Примечательной структурой был приказ «Что на сильных людей челом бьют». Аналогичный орган действовал в годы реформ Избранной рады при Иване IV Грозном, но в дальнейшем практика принятия челобитных на «сильных людей» была забыта. Поставив Черкасского главой подобного приказа, царь обоснованно ожидал от него справедливого и беспристрастного рассмотрения народных жалоб на самоуправство вельмож.
Назначение Черкасского главой Аптекарского приказа свидетельствует об особом доверии царя к боярину. Ведь глава Аптекарского приказа отвечал за важнейшую составляющую всей государственной жизни – здоровье царя и царской семьи. Как ближайший родич царя, Черкасский привлекался для решения весьма щекотливых дел. Так, в 1623 г. царь и патриарх поручили И. Н. Романову, И. Б. Черкасскому и Ф. И. Шереметеву рассмотреть вопрос о здоровье нареченной царской невесты Марии Хлоповой, отставленной и сосланной в Тобольск за то, что якобы скрыла свою тяжелую болезнь. В ходе расследования бояре выяснили, что Хлопова пала жертвой интриг со стороны Салтыковых, родичей матери царя – царицы-инокини Марфы. Салтыковы были сосланы, но Михаил Федорович так и не женился на Хлоповой. Обиженная за родичей, мать царя воспротивилась этому браку.
Своим богатством князь И. Б. Черкасский даже превосходил троюродного брата – князя Дмитрия Мамстрюковича. Он слыл первым богачом на Москве. В столице ему принадлежало четыре двора – в Кремле, на Знаменке, Кисловке и Никитской. Еще один двор Черкасского находился за городом, в Пушкарской слободе. В 1638 г. ему принадлежало 2149 крестьянских дворов.
Князь И. Б. Черкасский скончался в 1642 г., не оставив потомства, и также был похоронен в Новоспасском монастыре.
На рубеже XVI–XVII вв. действовал еще один представитель рода – князь Василий Карданукович (до крещения Казы-мурза) – троюродный брат И. Б. Черкасского. Он был сыном князя Карданука Дударукова. Неизвестно, когда князь Василий Карданукович выехал на Русь, но в 1582 г. он упоминается в разрядах как воевода полка правой руки в Новгороде, в походе на шведов. В 1586 и 1588 гг. князь возглавлял передовой полк в походе на «украйны», в 1589 г. нес «береговую службу» в Кашире и Одоеве. Во время набега Казы-Гирея в 1591 г. был первым воеводой передового полка на Туле, а при обороне Москвы возглавлял полк левой руки. В дальнейшем князь В. К. Черкасский неоднократно нес службу на южных рубежах.
Царь Борис Годунов возвел князя Василия Кардануковича в бояре на следующий день после своей коронации. В отличие от своей родни, князь Василий ориентировался на Годунова, а не на Романовых. В апреле 1599 г. он местничался с князем Борисом Камбулатовичем и не без поддержки царя, одержал над тем верх. При Годунове он часто нес службу в столице, участвовал в дворцовых церемониях и приемах послов. Князь В. К. Черкасский был женат на сестре главы Боярской думы – княжне Анастасии Ивановне Мстиславской. Родство с влиятельным, но лояльным правителю и царю Борису Мстиславским было безопасным для карьеры Черкасского при Годунове. В 1604 г. князь Василий Карданукович был послан на воеводство в Смоленск. Стратегически важное положение этого города в момент начала самозванческой интриги в Литве подтверждает высокую степень доверия Бориса Годунова к князю В. К. Черкасскому.
В то же время близость к Годунову не повредила князю В. К. Черкасскому при Лжедмитрии I. В составленном при самозванце проекте Государственной Рады он включен в число советников. Правда, Лжедмитрий не пожелал оставить князя В. К. Черкасского в столице и отправил его в 1606 г. в Тулу «разбирать» служилых людей, а затем на воеводство в Рязань. Вероятно, там князь и был взят в плен в 1607 г. сторонниками нового самозванца – Лжепетра, выдававшего себя за никогда не существовавшего в действительности сына царя Федора Ивановича, царевича Петра, – и приведен в его резиденцию Путивль.