Обвиняемому никогда не называлось имя доносчика, а предъявляемые обвинения показывались в очень краткой форме, без упоминания дат и действующих лиц. Все это делалось для защиты осведомителя, который мог стать объектом мести. Доносчик допрашивался отдельно. Существовал единственный способ опровергнуть показания обвинителя. Узнику предоставлялась возможность назвать имена своих врагов, способных его оклеветать, если в их числе назывался доносчик, то его свидетельство считалось недействительным. Однако, когда инквизиция набрала обороты, то формально не лишая обвиняемых такого права, она создавала всевозможные препятствия для его осуществления.
Принимались к рассмотрению только свидетельства против обвиняемого. Если доносчик отказывался от своих показаний, его привлекали за лжесвидетельство, но его навет не утрачивал юридической силы. Свидетельствовавшие в пользу обвиняемого рисковали сами превратиться в жертв инквизиции как поддерживающие ересь. В инквизиционных процессах могли участвовать (естественно, на стороне обвинения) лица, не имеющие права свидетельствовать в других делах: уголовные элементы, малолетние дети, отлученные от церкви, лишенные гражданских прав.
Обвиняемый имел право потребовать защитника. Причем общаться с ним заключенный мог только в присутствии инквизиторов. Адвокат, как правило, не стремился особенно рьяно защищать клиента, поскольку сам мог быть обвинен. Нередко защитник рекомендовал подзащитному выполнить все требования инквизиторов.
Если судьям предъявляемые улики обвинения казались довольно вескими, то приговор выносился тут же.
Смягчить приговор могло лишь добровольное признание. Довольно часто напуганные предстоящими пытками жертвы инквизиции сознавались, в самых тяжких деяниях, которых не совершали.
Впрочем, перед тем как приступить к истязаниям, инквизиторы обычно прибегали к допросу. Основной целью, преследуемой при этом судьями, было добиться от обвиняемого признания во всех приписываемых ему грехах, примирения с церковью и согласия на сотрудничество с инквизицией. Последнее означало, что раскаявшийся должен был выдать всех известных ему еретиков, а возможно, и стать постоянным осведомителем священного трибунала. Для примирившихся находилось применение и в застенках — их подсаживали в камеры к упорствующим в ереси, с тем чтобы уговорить непокорных подчиниться инквизиторам, а также для выведывания у заключенных важных для следствия сведений.
Следователи серьезно подходили к процедуре допроса. Инквизитор предварительно скрупулезно изучал биографию подозреваемого, все его связи и знакомства, выискивал темные пятна. Чтобы сломить еретика во время допроса, умелый инквизитор запутывал его множеством самых разнообразных и часто непонятных обвиняемому вопросов. Стоило поймать обвиняемого на каком-либо мелком прегрешении — случайно вырвавшемся из уст богохульстве, супружеской неверности, незначительном нарушении церковных обрядов и постов — как следователи, зацепившись за доказанную провинность, могли заставить человека признаться и в более серьезном преступлении. Допрашиваемого запугивали костром и применением пыток, в то же время увещевая его сознаться во всех преступлениях, чтобы облегчить свою участь. Инквизиторы иногда использовали эффект контраста, неожиданно переводя подследственного из мрачных подземелий с крысами и насекомыми, где его мучили голодом и жаждой, в удобные покои, где узника сытно кормили и поили вином, в то время как «добрый» инквизитор отечески увещевал еретика во всем сознаться и покаяться.
Опытные судьи священного трибунала издавали специальные пособия для инквизиторов по ведению допроса — вадемекумы (путеводители). Эти путеводители помогали обвинителю завести еретика в такие дебри, откуда ему оставалось только идти на костер или же полностью подчиниться воле инквизитора и выполнять все его требования.
Тех же, кто был непреклонен в своей вере, подвергали жестоким пыткам. Подследственному заранее сообщали, в какой день и час к нему будут применены пытки. Инквизиторы оставались спокойными и вежливыми, никогда не позволяя себе повышать на обвиняемого голос. Перед началом истязаний судьи демонстрировали обреченному на мучения — адские орудия, посредством которых собирались добиваться от него раскаяния.
Узников пытали в несколько этапов. Для начала им связывали руки и подвешивали к блоку. Пытаемого сперва поднимали, а затем резко отпускали. Следует отметить, что падение прекращалось рывком. Узник немного не доставал до пола ногами, а потому повисал в воздухе. От такого падения руки несчастного растягивались, что приносило невероятные страдания, а связывающая их веревка впивалась в кожу, пережимая сосуды и артерии. Такой метод пыток был впервые применен в начале XII века.