Причиной гибели новейшей лодки, вероятнее всего, явился разрыв забортного трубопровода, что привело к поступлению воды внутрь прочного корпуса, аварийной остановке ядерной энергетической установки и, в результате, к провалу за предельную глубину…
Лодка прошла гарантийный ремонт на судоверфи ВМС в Портсмуте, штат Массачусетс, и проходила ходовые испытания у побережья Новой Англии в обеспечении спасательного корабля «Скайларк». В последний раз «Трешер» вышла в море 9 апреля 1963 года. Первый день испытаний прошел нормально. Лодка совершала пробные погружения в относительно мелководном районе с глубинами около 300 метров. На следующий день, в соответствии с планом, должно было состояться глубоководное погружение. Район для этого был назначен за пределами континентального шельфа с глубинами, превышающими 2000 метров. 10 апреля в 6.23 лодка связалась по радио со «Скайларком». Были оговорены детали предстоящего погружения. К этому моменту корабли находились в районе впадины Уилкинсона, где глубина резко увеличивалась с 300 до 2400 метров.
В 8 часов утра началось это роковое погружение. Лодка должна была погружаться постепенно, «отрезками» по 30 метров, каждые пятнадцать минут поддерживая связь с обеспечивающим кораблем по звукоподводному телефону.
Выход на глубину погружения 350 метров занял почти целый час. В 8.53 лодка приблизилась к этой глубине. В 9.02 сеанс связи — все нормально. Но уже в 9.10 «Трешер» не ответила на вызов спасательного корабля. Через две минуты сквозь толщу воды прорвался неразборчивый обрывок фразы командира лодки коммандера Гарвея: «…Небольшие проблемы… дифферент на корму… пытаемся продуться…». По звукоподводной связи был слышен шум воздуха высокого давления, поступающего в балластные цистерны. Спустя некоторое время, в 9.17, еще одно сообщение, в котором можно было разобрать только два слова «предельная глубина…» и приглушенный шум. Это океан безжалостно ломал в глубине стальной корпус лодки. На «Скайларке» еще не понимали что случилось и непрерывно пытались установить связь с «Трешер». Только в 11.04 командир спасательного судна передал командующему подводными силами донесение о возможной катастрофе.
На следующий день были начаты организованные поиски лодки. В них участвовали корабли ВМС, в том числе и атомные подводные лодки «Сивулф», «Томас Джефферсон». Их действиями руководил контр-адмирал Ремедж. Вскоре к ним присоединилось научно-исследовательское судно «Атлантис II».Оно было оснащено современным оборудованием для глубоководных исследований: фотокамерой, магнитометром, гидролокатором. С прибытием «Атлантиса» поисковые возможности были существенно усилены. Несмотря на точную информацию о месте гибели лодки, найти ее корпус не удавалось. Весь район поисков занимал площадь 100 квадратных миль, а для исследования одной квадратной мили «Атлантис» должен был сделать 46 000 фотографий. Задача была сложной…
Время шло, а лодка все еще не была найдена. В начале июня на борту десантного корабля в район поисков был доставлен батискаф «Триест». Теперь можно было с помощью не только фотокамеры, но и визуально исследовать все зафиксированные к этому времени «подозрительные места» на дне залива Мэн. Экипаж подготовил батискаф к работе, и 24 июня было совершено первое погружение. Использование батискафа было связано со значительными трудностями: сильные течения осложняли его «наведение» в заданную точку, в одном из погружений батискаф увяз в илистом дне и еле вырвался из плена. Погружение занимало продолжительное время, а площадь обследования составляла всего лишь квадратную милю. Словом, проблем хватало… Крэйвен со своими инженерами был в курсе всего происходящего. Этот опыт позволил лучше понять, какими возможностями должны обладать будущие глубоководные аппараты ВМС США, разработкой которых и занималась группа под патронажем адмирала Рэйборна.