В правление царя Алексея Михайловича неподалеку от Спасской башни во рву открылся лаз в тайный ход, приводивший в подземную камеру, располагавшуюся неподалеку от собора Василия Блаженного. Наиболее вероятно, что тайник был создан итальянцами, но не исключена возможность устройства его при возведении храма Василия Блаженного в 1555-1561 годы. От XVIII века дошло предание о том, что однажды в подклетах собора обнаружили бродяг, проникших туда от Спасского моста по подземной галерее. Еще ходили слухи, что до самой засыпки рва в 1813 году по какому-то тайнику у Спасской башни в Кремль свободно путешествовала бездомная публика.
В 1930 году при прокладке водостоков из Кремля был найден подземный ход на Красной площади. О нем рассказал археологам Кремля строитель П. В. Ялышев. Тайник обнаружили чуть правее Спасской башни, где-то у конца Спасского моста на глубине приблизительно 4-4,5 метра. Стены хода были выложены из кирпича, а сводом служили... кованые листы железа! Высота хода была в рост человека. По словам Ялышева, через каждые 4 метра в стенах подземной галереи встречались ниши (то слева, то справа) по размерам - на одного человека. На полу лежал слой золы и пыли толщиной примерно в 15 сантиметров. Подземный ход проследили на 15-18 метров. Он направлялся в сторону Лобного места. В 1932 году газета «Вечерняя Москва» опубликовала статью А. Рунова, посвященную древним подземным сооружениям столицы. В ней он сообщал: «При прокладке канализационных труб был обнаружен подземный ход, ведущий от Спасской башни к церкви Василия Блаженного на Красной площади. В подземелье лежало несколько скелетов в воинских доспехах XVIII века. Подземелье это, по авторитетнейшему заявлению академика А. Васнецова, должно тянуться к Москворецкому мосту, где некогда стоял бастион». По оценке А. М. Васнецова, подземный ход - «памятник первых самодержцев России», т. е. принадлежит концу XV - началу XVI столетия. Несмотря на то что Ялышев не упоминал о находке скелетов, думается, он и Рунов видели одно и то же сооружение. По сообщению Ялышева, тайник засыпали землей, не разрушая.
В 1880 году при ремонте собора Василия Блаженного архитектор Н. В. Никитин обнаружил в его подклетах следы бойниц и подземного хода. направлявшегося в сторону Кремля. Был ли это тайник, который соединял подземную камеру, обнаруженную в XVII столетии, с собором, или же это была другая галерея, узнать никто не удосужился. В 1990 году в соборе из дыры в полу первого этажа появился барсук. Сотрудники Исторического музея, филиал которого располагается в соборе, стали подкармливать зверька, приходившего не однажды, а затем передали его в зоопарк. Едва ли барсук сам прорыл тоннель, по которому захаживал в гости, ведь его шкурка была чистой и блестящей. Не воспользовался ли он для своих прогулок старинным тайником? И другой вопрос - где жил барсук? Ближайшее подходящее место - сад в Кремле. А значит, и подземная галерея могла вести туда же. О возможности существования такого хода писал в своей книге С. П. Бартенев: «Другой подземный ход шел от Тайницких ворот к Варварке, проходя под церковью Василия Блаженного». Но пока эта гипотеза ничем не подтверждена.
Рассказ о тайниках собора Василия Блаженного был бы неполным без упоминания про обследование храма в 1924 году, проведенное Д. П. Суховым и И. Я. Стеллецким. Под приделом Иоанна Милостивого они обнаружили замурованную комнату, в полу которой виднелась глубокая яма (вскоре засыпанная). Окна-бойницы найденной комнаты были заложены кирпичом. «В нижнем ярусе церкви вместо обычных окон - амбразуры, как со стороны реки, так и со стороны Красной площади [...]. В лабиринте подвалов собора к амбразурам такие же подступы, как и для пушек в башнях Китай-города и любого из монастырей»,- писал И. Я. Стеллецкий.
Открытие это навело Стеллецкого на мысль о том, что в XVI веке нижняя часть собора Василия Блаженного была предназначена для ведения боя. Каменные церкви не однажды становились малыми крепостями. Возможно, зодчие Барма и Постник задумали использовать собор для защиты подступов к Константино-Еленинским и Спасским воротам. А коль скоро собор мог превратиться в оборонную точку, то защитники его должны были иметь ходы для отступления, для подноса пороха, для получения подкрепления. Один из таких ходов, полагал Стеллецкий, шел к Спасской башне, вернее, под нее (не его ли остатки видел архитектор Н. В. Никитин?), другой - под Красную площадь, где он соединялся с тайником, приводившим в Кремль.