На суде особого присутствия правительственного сената я не признал себя виновным ни в чем и до конца держался своего метода как можно меньше говорить со своими врагами, благодаря чему меня и осудили только на пожизненное заточение в крепости, а тех, кто более или менее подробно описал им свою деятельность, – к смертной казни. Через несколько дней после суда, часа в два ночи, ко мне в камеру Петропавловской крепости с грохотом отворилась дверь, и ворвалась толпа жандармов. Мне приказали скорей надеть куртку и туфли и, схватив под руки, потащили бегом по коридорам куда-то под землю. Потом взбежали снова вверх и, отворив дверь, выставили через какой-то узкий проход на двор. Там с обеих сторон выскочили ко мне из тьмы новые жандармы, схватили меня под мышки и побежали бегом по каким-то узким застенкам, так что мои ноги едва касались земли. Преграждавшие проход ворота отворялись при нашем приближении как бы сами собою, тащившие меня выскочили на узенький мостик, вода мелькнула направо и налево, а потом мы вбежали в новые ворота, в новый узкий коридор и, наконец, очутились в камере, где стояли стол, табурет и кровать.
Тут я впервые увидел при свете лампы сопровождавшего меня жандармского капитана зверского вида (известного Соколова), который объявил, что это – место моего пожизненного заточения, что за всякий шум и попытки сношений я буду строго наказан и что мне будут говорить «ты». Я ничего не отвечал и, когда дверь заперлась за ним, тотчас же лег на кровать и закутался в одеяло, потому что страшно озяб при пробеге в холодную мартовскую ночь почти без одежды в это новое помещение – Алексеевский равелин Петропавловской крепости, бывшее жилище декабристов. Началась трехлетняя пытка посредством недостаточной пищи, отсутствия воздуха, так как нас совсем не выпускали из камер, вследствие чего у меня и у одиннадцати товарищей, посаженных со мною, началась цынга, проявившаяся страшной опухолью ног; три раза нас вылечивали от нее, прибавив к недостаточной пище кружку молока, и в продолжение трех лет три раза снова вгоняли в нее, отняв эту кружку. На третий раз большинство заточенных по моему процессу умерло, а из четырех выздоровевших Арончик уже сошел с ума, и остались только Тригони, Фроленко и я, которых вместе с несколькими другими, привезенными позднее в равелин и потому менее пострадавшими, перевезли во вновь отстроенную для нас Шлиссельбургскую крепость. В первое полугодие заточения в равелине нам не давали абсолютно никаких книг для чтения, а потом, вероятно благодаря предложению священника, которого к нам прислали для исповеди и увещания, стали давать религиозные. Я с жадностью набросился на них и через несколько месяцев прошел весь богословский факультет. Это была область, еще совершенно неведомая для меня, и я сразу увидел, какой богатый материал дает древняя церковная литература для рациональной разработки человеку, уже достаточно знакомому с астрономией, геофизикой, психологией и другими естественными науками. Поэтому я не сопротивлялся и дальнейшим посещениям священника, пока не перечитал все богословие, а потом (в Шлиссельбурге) перестал принимать его, как не представлявшего по малой интеллигентности уже никакого интереса, и тяготясь необходимостью говорить, что только сомневаюсь в том, что для меня уже было несомненно (я говорил ему до тех пор, что недостаточно знаком с православной теологией, чтобы иметь о ней свое мнение, и желал бы познакомиться подробнее)».