Самым младшим из 5 его сыновей стал Василий, который родился в 1702 году в селе Богимово (по другим данным—Торбеево), сегодня Ферзиковского района Калужской области. Василию и его брату Михаилу суждено было стать первыми военными моряками в роду Прончшцевых. А Василию — еще и попасть в те места, где служил их отец.
В 1715 году Василий и Михаил Прончищевы вместе с Семеном Челюскиным прибыли для учебы в вышеназванную академию.
После окончания учебы Василий участвовал в Персидском походе Петра I в 1722 году, а затем более 10 лет служил на кораблях Балтийского флота. В связи с назначением в экспедицию Прончищев был «написан» из штурманов в лейтенанты.
В начале января 1735 года в Якутске были заложены бот «Иркутск» (командир лейтенант Петр Лассиниус) и дубель–шлюпка «Якутск», которую принял под свое командование лейтенант Василий Прончищев. Их спустили на воду 23 мая. В экспедицию на «Якутске» собрались: его постоянная спутница и жена Мария (в действительности—Татьяна) Прончищева, подштурман Семен Челюскин, геодезист Никифор Чекин и еще 40 человек. Среди них, особенно выделялся Семен Челюскин — опытный моряк. Прекрасный штурман, пытливый исследователь. Еще в феврале 1728 года Челюскин был определен в подштурмана, а спустя пять лет — в штурмана. Его глубокие познания в морском деле стали одной из причин назначения Челюскина в Великую Северную экспедицию. С первых же дней Семен Челюскин стал ближайшим помощником Василия Прончищева.
«Якутск» благополучно спустился по Лене и 2 августа достиг острова Столб, от которого начинается Ленская дельта. Этот остров — одна из достопримечательностей речной дельты, которая занимает обширное пространство у южного берега моря Лаптевых между Оленекским заливом и бухтой Тикси. Остров Столб — это единственный среди прочих речных островов — скала высотой до 100 метров. Остальные — это низкие острова, созданные природой из песчаных наносов, замерзающих во время полярной зимы, а летом — под воздействием теплых речных вод, тающих и соответственно меняющих свое местоположение. Отсюда на восток, север и запад расходятся Ленские протоки. Есть версия, что именно на острове Столб и была создана в годы Второй мировой войны тайная база нацистов.
Прончищеву выгоднее всего было пройти Крестяцкой протокой, которая вела на запад, но поиски фарватера в ней из-за спада воды не увенчались успехом; поэтому он решил вести дубель-шлюпку Быковской протокой на юго–восток.
17 августа 1735 года экспедиция Прончищева вышла через Быковскую протоку и направилась морем на запад. Море было совершенно чистым Через три недели дубель–шлюпка дошла до устья реки Оленек, где, из-за наступивших морозов, было решено зазимовать. Сначала путешественники занялись исследованием фарватера реки Оленек, прохода через бар, а затем втянулись в речку, поскольку, по словам Беринга, «за поздним временем и от великих морозов далее следовать было неможно». В устье реки в то время уже находилось русское селение, где жило 12 семей промышленников. Неподалеку — селения чукчей и тунгусов. С подходом «Якутска» селяне убежали в ближайшую лесную чащу, и лишь через некоторое время вернулись в свои дома. Как понял Прончищев, они испугались нападения чужаков. Поэтому оба зимовочных дома он стал строить в стороне от селения.
11–месячная зимовка прошла успешно, если не считать, что часть путешественников заболела цинготной болезнью. Отношения с местным населением установились дружескими с самого начала. Прослышав о приезжих и желая посмотреть на них, к устью Оленека приезжали эвенки и якуты. Прончищев старательно собирал у них сведения о прибрежной полосе, о населении, об ископаемых. Приезжие охотно отвечали на расспросы лейтенанта; в частности, рассказали Прончищеву о руде на реке Анабаре. Зима прошла благополучно, но весною несколько зимовщиков, в том числе и сам Прончищев, заболели цингой.
В тот год Оленекский залив вскрылся ото льда в обычное время — в июне, однако сплошной лед оставался у берегов еще два месяца. Только 3 августа 1736 года льды отступили от устья реки и позволили «Якутску» направиться к Анабаре. Плавание протекало без затруднений. Но за Анабарой встретились льды, среди которых мореплаватели пробирались «с величайшей опасностью». 18 августа «Якутск» достиг залива Фаддея, сплошь покрытого гладким льдом. Далее на западе, за входом в залив, виднелся тянущийся на север берег, в том же направлении поворачивал и край припая, заполнившего все пространство до островов Самуила (ныне острова Комсомольской Правды). Прончищев повел судно на север вдоль кромки льда. Залив Фаддея поразил путешественников резким контрастом низменного галечного берега и высоких гор хребта Бырранга на горизонте. А также — многочисленными стадами моржей и белух, мирно плававших вблизи берегов.