Хотя второй поход кампании 1942 года и был лишен внешнего блеска неподтвержденных побед, на самом деле он стал более результативным, чем первый. «Фрунзевцу» удалось выставить мины, на которых погибло два транспорта (командование засчитало лишь один водоизмещением 4 тыс. тонн, якобы погибший у Уте 2 ноября). Лодка невредимой прошла через 73 линии мин, и хотя в конечном итоге получила серьезные повреждения, смогла уцелеть, чего не удалось половине из 16 субмарин 3-го эшелона. «
Всю зиму подлодка простояла в Кронштадте на Морском заводе. 25 февраля ее командиром стал бывший старпом В.К. Коновалов, а П.Д. Грищенко получил назначение в Отдел подводного плавания флота. Судя по его мемуарам и устным рассказам, он с большим удовольствием занял бы должность командира дивизиона подлодок, но командование решило использовать офицера с академическим образованием на более ответственной должности. 1 марта прошла торжественная церемония присвоения подлодке гвардейского звания, к которому она была представлена еще за поход в составе 2-го эшелона в кампанию 1942 года. Вслед за этим часть офицеров была переведена на другие корабли, а В.К. Коновалов убыл на стажировку на Тихоокеанский флот, где он пробыл до осени 1943-го. Впоследствии П.Д. Грищенко описал все это как разгон командованием флота вызывавшего зависть у всех экипажа, но правда заключалась в том, что кадровые перемещения были связаны с невозможностью использования корабля в ближайшее время. Из-за тяжелых повреждений подлодка не могла принять участие в кампании 1943 года, даже если бы противник и не перекрыл Финский залив двойными противолодочными сетями — на заводе отсутствовали детали тумбы перископов и ходового мостика. Корабль вступил в строй только 16 июня, но вскоре снова стал в док для установки первой на БПЛ КБФ гидроакустической станции «Дракон-129». Эти работы завершились лишь 2 сентября, когда все попытки прорыва на просторы Балтики уже были прекращены. В начале 1944-го «Фрунзевец» прошел текущий ремонт и к октябрю числился полностью готовым к выполнению заданий командования.