Юстиниан мечтал крестить не только всех арабов, но и иудеев. В то же время он повел против иудаизма настоящую войну. Гонение Юстиниана против евреев было одно из самых сильных в истории. Евреи в спешке покидали Империю. Император использовал для крещения евреев два основных инструмента, известных от сотворения мира, — кнут и пряник. Величественная, радующая глаза базилика Неа, по его мнению, и послужила бы для евреев таким пряником. Ведь их больше всего коробило отношение христиан к Храмовой горе. Теперь на месте, где царила «мерзость запустения», воцарился великолепнейший храм империи — Новый храм. Самое время евреям отойти от своих заблуждений и припасть ко Христу. Но Юстиниан жестоко ошибался. Базилика Неа лишь чрезмерно раздражила евреев, для них гораздо лучше было, чтобы на священном дворе по-прежнему находилась свалка. Пусть они сейчас в изгнании и мерзость запустения действительно воцарилась на святом месте, они до сих пор евреи, надеющиеся на пришествие мессии, который и построит Третий храм. Прекрасная базилика Неа как бы упраздняла вражду иудейства и христианства, но путем исчезновения талмудического иудаизма. Да и Юстиниан — гонитель евреев — мало походил на мошиаха.
Непрестанно бунтовавшие палестинские самаряне и иудеи, объединившись на почве ненависти к империи, решили отложиться от Юстиниана и пафосно провозгласили своим царем некоего Юлиана. Центром восставших был Неаполь, современный Наблус (Шхем). Восстание почти не задело Элию Капитолину и совсем не было кровавым. Но отныне всем стало понятно, что восставшие чувствовали за собой силу зороастрийской Персии. Персидская империя была более терпима к различным религиям, в отличие от Византии, которая хотела навязать всем имперским народам халкидонское Православие, и евреи в Персии никогда не преследовались, напротив, занимая там видное положение.
Управитель Палестины византийский наместник Феодор при помощи полководца Иоанна атаковал восставших и захватил Юлиана, уничтожив при этом двадцать тысяч самарян. Христиане Палестины жестоко отомстили обидчикам за причиненное им зло. Во время возмездия один богатый купец — скифопольский крещеный еврей — был сожжен заживо. Это происшествие весьма огорчило императора, потому что сын сожженного, Арсений, служил, по еврейскому обыкновению, важным чиновником при дворе императора и требовал от него наказания обидчиков. Арсений говорил, что, если император не накажет восставших, пропали его благочестивые планы по крещению иудеев. Что им, дескать, делать, если и принявшие крещение евреи не могут спать спокойно и подвергаются избиению со стороны христиан. В результате внушений этого чиновника Юстиниан страшно разгневался и отдал приказ строго наказать местных христиан. Если учесть, что большинство палестинских христиан не придерживались халкидонского православия, авторитета имперской власти этот шаг также не прибавил. К этому времени евреи уже почти как сто лет снова жили в Иерусалиме, и напряженность в городе снова возросла, разряжаясь короткими кровопролитными стычками между общинами.
Император все поставил на идею великой империи. Но многочисленные войны и строительные работы ослабили мощь Византии, побуждая новых императоров повышать налоги, что вело к кровопролитным дорогостоящим войнам и восстаниям. С каждым годом Византия становилась все меньше и меньше. Ее границы постоянно менялись, и картографы не оставались без работы…
Наконец, евреи дождались момента, чтобы по-настоящему отомстить христианам. Беда в Элию Капиталину пришла в 614 году. Блестящая эпоха Юстиниана Великого давно миновала. Империя, которая казалась такой могучей, была на грани полного развала. Византией правил тогда благочестивый император Ираклий. Началась очередная персо-византийская война, и персы, покорив Антиохию, Кесарию Каппадокийскую и Дамаск, весной вошли в Палестину. Персидские полчища под руководством Хозроя II Апарвиза осадили высокие стены Иерусалима. Хитроумные стенобитные орудия персов легко разрушили городские ворота. Злые враги Христа, как рассвирепевшие хищники и обозлившиеся драконы, вошли в город, желая как можно больше пролить христианской крови.
Взятие города сопровождалось кровавой резней и разрушением христианских святынь. Храм Гроба Господня был разрушен до основания. Величественная базилика Юстиниана Неа также была превращена в развалины. Персы вместе с евреями не пощадили эту красоту и великолепие. Замысел Юстиниана провалился — базилика Неа не стала самым знаменитым храмом Востока, объединяющим многочисленные народы и религии, и память о ней затерялась в веках. Только несколько камней в старом Иерусалиме, которые показывают взыскательному туристу…
Многие христиане посчитали, что пришел конец света и антихрист в лице Хозроя воцарился в мире. Память о взятии Иерусалима персами жила веками в сознании местных христиан.