Очень важное значение для монастыря имели Казенные кельи. В них жили должностные лица, которые вели монастырское хозяйство, хранилась денежная казна и документы – царские и патриаршии грамоты, купчие крепости, завещания. Известно, что царь Михаил Федорович подарил монастырю несколько вотчин в Московском и Бежецком уездах: села Яганова, Хоботское, пустоши Куминку, Царицын Луг. По Переписной книге 1678 года Знаменскому монастырю принадлежало 299 крестьянских дворов.
В 1668 году палаты пострадали от пожара и в 1674-м были почти полностью разобраны. Сохранился лишь подвал, на основе которого мастер Мелетий Алексеев в тот же год возвел по договору с монастырем палаты кирпичные со сводчатыми перекрытиями. Первоначально они служили жильем игумену, с 1678 до 1752 года использовались в качестве казенных келий, позже сдавались в аренду.
Строителями Знаменского собора одновременно с ним возводятся Игуменские кельи. Расположенные вдоль Варварки, они отделены от улицы небольшим расстоянием. Их отличает предельная строгость архитектурного решения: два этажа под высокой кровлей, небольшие, скорее похожие на бойницы, проемы окон, Федор Григорьев и Григорий Анисимов на редкость удачно вписали здание в пространство двора, подчеркнув величественность и значительность главного собора. Весь монастырь был обнесен каменной оградой.
Но уже ко времени вступления Петра I на престол состояние Знаменского монастыря было признано неблагополучным. Сказалась слабость грунта, расположение построек на косогоре. Почти все крыши разрушились. На материальном положении монастыря существенно отразилось то обстоятельство, что в 1704 году здесь, в кельях у задних ворот, поместили колодников и арестантов с солдатами, которые своими криками, попрошайничеством отпугивали и так немногочисленных молящихся.
Нижняя палата. Интерьер. Фото сер. XX в.
Знаменский монастырь. Собор. Трапезная палата. Фото сер. XX в.
Следующий удар благосостоянию монастыря нанес указ 1720 года о каменных мостовых, которые должны были устраивать домовладельцы. В общей сложности на долю монастыря, учитывая его владения в Замоскворечье, пришлось более 500 квадратных сажень. Никаких льгот «родовому гнезду» не последовало. Наконец, монастырь сильно пострадал и от страшного московского пожара 1737 года.
Вступая на престол, Елизавета Петровна распорядилась поновить монастырь, но на очень ограниченные средства, а также восстановить родовое жилье. Во всяком случае, в 1776 году профессор Х. А. Чеботарев, первый ректор Московского университета и первый председатель Московского общества истории и древностей российских, еще видел собственными глазами остатки «родительского дома фамилии Романовых». В 1784–1789 годах часть монастырской стены заменили колокольня и примкнувший к ней корпус монашеских келий, представляющий интересный пример архитектуры московского классицизма. Колокольня состоит из вытянутого вверх четверика и поставленной на него звонницы – восьмигранной башни, увенчанной фонарем с небольшой главкой и крестом. В нижнем четверике находятся две арки, служившие главным входом в монастырь.
Елизавета Петровна.
Монастырь испытывал постоянные материальные затруднения. Никакие жалобы и петиции на высочайшее имя не помогали, так что собственно дом Романовых в конце XVIII века приходилось постоянно сдавать внаем. Известно, что поочередно в нем жили московский купец Иван Болховитинов, купец греческого происхождения Метакса и нежинский грек Георгий Горголи, который за свой счет произвел ремонт палат.
События Отечественной войны 1812 года по существу не затронули монастыря. В нем, по счастью, поместился французский провиантмейстер, прежде состоявший на русской службе и потому с уважением отнесшийся к монастырскому достоянию. После ухода французов в Знаменском монастыре некоторое время жил архиепископ Августин. При этих обстоятельствах удалось даже полностью сохранить монастырский архив, который был помещен в нишах ризницы и заставлен тяжелыми, неподъемными шкафами.
Ремонт монастыря после Отечественной войны носил поверхностный характер. Комиссия, занимавшаяся восстановлением Москвы, запретила какие бы то ни было достройки и перестройки. В этом отношении архитекторам пришлось противостоять архимандриту Аристарху, который в 1821 году хлопотал перед митрополитом Филаретом о сносе дома Романовых и его строительстве заново и на новом, более удобном месте.
Первым из императоров проявил заинтересованность Знаменским монастырем Александр II. В 1856 году последовало его распоряжение восстановить фамильное гнездо, открыв доступ в него как в музей.