять крепости.
19 марта Клебер оповестил противника о прекращении состояния перемирия и о том, что до получения официального пропуска от англичан французы останутся в Каире. В тот же день он опрокинул слабые авангарды турецкой армии в Аль-Матарийе и двинулся навстречу главным силам врага.
Наполеон отмечал, что не было на свете более впечатляющего зрелища, чем Клебер верхом на коне: «Когда я видел Клебера на лошади, перед глазами моими всегда вставали герои Гомера. Ничего не было прекраснее его в день сражения».
«Нестор армии» дал свой последний бой 20 марта 1800 года в районе Аль-Ханаки, на равнине Гелиополиса. Несколькими днями раньше прославленный революционный генерал отметил свое 47-летие. И вновь, как в Бельгии, на Рейне и в Леванте, вел он своих солдат в пекло, нанеся врагу урон в несколько тысяч человек и потеряв триста бойцов убитыми и ранеными.
Турки разбиты и отброшены в Сирию.
Теперь переменчивый Ибрагим-бей впадает в мрачное уныние, и Сент-Джеймский кабинет вновь готов послать эмиссаров на переговоры.
Как только в Каире узнали о сражении в Аль-Матарийе, жители столицы восстали. К ним вскоре присоединились 6 000 турок и мамелюков, уцелевших после разгрома у Гелиополиса, во главе с Насиф-пашой, и 8-10 тысяч жителей соседних с Каиром деревень.
Турецкие военачальники, потерпевшие поражение на поле брани, призвали население к избиению христиан. Уже 20 марта, в день битвы при Гелиополисе, в христианских кварталах города началась резня. Мусульманские фанатики встретили отпор со стороны христиан, а французы использовали это время для укрепления позиций.
21 марта Насиф-паша приказал начать наступление на главный штаб французских войск, находившийся на площади Эзбекия. Французы отбили атаки, а 23 марта начали артиллерийский обстрел кварталов, в которых сосредоточились основные силы повстанцев. Обстрел велся из большой крепости и фортов, отстроенных после событий октября 1798 года.
Это не охладило пыла повстанцев, к которым присоединился магрибинец Мавла-Мухаммад, вновь призывавший к священной войне. Мятежники соорудили каменные баррикады, город был опоясан ими со всех сторон. Перед баррикадами вырыли широкие и глубокие рвы. Было налажено производство пороха.
Между тем Клебер ускоренным маршем пошел на Каир. Стремясь избежать лишних жертв и разрушений, он решил взять повстанцев измором. Столица и город Булак были обложены плотным кольцом французских войск. Постоянные бомбардировки привели к тому, что в Каир перестали доставлять продовольствие. Запасы питьевой воды заканчивались.
В первых числах апреля Клебер начал атаки, но одновременно вступил в переговоры с турками, соглашаясь пропустить в Сирию остатки их армии. Весть о начале переговоров, которые могли лишить восставших поддержки турецкой армии, вызвала взрыв народного негодования. Шейхи, вступившие в переговоры, были избиты толпой, а магрибинец возглавил мятеж.
Клебер закончил консолидацию армии, расправившись с разрозненными восстаниями в Дамиетте, Мануфе, Саманхуде, Танта и Махаллат-Аль-Кубре. Он сосредоточил всю Восточную армию в районе Каира.
15 апреля французы взяли Булак и казнили руководителя восстания. «Город был разграблен и сожжен», - писал Клебер генералу Ланюссу. На Булак была наложена огромная контрибуция.
Каир подвергся новым бомбардировкам. Мятежные кварталы сжигали с помощью специального легковоспламеняющегося состава.
16 апреля Клебер начал генеральный штурм Каира, а 20 апреля представитель Насиф-паши привез текст договора о капитуляции. Турки и мамелюки соглашались покинуть город в трехдневный срок. Они ушли 25-го.
В это время султан Селим III издает манифест к поданным своей империи и называет полководца, заместителя Бонапарта, «неверным» и «разрушителем религии пророка». Он обещает вознаграждение и покровительство тому, кто убьет главнокомандующего Восточной армией.
Исполнитель «воли Аллаха» быстро нашелся. То был молодой сириец, уроженец Алеппо и писец по профессии, посланный одним из турецких военачальников.
В субботу 14 июня 1800 года (по роковому стечению обстоятельств, в день сражения при Маренго, в котором Дезе, вернувшийся во Францию по приказу Бонапарта, спасет его, но погибнет сам) Клебер в сопровождении друга, архитектора Протэна, прогуливался в саду своего дома, что на площади Эзбекия в Каире. К нему приблизился человек в лохмотьях. Клебер знаком приказал ему уйти, приняв за нищего, повторяя: «Ма фиш» (нет ничего). Человек дал понять, что пришел по делу. Сулейман Эль-Галеби приблизился к генералу и протянул ему левую кисть, как будто собираясь поцеловать руку главнокомандующего. Клебер также протянул руку, но получил четыре удара кинжалом в грудь и в живот.
- Меня убили! - воскликнул генерал и упал на землю.