Политическое объединение скифов завершается созданием крупного государства с центром в Неаполе (Новый город, развалины его — на юго-восточной окраине современного Симферополя). Во главе скифов становится умный и энергичный вождь — царь Скилур. Скифская знать мечтает о богатствах греческих городов, стремится захватить в свои руки побережье с его заморской торговлей. Ольвия — древнегреческая колония на берегу Бугского лимана — фактически теряет свою независимость и подчиняется скифским царям. На очереди Херсонес. Один из сыновей Скилура, Палак, продолжает политику отца.
Скифы активно готовятся к войне. Во II в. до н. э. проводится грандиозная реконструкция обороны Неаполя, который, по выражению одного из исследователей, все больше «превращается в город-крепость», тогда же отстраивается ряд других крепостей, им отведена роль опорных пунктов в предстоящих военных действиях. Одновременно скифы пытаются привлечь на свою сторону тавров и, очевидно, добиваются в этом успеха.
Над Херсонесом нависает, как никогда, серьезная опасность. Жители города лихорадочно ищут выход: то пытаются подкупить скифов «дарами», то обращаются к пон-тийскому царю Фарнаку I и заключают с ним договор о дружбе и взаимопомощи (179 г. до н. э.). Один античный писатель рассказывает о том, что скифы «обижали» херсо-несцев, которым пришлось поэтому заключить союз с предводительницей сарматов Амагой. Так, когда скифы не прислушались к ее требованию «прекратить свои набеги на Херсонес», Амага внезапно напала на них, убила царя и его приближенных, а наследнику царской власти строго-настрого наказала «править справедливо и, помня печальную кончину отца, не трогать соседних эллинов и варваров».
Как бы то ни было, во II в. до н. э. усиливающееся скифское царство все чаще тревожит Херсонес. Неотвратимо приближаются военные действия.
Не надеясь на одни дипломатические демарши, херсонесцы предпринимают и ряд энергичных практических мер для укрепления обороноспособности своего города. Поспешно возводится новая оборонительная стена. Когда же силы херсонесцев были на исходе, им пришлось искать помощи на стороне. В соответствии с договорами 179 г. они обратились к царю Понтийского царства Митридату VI Евпатору с просьбой прислать войска. В Крым был направлен полководец Диофант с отрядом воинов. Действуя во главе объединенной армии, куда входили херсонесские и понтииские войска, Диофант в продолжение трех кампаний (около 110107 гг. до н. э.) разгромил скифов. Это достижение, однако, дорого обошлось Херсонесу: освободившись от угрозы подчинения скифам, он вынужден был поступиться своей самостоятельностью в пользу понтийского царя.
После поражения и гибели Митридата Херсонес оказался в зависимости от давнего соперника — Боспорского царства, причем последнее предпринимало попытки прямого захвата власти в городе (сведения об одном таком эпизоде приводит византийский император Константин Багрянородный). Боспорский царевич женился на дочери Херсонесского правителя Гикии. Задумав погубить город, он тайно поселил в подвале дома жены отряд воинов, которые в ближайший праздник должны были захватить Херсонес. Случайно узнав об этом, Гикия поспешила сообщить гражданам свой план действий: ее дом был окружен вооруженными ополченцами и подожжен. Боспорцы вместе с их коварным предводителем сгорели, те же, кто пытался спастись, были перебиты.
Это легенда, но она основана на вполне реальных событиях I в. н. э. Во всяком случае, историческая обстановка обрисована в ней весьма правдиво.
Окончательное освобождение Херсонеса от боспорско-го протектората и превращение его в город со статусом «свободного» произошло во время правления Антонина Пия (138–161 гг.) после многочисленных ходатайств как самих херсонеситов, так и их метрополии — Гераклеи Понтийской. В честь этого важного события с середины II в. н. э. в Херсонесе чеканится серия монет со словом «элевтерия», изображением богини Херсонас — покровительницы общины города и другими эмблемами. Таким образом, до середины II в. н. э. власть Рима в Херсонесе оставалась условной. Рим предоставлял Боспору обязанности по защите Херсонеса от тавро-скифов, следуя своему принципу «разделяй и властвуй». Пребывание в роли подневольного союзника Боспора тяготило Херсонес, и он последовательно стремился к прямой римской опеке.
«Свобода», полученная Херсонесом, была свободой в римском смысле, с определенным статусом, согласно которому город был лишен права вести внешнеполитические дела, но сохранял внутреннюю автономию, свои институты и магистраты, право управлять на основе своих законов, чеканить медную монету, сохранял право собственности на землю, на налоги и пошлины. «Свободный» Херсонес содержал римский гарнизон, состоящий из подразделений I Итальянского, V Македонского и XI Клавдиева легиона, а также вспомогательных войск.