Дальнейшая его жизнь не является тайной, хотя он был самым таинственным интриганом на папском престоле. Он замечательно умел морочить головы своим собеседникам. С одной стороны, Сикст поддерживал испанского короля Филиппа II против Елизаветы Английской, а на самом деле вел переговоры с англичанкой против Филиппа, потому что решил оттяпать у Испании Неаполитанское королевство. Ради этого он предал католика Филиппа и тайно поддерживал протестантку Елизавету. Сикст делал вид, что поддерживает католиков в борьбе за французский престол, а втайне оказывал помощь гугеноту Генриху Наваррскому. В те дни Генрих осаждал Париж, и Папа рассудил, что на французском престоле ему будет полезнее иметь сильного сторонника, а не слабого, корыстного и чванливого единоверца.
Но тут он в очередной раз столкнулся с иезуитами.
В осажденном гугенотами Париже дела шли из рук вон плохо. Город мог пасть в любой день. И тогда французские иезуиты устроили в Париже шествие с целью поддержания боевого духа осажденных. Иезуиты, общим числом шестьсот человек, прошли по улицам отлично вооруженные, в кирасах поверх сутан и в боевых шлемах.
Сикст был в бешенстве.
Он приказал генералу ордена немедленно отозвать всех миссионеров из протестантских стран — в первую очередь из Англии и Нидерландов — и также пожелал, чтобы орден был переименован в честь его основателя Игнация Лойолы. Сикст объявил иезуитов исчадием зла.
Через шесть дней после всех своих указов и энциклик Папа Сикст Убыл отравлен.
За день до его смерти на цоколях римских статуй и на стенах домов появились надписи: «Папа устал жить».
Перед смертью Сикст сказал своему племяннику:
— Король Филипп разгадал наши планы, а иезуиты меня покарали.
Миссия иезуитов в Японии продолжала свою работу…