После постановки Грищенко начал возвращение вдоль латвийского побережья, которое внезапно омрачилось неисправностью кормовых горизонтальных рулей — при одной из перекладок они застыли в положении 25 градусов на погружение. Починить их привод, рассоединившийся в надстройке, можно было только с наступлением темноты в надводном положении. Эту задачу в ночь на 29-е выполнил персонал БЧ-5, которую возглавляя один из лучших инженеров-механиков подводных сил КБФ М.А. Крастелев. Правда, при этом в надстройку уронили лом, который грозил заклинить рули окончательно, но он был извлечен самым щуплым членом экипажа — старпомом В.К. Коноваловым. В эту же ночь подлодка получила приказ возвращаться не в Ригу, а в Таллин через проливы Соэлавяйн и Мухувяйн, правда, при этом указывалось, что северные подходы к Мухувяйну закрыты для плавания в связи с обнаружением мин. Вечером 29-го начальник штаба КБФ закрыл для прохода и Соэлавяйн, хотя еще раньше «Л-3» приказали идти в Рохокюлу, куда в это время направлялись и плавбазы 1-й бригады. В связи с этим командир 1-й бригады Египко приказал подлодке временно задержаться в районе западнее входа в пролив. Причиной задержки первоначально стала необходимость в обвеховывании мест потопления немецкой авиацией транспорта «Марта» и шаланды «Амга», а также желание обеспечить встречу подлодки тральщиками. Поскольку те были заняты проводкой плавбаз бригады в Моонзунде, командиру минзага пришлось ждать дальнейших приказаний в течение двух суток. Грищенко утверждал, что за время маневрирования в районе шесть раз слышал скрежет минрепов по корпусу, но сопоставление с известными координатами минных заграждений показывает, что скорее всего подлодка собирала на себя рыбацкие сети. Наконец, в 01:30 2 июля на субмарине смогли прочитать отправленную еще девять часов назад радиограмму штаба Прибалтийской ВМБ, где ей предписывалось в 22 часа 1 июля прибыть в точку встречи с тральщиками в районе бухты Тагалахт. Очевидно, тот, кто отправлял радиограмму, совершенно не задумывался над тем, что в момент отправления лодка будет находиться под водой, где прием радиоволн невозможен. Впрочем, даже если «Л-3» пришла бы в назначенную точку, ее там никто бы не встречал. Дело в том, что посланные навстречу тральщики «Т-298» и «Т-299» на выходе из Соэлавяйна попали на выставленное немецкими торпедными катерами минное поле «Кобург», где «Т-299» подорвался и быстро затонул. Второй тральщик подобрал 17 уцелевших при взрыве и вернулся в базу. После этого пролив вторично закрыли для прохода, а Грищенко приказали продолжить ожидание в бухте Кихелькона.