Понять, ради чего Алексей Михайлович простил молодого проповедника, мы сможем, вспомнив, когда и при каких обстоятельствах царь помиловал священника — в конце 1659 или в первой половине 1660 г., в разгар битвы за Украину, в период между двумя катастрофами — конотопской и чудновской, после отъезда Никона в «отпуск» в Иверский и Крестный монастыри. Победа Польши означала избрание в Москве на Священном соборе патриархом «боголюбца», человека Неронова. И велика вероятность того, что нероновцы постарались бы устроить в московском государстве то же, что монах Савонарола полутора веками ранее учинил во Флоренции. Царство абсолютного аскетизма. Для предотвращения столь неблагоприятного развития событий Аввакума и вызволили из ссылки. Натиск церковной власти на светскую Алексей Михайлович попытался бы ослабить на манер истории Самко и Золотаренко — ссорой ученика с учителем, Аввакума с иноком Григорием.
Правда, пока протопоп три года добирался из земли Даурской до белокаменной столицы, много воды утекло. А главное, бесславно завершился поход Яна-Казимира на левый берег Днепра, предрешив тем самым исход спора за Патриарший престол. Заинтересованность царя в протопопе в одночасье пропала. Впрочем, ему дали шанс прижиться при московском дворе. И в Кремле разместили, и благословения испрашивали, и деньгами жаловали. Все напрасно. Аввакум ничем не соблазнился. Зато, возобновив проповедческую деятельность, на фоне помалкивавшего Неронова выдвинулся в лидеры старообрядцев, день ото дня расширяя число приверженцев, особенно среди знати. Не чурался и открытых диспутов с грекофилами в доме Ртищева. Под конец совсем осмелел и обеспокоил государя челобитной, призывавшей восстановить «старое благочестие», искоренив ересь, а патриархом провозгласить истинного «пастыря православного».
29 августа (8 сентября) 1664 г. протопоп удостоился того, чего добивался, — изгнания из Москвы официально в Пустоозерск, фактически в Мезень. Там и ожидал финала кампании по разгрому «боголюбцев». 13 (23) мая 1666 г. Большой Московский собор «изверг» его из сана и проклял. 26 августа (5 сентября) 1667 г. Алексей Михайлович приговорил строптивца к изоляции в Пустоозерске, теперь уже без всяких снисхождений. Неоднократные попытки братьев разных подмосковных монастырей, царских приближенных образумить священника не увенчались успехом. 12 (22) декабря 1667 г. вместе с тремя такими же, как он, упрямцами Аввакума привезли в заполярный острог. Здесь проповедник прожил свыше четырнадцати лет, большую часть в земляной тюрьме, и 14 (24) апреля 1682 г. взошел на костер.
Аввакум возглавил «боголюбцев» на стадии их агонии. Благодаря неиссякаемой энергии нового вождя она затянулась и обманчиво выглядела не концом, а началом. Между тем признаки обратного проявились уже в 1665 г. На Вологодчине и в Нижегородском краю (в районе Вязниковской слободы) вспыхнули «дехтярные струбы» с запершимися внутри отчаявшимися приверженцами двоеперстия. Не менее красноречиво о том же свидетельствовали перипетии Соловецкого бунта. Ведь обращение в свою веру Соловков — наивысшее достижение старообрядцев. Однако сочувствие им на острове не было поголовным. Община со дня знакомства осенью 1657 г. с изданными Никоном «Служебниками» раскололась на два лагеря. Большинство с архимандритом Ильей реформу отвергло, меньшинство приняло. Частичный реванш последние взяли при архимандрите Варфоломее 22 октября (1 ноября) 1661 г., добившись права петь «наречием против правленых печатных книг». Хрупкий мир просуществовал четыре года. Стоило Варфоломею поехать на собор, разбиравшийся с радикальной оппозицией, «ревнители благочестия» упразднили чуждое им «наречное пение», а Москву обременили жалобой на «пьянство» архимандрита, в хмельных загулах «истощившего» монастырскую казну и добрую половину хлебных запасов.
Царь 14 (24) августа 1666 г. поручил архимандриту ярославского Спасского монастыря Сергию умиротворить конфликтующие стороны. Увы, к медиатору большинство не прислушалось, и, как только он отправился с острова на материк, отстранило «варфоломеевцев» от управления обителью, избрав келарем чернеца Азария, казначеем — попа Геронтия, кандидатом в архимандриты — старца Никанора, в прошлом архимандрита Савво-Сторожсвского. В надежде на царское одобрение Никанор весной 1667 г. посетил Москву и публично отрекся перед собором от запрещенных обрядов. Тем не менее Алексей Михайлович старого знакомого в должности не утвердил, а пожаловал 23 июля (2 августа) в архимандриты Соловецкие строителя столичного Соловецкого подворья старца Иосифа. 15 (25) сентября 1667 г. его встреча с подчиненными окончилась конфузом. Иосифа прогнали с острова. 21 сентября (1 октября) туда вернулся Никанор, с подачи которого на другой день монахи в адресованной на высочайшее имя челобитной предупредили: «Изменить апостольскаго пореченного (и отеческаго) предания не будем во веки!»