30 июня 1865 г. военный трибунал вынес приговор. Все подсудимые были признаны виновными. Э. Спейнджлера приговорили к шести годам тюрьмы, М. О’Лафлина, С. Мадда, С. Б. Арнолда — к пожизненному заключению, Л. Пейн, Д. Этцеродт, Д. Геролд и М. Е. Саррет были присуждены к смерти через повешение. Попытки добиться смягчения участи Мэри Саррет окончились неудачей (позднее президент Эндрю Джонсон уверял, что ему не доложили о ходатайствах о помиловании).
7 июля 1865 г. во дворе федеральной тюрьмы была воздвигнута виселица, которую окружили войска. На эшафот втащили находившуюся без сознания Саррет, стенающего Этцеродта, дрожащего, плачущего Геролда и сохранявшего угрюмое молчание Пейна. Генерал Хартренфт огласил приговор. Через несколько мгновений все было кончено… Белые повязки смерти, скрывавшие лица казненных, как бы символизировали печать молчания, наложенную на уста заговорщиков, и те тайны, которые они унесли с собой в могилу. А четверо других подсудимых были переведены в тюрьму, находящуюся на Драй Тортугас — выжженном солнцем островке в 100 милях от побережья Флориды. Форт Джефферсона, куда поместили заключенных, был окружен широким рвом, заполненным водой; в ров часто заплывали акулы.
Почему изменили первоначальный приказ президента Джонсона держать всех четверых арестантов в тюрьме города Олбени? Может быть, из-за соображений безопасности? Заключенные имели множество сочувствовавших и на Юге, и на Севере, а из Форта Джефферсона бежать еще не удавалось никому. Но возможно и другое — стремление, чтобы об осужденных ничего не просочилось на волю.
Говоря об этой гипотезе (а ее не раз высказывали некоторые американские авторы), надо помнить, что кроме М. О’Лафлина, умершего от желтой лихорадки на острове, остальные трое были в феврале 1869 г., за месяц до окончания срока президентства Джонсона, помилованы последним и выпущены на свободу. Никто из них не сделал никаких разоблачений. Перед смертью Спейнджлер (1879 г.) и Мадд (1882 г.) оставили данные под присягой заявления о своей невиновности, что противоречило имеющимся веским доказательствам их участия в заговоре.
Итак, правосудие свершилось. Страна могла быть спокойна — чудовищное преступление не осталось безнаказанным. Но, однако, какое-то смутное чувство неудовлетворенности тем, что наказаны лишь рядовые исполнители заговора и что главные преступники остались на свободе, владело многими современниками. Вскоре эти сомнения прорвались на страницы печати, зазвучали с трибуны конгресса.
А между тем чего же, казалось, больше — трибунал судил обвиняемых за подготовку убийства Линкольна и других высоких должностных лиц в сговоре с рабовладельческим президентом Девисом и главарями южной секретной службы и даже с другими «неизвестными лицами».
Неизвестные пока оставались неизвестными. Напротив, известный всем Джефферсон Девис находился в руках федеральных властей, в крепости Монро. "Через полгода после окончания процесса над заговорщиками юридическая комиссия палаты представителей американского конгресса занялась рассмотрением доказательств, имевшихся против Джефферсона Девиса (а также против одного из руководителей южной разведки Клемента Клея). Политическая обстановка в стране к этому времени заметно изменилась. Президент Эндрю Джонсон, взявший курс на примирение с плантаторами, восстановил против себя радикалов. Таким образом, занявшись расследованием роли Девиса, радикалы метили прежде всего в Джонсона.
Однако противники радикалов сумели нанести контрудар. В ходе перекрестного допроса свидетелей обвинения вскрылись обстоятельства, подрывавшие доверие к показаниям этих лиц. Ричард Монтгомери, как выяснилось, был в прошлом вором-рецидивистом, хорошо известным Нью-йоркской полиции, человеком, заведомо способным на лжесвидетельство. Генри фон Штейнекер (его настоящее имя Ганс фон Винкельштейн), оказывается, не только бежал из южной армии, но успел дезертировать и из войск северян, а также обвинялся в казнокрадстве! Доктор Меритт, как показало расследование, произведенное по приказу английского генерал-губернатора Канады, был знахарем, не брезговавшим самыми нечистоплотными махинациями. Не лучше обстояло дело и с другими свидетелями, особенно с С. Коновером (его настоящее имя Чарлз Дэнхем), который был уличен не только в даче ложных показаний, но и в попытке подбить к этому же других. Американские власти проявили оперативность и не дали ему скрыться (как успел исчезнуть фон Винкельштейн). Он был приговорен к 10 годам тюрьмы. Быть может, такой активностью прокуратура и военное министерство хотели защитить честь мундира и в то же время заткнуть рот слишком много знавшему и болтливому мошеннику. Однако на деле суд над Коновером сделал общеизвестными факты лжесвидетельства, с которыми ранее была знакома лишь узкая группа вашингтонских политиков.