Инки обладали великолепно отлаженной и четко функционировавшей мобилизационной системой. Любая военная кампания неизменно начиналась непосредственно в Куско. По мере удаления от столицы и приближения к пограничному району, за которым лежали земли, подлежащие захвату, регулярные войска пополнялись резервистами из тех ранее покоренных «царств», мимо которых они проходили. Иными словами, если завоевание предпринималось на севере, то расположенные на севере от Куско присоединенные к Тауантинсуйю провинции, «царства» и народы поставляли Сапа Инке нужное число резервистов; на юге — южные подданные, и так по всем четырем сторонам света.
При выходе войск из Куско царил величайший порядок: бойца, во время марша вышедшего из рядов, карали… смертью. Воины шли дневными переходами, делая привалы в строго определенных местах. Их обслуживали местные жители, мужчины и женщины, помогая переносить их поклажу, поскольку жители областей и провинций, через которые походным маршем шли войска Инки, были обязаны оказывать им всяческие услуги. Принимая во внимание частоту инкских войн, можно понять, что гигантская картина передвижения огромных людских масс являлась для Таунатинсуйю рядовой повседневностью.
Военные походы приносили богатство и славу военной аристократии. Войны обеспечивали постоянную занятость многочисленных дядей, братьев, племянников и сыновей божественного «императора», не оставляя времени на попытки государственного переворота.
Инки придерживались своеобразной военной доктрины: прежде чем начать войну, они трижды предлагали добровольно, мирным путем вступить в их «империю». Только после третьего отказа начинались военные действия, Троекратная посылка послов в лагерь врага давала много информации о противнике. Послы играли роль разведчиков и вербовали информаторов как среди простого населения, так и среди военного и политического руководства соперника. Инки предпочитали тщательно подготовленную осаду крепостей внезапному набегу и открытому сражению, тем более что в основном они вели завоевательные войны. Кропотливая подготовка позволяла спланировать свои действия и наметить сроки войны.
Дальновидные инки обычно нападали на противника перед уборкой урожая маиса и картофеля, когда прошлогодние запасы уже подходили к концу. «Благородно» предупрежденный противник, вынужденный запираться в крепостях, не мог собрать урожай. А инки, наоборот, получали готовый провиант, если отступивший противник не успевал его уничтожить. Предупреждения, вроде бы дававшие отсрочку, на самом деле следовали почти одно за другим, не оставляя времени на размышления. Само высокогорье диктовало инкам такую форму ведения войны, ибо, если бы противник небольшими отрядами спрятался по ущельям, за горными перевалами, в труднодоступных пещерах, созданных природой, то перед инками встали бы неодолимые препятствия бесконечной партизанской войны.
Искусством осады инки владели в совершенстве и обязательно доводили ее до конца, не считаясь ни с какими материальными или людскими потерями. Известен случай, когда во время осады крепости Уарко, расположенной на знойном морском побережье, император Тупак Юпанки приказал соорудить рядом в горах копию Куско — город-крепость Инка Уаси (Новый Куско) для отдыха инкских воинов — жителей горных районов, непривычных к жарким и влажным условиям прибрежной долины Каиьете. Только благодаря этому инкские войска смогли осаждать крепость Уарко в течение трех (!) лет, пока ее защитники не сдались на милость победителей. Во время осады инки с помощью особых пращей забрасывали в крепость горящие куски облитой смолой руды, чтобы поджечь тростниковые крыши домов.
В открытом сражении армия инков побеждала главным образом благодаря своей численности и крайне строгой боевой дисциплине. Можно себе представить, какое действие производил грозный вид многотысячных инкских «легионов» на врагов Тауантинсуйю, численно во много раз им уступавших. Если страх перед этим нескончаемым потоком войск не обращал неприятеля в бегство, наступал черед шумовых эффектов: десятки тысяч воинов принимались кричать изо всех сил, понося противника, и трубить в боевые раковины. Если же и грозные крики не устрашали врага, начиналась битва, во время которой инки не только умело сочетали тактику фронтального наступления и фланговых обхватов с выходом в тыл и окружением врага, но и поочередное, эшелонированное введение в бой специализировавшихся на применении того или иного вида оружия военных отрядов и соединений.