Через неделю открыли выход в Александровский сад из подземелья Угловой Арсенальной башни и стали вывозить скопившийся мусор и землю: Игнатий Яковлевич в это время продолжал раскапывать тайный ход в одиночку, пробираясь вдоль стены Кремля. Пройдя несколько метров, он уперся в каменную глыбу, свисавшую с потолка. Она закрывала большое отверстие. Разгадка пришла сразу: это тот самый пролом, устроенный при возведении Арсенала, через который шла засыпка тайника землей и песком. Казалось, до той части тайника, где он свободен от песка, рукой подать. Но неожиданно Р. А. Петерсон запретил раскапывать подземный ход и приказал Стеллецкому расчистить подземелье Угловой Арсенальной башни до ее древнего дна. Приступая к этой работе, Игнатий Яковлевич советовал взять родник в бетонное кольцо, опасаясь, что вода прорвет колодезный сруб, установленный еще в начале XIX века. Но никто не обратил внимания на предупреждение археолога. А 24 марта подземелье башни залила вода. Она шла не только из колодца, но и била фонтанчиками повсюду (в том числе и в подземном ходе). Необходимо было откачивать воду, но почти две недели ушло на поиски насоса, Когда наконец насос отыскали и установили, вода исчезла так же внезапно, как и появилась. Стеллецкий не мог понять, как строителю Угловой Арсенальной башни Пьетро Антонио Солари удавалось справляться с капризным источником. Разгадка должна была находиться где-то на дне колодца.
Раскопки в подземелье Угловой Арсенальной башни привели к еще одному открытию: родник в ней был заключен первоначально не в колодец, как уверяли все исследователи и историки, а в цистерну. Дно ее залегало на глубине 7 метров от поверхности земли, а диаметр достигал 5 метров. «Цистерна от стен башни спускалась вглубь концентрическими кругами (100) и оканчивалась небольшим круглым дном, выложенным камнем, с доступом для родниковой воды. На известном уровне воды в цистерне были устроены водоотводы, для них был использован подземный ход вдоль кремлевской стены к Царским и Патриаршим палатам» (101),- писал археолог в докладной записке Петерсону. Стеллецкий полагал, что после возведения Арсенала, когда канал в подземном ходе уничтожили, а сам ход замуровали, вода начала подниматься в цистерне все выше и выше, пока не затопила подземелье. В правление императрицы Анны Ивановны стены, подмытые водой почти на метр, отремонтировали, нижнюю часть цистерны засыпали на 1,5 метра строительным мусором, на котором и устроили колодезный сруб. В начале XIX века сруб получил новые венцы, а подземелье башни засыпали, но уже землей.
Осматривая еще раз Среднюю Арсенальную башню, археолог пришел к мысли, что подземный ход, не доходя до этой башни, должен повернуть в Кремль и пойти под Успенский собор, а от него - к Тайницкой башне. С нетерпением Стеллецкий ожидал продолжения раскопок в подземном ходе, но, судя по дневниковым записям, все лето ушло на расчистку подземелья Угловой Арсенальной башни, в сентябре работы здесь вообще не велись. К октябрю подземелье в некоторых местах раскопали до древнего дна, выложенного кирпичом. На высоте одного метра от пола нашли две амбразуры нижнего боя. Отверстия эти на половину их длины были разворочены. Со стороны Александровского сада их когда-то засыпали землей. Стеллецкий полагал, что в древности «от основания кремлевской стены берег круто сбегал к Неглинной, оставляя наружу массивную железную дверь в башню, выводившую на обрыв (102). В обрыве (береговой покатости) выходили наружу две амбразуры нижнего боя из башенного подземелья с цистерной. Очевидно, отверстия разворочены при использовании гаубиц».
3 октября 1934 года в Кремле состоялось заседание специальной комиссии, которая должна была решить судьбу раскопок Стеллецкого. В нее входили заместитель коменданта Ф. И. Тюряков, директор Оружейной палаты В. К. Клейн, архитекторы А. В. Щусев и Н. Д. Виноградов, а также гидролог из Метростроя Г. Г. Салопов.
Тюрякова в первую очередь интересовала причина появления трещин в стенах Арсенала. Объяснения Стеллецкого были следующими: «Пробираясь под камнями и песком, какими заложен и забит тайник, вода по невыясненным причинам вырвалась из подземных тисков в районе Средней Арсенальной башни, поднявшись на высоту до 6 метров, судя по тому, что здесь она обнаружена раскопками на глубине всего 6 метров от поверхности Кремля. Подмыв почву под фундаментами башни и Арсенала, вода вызвала осадку последних на 30-40 сантиметров, что и было причиной трещин западных стен Арсенала».
Выслушав отчет археолога и осмотрев тайник, члены комиссии приняли решение продолжить расчистку подземного хода. Но в начале ноября подземелье башни спешно освободили от остававшегося мусора и выход в Александровский сад замуровали. Стеллецкий надеялся на продолжение работ после октябрьских праздников, но ему предложили поехать в отпуск.