Когда эпопея с учреждением Московской патриархии была завершена и Уложенная грамота о ней подписана, предполагавшаяся реформа епархий была прочно забыта. До подписания грамоты Иов возвел в сан четырех митрополитов, пятерых архиепископов и одного епископа на вновь открытую Псковскую епархию. На этом бурная деятельность нового патриарха по обустройству вверенной ему «отрасли вселенского православия» оборвалась.
Нижегородский архиепископ, упоминаемый в Уложенной грамоте, так никогда и не был поставлен. Правда, в Москве жил архиепископ Елассонский Арсений, служивший в Архангельском соборе, но шестым архиепископом русским его считать нельзя. Об этом свидетельствует сам патриарх Иов, в 1602 году учредивший шестую архиепископию в Астрахани (отобрав часть епархии у слишком влиятельного и деятельного архиепископа Казанского и Астраханского Гермогена).
Из восьми предполагавшихся при поставлении патриарха Московского епископий существовало две: с прежних времен – Коломенская и новая – Псковская. В связи с войной со Швецией Иов осилил еще учреждение Корельской епископий, не заботясь более об остальных пяти. «Честь» московский патриарх получал благодаря близости к власть имущим, а не силе церковной организации.
За пятнадцать с лишним лет своего патриаршества Иов совершил удивительно мало чисто церковных дел. Да и те имели, как правило, заметный политический крен. Летом 1588 года он соборно определил праздновать в память новоявленного чудотворца Василия Блаженного – юродивого, которому особо покровительствовал Иоанн Грозный. Осенью 1591 года был соборно установлен праздник памяти преподобного Иосифа Волоцкого – крупнейшего идеолога церковного стяжательства и государственной Церкви, врага инакомыслящих. Патриарх написал к этому дню – 9 сентября – канон и исправил службу. Хотя каждому из трех святителей московских – Петру, Алексею и Ионе – были установлены особые празднества, в 1595 году Иов решил, кроме того, поминать их всех вместе 5 октября: митрополиты создавали как бы фундамент власти московского патриарха.
Канонизация других святых производилась под явственным давлением «снизу». Энергичный казанский митрополит Гермоген «обрел» мощи казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия, затем князя Романа Владимировича Углицкого и добился их всероссийской канонизации в 1595 году. Затем были установлены праздники святым, мощи которых открывали предприимчивые местные власти: Антонию Римлянину (1597 год); преподобному Корнилию Комельскому (1600 год).
При Иове и с его разрешения (впрочем, прежде разрешение было дано от царского имени) были перенесены в Соловецкий монастырь останки беззаконно убитого Иваном Грозным митрополита Московского и всея Руси Филиппа (1591 год). Соловчане и иные жители Русского Севера, избежавшие его участи, праздновали память святого 9 января. Однако патриарх и не подумал о всероссийском увековечении памяти человека, абсолютно чуждого ему по духу: человека, гражданина и созидателя. Иов был создан для «аппаратных» игр.
Услуги Иова понадобились правительству вскоре после его поставления. После того как кахетинский царь Александр, утесняемый сонмами турок и персов, умолил царя Федора Иоанновича принять его в подданство Российской державы, он в октябре 1588 года попросил также помощи Москвы «для исправления православныя христианския веры». Отказать только что принятому в подданство государю было невозможно. Правительство обратилось к патриарху, и тот написал два обширных и весьма ученых послания.
Обращаясь к царю Александру, Иов изложил ему символ веры, убеждая твердо его держаться, биться против ересей и еретиков, почитать родителей, а более них – духовных учителей. Значительно обширнее было второе послание Иова, адресованное кахетинскому митрополиту Николаю и всему Освященному Собору. Московский патриарх благословлял в нем всех адресатов и уведомлял об исполнении их просьбы: посылке из России четырех учителей богословия и трех иконописцев. Послание состояло из 6 частей, введения и заключения. «Знаем вас изначала, – писал Иов, – Божиею благодатию христианами, но не ведаем, откуда возникли у вас соблазны, так что ныне вы не во всем вполне держите христианскую веру и в немногом разделяетесь от нас. Внимайте же прилежно, в чем состоит истинная благочестивая православная вера».
Послание патриарха свидетельствует о его обширных познаниях в церковноучительной литературе. Он большими отрывками цитировал «Изборник» митрополита Даниила, слово болгарского пресвитера Козьмы на богомилов и т. п. Обличив еретиков, Иов обрушился на протестантов, латинян и магометан, подчеркнул значение Церкви и церковных иерархов. По его мнению, «два великия начала от Бога установлены в мире: священство и царство», причем духовная власть и церковные имущества принадлежат исключительно архиереям, а мирская власть – царям. Бог запрещает кому бы то ни было посягать на церковное достояние и вмешиваться в священные предметы. С другой стороны, каноны запрещают пользоваться покровительством мирских властей для достижения степеней священства.