Италия к XVI веку находилась в состоянии феодальной раздробленности. Мелкие итальянские княжества вели постоянные войны между собой. Небольшая часть Италии, которая являлась владением католической церкви, в VIII веке стала своеобразным церковным государством, называемым Папской областью. Папа здесь выполнял роль не только церковного руководителя, но и светского монарха. Жители Папской области находились в самом тяжелом положении по сравнению с населением других княжеств. Папы для своих бесконечных войн все время нуждались в деньгах, поэтому налоги постоянно росли; простой народ вынужден был участвовать в вооруженных конфликтах. Во время Реформации европейские государства уменьшили или полностью прекратили выплаты в папскую казну, из-за чего населению Папской области пришлось нести еще больше повинностей.
Контрреформация в первую очередь коснулась итальянских княжеств. Инквизиция развернула свою деятельность по всей Италии, исключая Венецию. Каждый, кого коснулось подозрение в причастности к «лютеровской ереси», должен был предстать перед судом инквизиции. Сторонники Кальвина и Лютера в панике бежали из итальянских государств в Швейцарию, Нидерланды и даже в Польшу.
В Италии было основано огромное количество школ, где преподавали иезуиты; в Риме даже организовали коллегию, в которой готовили молодых людей для вступления в «Общество Иисуса».
Все издаваемые книги предварительно проходили строжайший контроль цензуры. Произведения ученых и гуманистов сжигали на кострах; авторов этих произведений часто постигала та же участь. Из-за того что лучшие представители итальянской интеллигенции были казнены, культура Италии пришла в упадок, широко распространились всевозможные суеверия, огромное число людей стало увлекаться псевдонауками — алхимией, магией и астрологией.
Инквизиция в Испании с самого своего основания действовала очень активно — боролась с маврами и евреями, с вольностями испанских городов и различными религиозными движениями. С началом Реформации в Европе у испанских инквизиторов появилось еще одно направление деятельности — борьба с протестантами.
Как только в Испанию начали проникать лютеранские идеи, император Карл V в 1520 году издал несколько указов, предписывающих казнить всех сторонников лютеранства. Все, в той или иной мере способствовавшие распространению произведений, написанных протестантами, — продавцы, переписчики и читатели — подвергались преследованиям как еретики. Карл V приказывал сжигать, закапывать живьем в- землю или обезглавливать участников протестантских собраний и даже владельцев домов, в которых эти собрания проходили.
Преемник Карла V Филипп II преследовал протестантов с еще большей жестокостью. В этом ему активно содействовал глава испанской инквизиции Фернандо Вальдес, «достойный» продолжатель дела Торквемады.
Инквизиция объявляла вне закона всех, на кого пало малейшее подозрение в причастности к лютеранству. Вскоре испанские тюрьмы были переполнены, и заключенных, ожидавших суда, стали размещать в жилых домах и монастырях. Очень редко подозреваемым удавалось оправдаться; даже освобожденным из застенков инквизиции приходилось расставаться со своим имуществом в качестве наказания.
Осужденных на казнь сжигали на кострах, сам король одобрял это и присутствовал на некоторых торжественных казнях. Филипп II, отличавшийся крайним религиозным фанатизмом, говорил, что лучше совсем не править, чем править еретиками.
Религиозная нетерпимость короля привела к тому, что Испания потеряла свое самое богатое владение — Нидерланды, где Филипп II безжалостно расправлялся с протестантами. В Нидерландах, находившихся под властью испанских королей, Карл V организовал специальное отделение инквизиции. Это вызвало недовольство жителей Нидерландов, среди которых было очень много протестантов. Кроме того, Нидерланды были для Испании источником дохода, поэтому налоги в этой стране все время возрастали. Помимо религиозных притеснений, испанское правительство стремилось подчинить все отрасли хозяйства Нидерландов единой системе управления, созданной по испанскому образцу. В середине XVI века в северной стране начинает складываться революционная ситуация, вызванная жесткой политикой Испании. В 1534–1535 годах на севере Нидерландов распространилось радикальное протестантское движение — анабаптизм; в 1539–1540 годах в Генте произошло восстание против испанского владычества; по всей стране проходили стихийные выступления против налогового гнета. В середине XVI века в Нидерландах значительно увеличилось количество кальвинистов. В 1560-х годах на собраниях кальвинистов собиралось до нескольких тысяч человек. Испанская администрация пыталась разгонять эти собрания, но вскоре народ стал приходить на проповеди с оружием.