Во время бунта стрельцов в мае 1682-го князь пытается сохранить жизнь Артамону Матвееву. С возвышением при правительнице Софье временщика, князя Василия Васильевича Голицына, становится самым непримиримым его противником. И это в то время, когда противники самого Петра I прочат Черкасского в цари. Казенный писец книг Талицкий призывает в прокламациях, чтобы стрельцы «выбирали на правительство Черкасского, так как он человек добрый». Популярности князя в народе немало способствует и то, что женат он на родной внучке князя Дмитрия Пожарского – княжне Евдокии Ивановне Пожарской.
И тем не менее по отношению к нему Петр не проявляет внешне никакой своей обычной подозрительности, оставляет без внимания многочисленные наветы. Он держит князя около себя, как и родных братьев царицы Марфы, которым оказывается выгодным петровское правление. Куда дальше, если в 1707 году в ожидании шведского нашествия именно Михаилу Алегуковичу Черкасскому Петр поручает воеводство на Москве.
Правда у ступеней трона всегда имеет лишь относительное значение. Высокопетровский монастырь для вдовой Натальи Кирилловны становится едва ли не единственным местом проявления своих царских амбиций и надежд. Вслед за сооружением усыпальницы отца царица передает монастырю усадьбу Нарышкиных, которая увеличивает почти вдвое площадь обители. При этом въезд в монастырь был со стороны реки Неглинной, от берега которой к нему вела дорога. Первая каменная ограда появилась только после окончания Смутного времени. Особой замысловатостью композиция храма Боголюбской Божьей Матери, которая начинает возводиться на месте древней церкви Покрова (известна по документам с 1634 года), не отличалась: поставленный на низкий подклет пятиглавый двусветный бесстолпный четверик. В первоначальном виде церковь окружала с трех сторон низкая открытая галерея. В композицию была включена также низкая трапезная, которая внутри открывалась тремя широкими арками в храм, увеличивая его пространство. На своде и стенах четверика уцелела лепнина 1740-х годов и академическая роспись рубежа XVIII–XIX веков. Хотя больших вкладов монастырь на протяжении своей истории не получал, заботились Нарышкины о нем постоянно.
Петр I в 1709 г.
Сначала останки зверски убитых братьев царицы Ивана и Афанасия хоронят в старой Покровской церкви, а затем вдовая царица именно над их могилами и строит новый храм. Покровский же престол переносится в церковь над Святыми воротами. К Боголюбскому храму в 1688 году пристраивается Настоятельский корпус. А в 1690 году, после отстранения правительницы царевны Софьи от власти, все здание подновляется и по этому случаю торжественно освящается, причем в присутствии обоих царей – Петра и Иоанна Алексеевичей.
В том же году по именному указу Петра начинается строительство Сергиевской трапезной церкви и Братских келий, образовавших южный двор монастыря. Святые ворота надстраиваются колокольней, и вокруг обители возводится единая ограда, само собой разумеется, никакого оборонного значения уже не имевшая. Работало в монастыре несколько артелей строителей, из руководителей которых документы сохранили имя только одного – Василия Текутьева.
Строительство было в основном закончено в 1694-м – ко времени кончины Натальи Кирилловны. Можно сказать и иначе. Подписывая указы о работах в Высокопетровском монастыре, Петр склонялся на просьбы и желания матери. Обитель была ее любимым детищем, тогда как самого царя она не интересовала.
Для Натальи Кирилловны Высокопетровский монастырь стал частью жизни и судьбы. В 1690–1694 годах возводится монастырская трапезная церковь Сергия Радонежского – в память спасения семьи Петра I в Троице-Сергиевом монастыре во время Стрелецкого бунта. Ансамбль этого храма делил монастырскую землю на две части и был устроен с расчетом на торжественные царские выходы. Двусветный пятиглавый четверик с обширной перекрытой коробовым сводом трапезной поставлен на высокий белокаменный сводчатый подклет и окружен широкой нарядной галереей-гульбищем.
Нынешний свой вид церковь получила уже после смерти Натальи Кирилловны, когда в 1704–1706 годах четверик надстроили, украсили кокошниками с раковинами по образцу кремлевского Архангельского собора, возвели второй наружный свод, на который и были подняты пять глав. К сожалению, исчезла высокая надстройка над сенями. Осталась лишь ведшая в нее внутристенная широкая лестница. Из надстройки был выход на балкон, размещавшийся над рундуком высокого крыльца, примыкающего к сеням. Балкон предназначался для царских выходов во время торжественных богослужений и крестных ходов.
Во внешней обработке храма широко применен белый камень. Но в первоначальном варианте Троицкая церковь выглядела еще более нарядно: ее главы, кресты и подзоры кровель были расцвечены «разными красками и позолотой» мастером Иваном Даниловым. Тот же мастер расписал внутренние и наружные стены храма. К сожалению, его труд, производивший такое сильное впечатление на современников, бесследно исчез.