За 1 час 10 минут до смерти И. В. Сталина состоялось заседание Бюро Президиума ЦК КПСС, на котором предварительно оговорили все организационные вопросы и признали необходимым «иметь в Центральном Комитете КПСС вместо двух органов ЦК — Президиума и Бюро Президиума один орган — Президиум Центрального Комитета КПСС, как это определено Уставом партии». Перед заседанием Н. С. Хрущев предложил Г. М. Маленкову «побеседовать, как мы дальше жить будем…». Однако получил холодный отказ: «А что сейчас говорить? Съедутся все, тогда и будем говорить. Для этого и собираемся». По признанию Н. С. Хрущева, он почувствовал себя «вне игры».
Действительно, на совместном заседании Пленума ЦК КПСС, Совета Министров СССР, Президиума Верховного Совета СССР 5 марта важнейшие организационные вопросы уже были решены. Берия выдвинул кандидатуру Г. М. Маленкова на пост Председателя Совета Министров СССР с освобождением его от обязанностей секретаря ЦК КПСС. Г. М. Маленков предложил объединить два министерства — МГБ и МВД в одно — Министерство внутренних дел СССР и назначить Л. П. Берию министром внутренних дел и первым заместителем Председателя Совета Министров СССР. Заместителем Председателя Совета Министров стал Л. М. Каганович, а К. Е. Ворошилов — Председателем Верховного Совета СССР. Н. С. Хрущева утвердили председателем комиссии по организации похорон И. В. Сталина, ему рекомендовали сосредоточиться на работе в ЦК КПСС.
Так 5 марта 1953 года начались «сто дней» Л. П. Берии. Он выступил в этот период инициатором перестройки работы партийных и советских органов. 27 марта 1953 года по представлению МВД СССР был принят Указ «Об амнистии», на основании которого освобождению из мест заключения подлежали около миллиона заключенных. Действие Указа не распространялось на осужденных более чем на 5 лет за «контрреволюционные преступления, крупные хищения, бандитизм и умышленное убийство». Среди документов секретариата Берии сохранился проект Указа о реабилитации репрессированных в 1937–1939 годах Так что обвинять его в сопротивлении позитивным процессам нет оснований. Правильнее считать, что Н. С. Хрущев использовал позднее многие идеи Берии в своих целях.
Берия лучше других понимал, что становым хребтом системы, созданной Сталиным, является партийный аппарат, и предпринял первые попытки ограничить его компетенцию. Для начала он дал команду органам МВД собирать информацию о недостатках работы партийных органов. По его мнению, партия должна ограничиваться лишь сферой подбора кадров и пропагандой. Пожалуй, лучше других он понимал и неэффективность ГУЛАГа. Он считал неправильной политику, проводившуюся в отношении Латвии, Литвы, Эстонии, западных областей Украины и Белоруссии. В частности, предлагал не форсировать социалистические преобразования в этих регионах.
Определенный интерес представляют взгляды Берии на внешнеполитические вопросы. Он выступал против создания ГДР. Действительно, факты массового бегства в ФРГ имели место. Одно из самых серьезных обвинений, которое будет предъявлено ему впоследствии, было связано с нормализацией советско-югославских отношений. Располагая квалифицированным аппаратом МВД, Берия вполне естественно стремился использовать его при решении кадровых вопросов. Так, он выступил против традиции назначения послов из числа партийных работников, вышедших в отставку. Он предлагал использовать квалифицированные кадры советской резидентуры за рубежом. Позднее все это было также использовано для обвинений.
«Дело Берии» остается самым загадочным «дворцовым переворотом» послесталинской поры. Документальных свидетельств нет, кроме воспоминаний Н. С. Хрущева, Г. М. Маленкова, В. М. Молотова, исполнителей ареста К. С. Москаленко и И. Г. Зуба. Фактически история такова. 26 июня 1953 года во время заседания Совмина СССР, на котором присутствовали члены Президиума ЦК КПСС, Л. П. Берию арестовали. В этот же день он был лишен всех государственных постов и правительственных наград. 2–7 июля состоялся Пленум ЦК КПСС, который рассмотрел вопрос «О преступных, антипартийных и антигосударственных действиях Берия». Докладчиком по этому вопросу выступал Г. М. Маленков. В выступлениях Хрущева, Молотова, Кагановича и других функционеров Берия обвинялся в антипартийных и антигосударственных действиях. Л. М. Каганович назвал его шпионом и агентом «мирового империализма». Берия был исключен из партии. Началось следствие.
Процитируем П. Судоплатова:
«Сейчас установлено, что Берия не вступал ни в какие заговоры с целью захвата власти и свержения коллективного руководства. Для этого у него не было реальной силы и поддержки в партийно-государственном аппарате.