Победу омрачило одно. Возобновление войны с Польшей спровоцировало в областях Литвы с католическим большинством партизанскую войну. И Долгоруков, осознав это, 19 (29) октября повел костяк армии в безопасные православные районы. 7 (17) ноября 1658 г. они, а вместе с ними и русское посольство Н.И. Одоевского, добрались до Шклова, откуда позднее из-за нехватки провизии перебазировались под Смоленск. В результате Москва более не контролировала половину княжества Литовского. Гарнизоны в Вильно, Гродно, Ковно, Минске, Слониме, Новогрудке и иных городах на западе Белой Руси фактически перешли на осадное положение. Понятно, что такой финал от инструкций Одоевского никак не зависел. Поляки, заполучив на южном фланге союзников в лице Выговского и татар, уклонились бы от диалога по-существу при любом раскладе. К тому же часть казаков обороняла города на востоке Белой Руси — Мстиславль, Рославль, Чаусы, Кричев, Старый Быхов, покоренный полком Ивана Нечая в 1657 г. Теперь их предстояло снова освобождать. Чему посвятили целую кампанию, кампанию 1659 г.
Медленно, шаг за шагом, отряды окольничего Ивана Ивановича Лобанова-Ростовского изгоняли сторонников шляхтетского гетмана из смоленских городов. К лету заняли все, кроме Старого Быхова. Этот крепкий орешек на Днепре помимо храброго Нечая оберегал брат Выговского Самойла. Приковать к себе русских сумели на полгода. Но в ночь на 4 (14) декабря 1659 г. измученный блокадой гарнизон капитулировал, не выдержав штурма. И Нечай и Самойла Выговский попали в плен. Ну а гетман Выговский в 1659 г. попытался взять реванш, заручившись помощью крымского хана и польских наемников. 7 (17) февраля «прелестными писмами» принудил к сдаче Миргород, затем блокировал Зеньков. Под ним и застрял. Россия ответила выдвижением мощной двенадцатитысячной группировки князя А.Н. Трубецкого в дополнение к зимовавшему у Лохвиц войску Г.Г. Ромодановского и Ф.Ф. Куракина аналогичной численности. Объединенная армия 20 (30) апреля осадила Конотоп, ставку полковника Г. Гуляницкого.
Здесь и произошло генеральное сражение. Выговский не просто кинулся на выручку своему представителю на Левобережье, а намеревался уничтожить русскую армию как боевую единицу. Однако положиться мог разве что на татар и поляков. Казаки шли в бой крайне неохотно. Оттого и конотопская битва, длившаяся несколько дней, с 28 июня (8 июля) по 10 (20) июля, превратилась в пиррову победу гетмана. Она вымотала татар и поляков — истинных избавителей Гуляницкого. Ханская кавалерия заманила и порубила в засаде авангард С.Р. Пожарского. Немецкие «рыцари» отбросили к Конотопу заслон Г.Г. Ромодановского. Сообща «иноземцы» четыре дня безуспешно прорывали русские шанцы близ городских стен и в конце концов заставили Трубецкого 2 (12) июля ретироваться к Путивлю. Затем дня четыре налетами тревожили ощетинившийся пушками и мушкетами русский обоз, медленно откатывавшийся на восток. Потери понесли невосполнимые. Так что финал трехнедельной осады Гадяча в июле-августе поляками, татарами и казаками вполне логичен: слухи о разбойных рейдах донского казачества на крымском побережье увели Мехмеда IV Гирея домой. Боеспособность обескровленных шляхтичей упала почти до 1гуля. Казаки воевали из-под палки. И нет ничего удивительного в том, что А.Н. Трубецкой, перейдя в контрнаступление 4 (14) сентября, с противником практически не сталкивался. Уже 24 августа (3 сентября) в русское подданство возвратился Переяславский полк Тимофея Цецюры, 1 (11) сентября — Нежинский Василия Золотаренко, 3 (13) сентября — Лубенский Якова Засадко. К 7 (17) сентября за Россию «проголосовали» все черкасские полки, в том числе и «заднепровские». Так что 27 сентября (7 октября) 1659 г. Трубецкой занял Переяславль без боя, под звон колоколов. Там 17 (27) октября гетманскую булаву от отрекшегося Выговского унаследовал избранный на казацкой раде Юрий Хмельницкий. Лояльность «черкасе» простиралась до того, что размещение русских гарнизонов в Нежине, Чернигове, Брацлаве и Умани помимо Киева никто не опротестовал.