Далай-лама говорил, что, если научные исследования входят в конфликт с буддистским учением, учение должно уступить. Он также активно интересовался изучением нейронных механизмов, лежащих в основе медитации. Как и многие практикующие, он разделяет медитацию на две категории: одна направлена на успокоение разума (стабилизирующая медитация), а другая — на активный процесс познания (дискурсивная медитация). Изучая медитации, нейробиологи сначала исследовали первый тип. Активность мозга опытных буддистов, практикующих стабилизирующую медитацию, оценивала группа ученых, в том числе один специалист, защитивший диссертацию по молекулярной биологии и живший какое-то время в монастыре в Непале в качестве ученика.
Ученые смогли отвлечь восемь монахов, длительное время практикующих медитацию в тибетских буддистских монастырях, от их привычной жизни (во время которой весь день проходит в расслабляющей медитации). В лаборатории монахам прикрепили к головам электроды для измерения паттернов электрической активности. Вначале эта активность ничем не отличалась от паттернов волонтеров, медитирующих впервые в жизни. Разница стала заметна, когда монахов попросили ощутить сострадание, не направленное ни на какое конкретное существо. Это состояние называется беспредметной медитацией. В этом состоянии активность начала варьироваться в последовательной, ритмичной манере, демонстрируя синхронную активизацию многих нейронов. Синхронизированные сигналы участились до скорости 25— 40 раз в секунду, что представляет собой гамма-ритм. В некоторых случаях гамма-ритмы в мозгу монахов были самыми сильными, когда-либо встречавшимися у людей (исключая патологические ситуации — например, судороги). Однако у людей, медитировавших впервые, не появилось практически никаких дополнительных гамма-ритмов.
Способ, которым мозг достигает синхронности, не изучен хорошо, однако гамма-ритмы усиливаются во время определенных типов активности, например, при повышенном внимании по отношению к сенсорному стимулу или во время использования кратковременной памяти. Этот усиленный гамма-ритм может являться ключевым элементом повышенной бдительности, о котором сообщают монахи. Рождаются ли монахи с врожденной способностью генерировать синхронные ритмы? Некоторые типы ритмов у новичков с практикой усиливаются, а значит, хотя бы частично эту способность можно тренировать.
Сканирование мозга выявило определенные области, активные во время дискурсивной медитации (концентрирование внимания на визуализированном образе). Передняя поясная и префронтапьные области были очень активны, как и тогда, когда монахини ордена кармелиток представляли себе мистическое воссоединение с Богом. Эти данные соответствуют информации об участии этих регионов в процессе внимания. Возможно, папу Иоанна Павла II тоже заинтересовали полученные результаты, поскольку на вопрос о взаимосвязи науки и католической доктрины он ответил, что они обе истинны и сочетаемы, поскольку «истина не может противоречить истине».