Армия Бориса Годунова под Кромами таяла из-за дезертирства. В воинском стане начались болезни. Между тем оправившийся от поражения Лжедмитрий вел из Путивля активную и весьма успешную агитацию, обращаясь к населению Северщины и южных крепостей, да и к царским воеводам. Исход этого противостояния решила внезапная смерть царя.
13 апреля 1605 г. неожиданно для всех скоропостижно скончался Борис Годунов. Умирающего царя успели постричь в монахи с именем Боголеп, а на следующий день Москва принесла присягу царевичу Федору Борисовичу Годунову, единственному сыну покойного царя. Внезапная смерть вызвала множество слухов. Царь будто бы в ужасе и порыве раскаяния принял яд. Однако более верным представляется известие, что причиной смерти Бориса Годунова стал апоплексический удар – паралич. Годунова похоронили в древней царской и великокняжеской усыпальнице – Архангельском соборе Московского Кремля.
Судьба царя Бориса связана с удивительным парадоксом. Он стремился оказать реальную помощь народу, повысить его благосостояние, укрепить военную мощь и внешнеполитическое положение державы. Однако не только не был популярен, но и, наоборот, зачастую ненавидим. Причина подобного отношения к царю крылась, вероятно, в том, что общество не могло простить ему восхождения на царский трон из толпы подданных. В русских исторических повестях начала XVII в. Годунов часто называется «рабо-царем», т. е. царем из рабов. Восхождение его на престол разрушало идею священной и недосягаемой царской власти, имеющей не земное, а небесное происхождение. «Первый, – писал о Годунове и Лжедмитрии I современник событий дьяк Иван Тимофеев, – был учителем для второго… а второй для третьего и для всех тех безымянных скотов, а не царей, которые были после них».
Правление Федора Годунова – самое непродолжительное царствование в истории России – было лишь слабой попыткой остановить крушение династии Годуновых перед лицом торжества Лжедмитрия I.
Вскоре после смерти Бориса Годунова несколько воевод царской армии, стоявшей под Кромами, организовали заговор с целью перейти на сторону самозванца. Утром 7 мая мятежники бросились на воевод, верных Годуновым, и схватили их. Воеводы – князь М. П. Катырев-Ростовский, князь А. А. Телятевский и некоторые другие – попытались оказать сопротивление и сдержать мятеж, но были вынуждены бежать. Вместе с ними восставший лагерь покинули еще несколько сотен, верных царю Федору Борисовичу воинов. Мятежное войско соединилось с кромским гарнизоном и отправило посольство в Путивль с изъявлением покорности самозванцу. Участь царя Федора была решена.
Шествие Лжедмитрия I от Путивля до Тулы можно назвать триумфальным. Массы народа стекались приветствовать «истинного царевича». Из-под Тулы в Москву самозванец отправил гонцов – Г. Г. Пушкина и Н. М. Плещеева – с призывом к москвичам свергнуть царя Федора и его мать царицу Марию Григорьевну и признать его права на престол. Казаки атамана Корелы доставили посланцев Лжедмитрия I в Красное село, где Пушкин и Плещеев привлекли на свою сторону «мужиков красносельцов». В сопровождении большой толпы «мужиков» посланцы проникли в Москву и на Красной площади при большом скоплении народа прочли грамоту самозванца. Здесь вступил в дело Богдан Бельский. Он заявил, что самозванец – это истинный царевич, а Годуновы – узурпаторы престола. Стремясь отомстить Борису за унижения, Бельский не пожалел ни своей двоюродной сестры, царицы Марии Григорьевны, ни ее детей.
Это послужило началом к восстанию: народ бросился в Кремль, схватил Годуновых и начал грабить их дворы, а также дворы их однородцев – Вельяминовых и Сабуровых. Царя Федора, царицу Марию Григорьевну и царевну Ксению заточили на старом дворе Бориса Годунова. Погребение царя Бориса в Архангельском соборе было вскрыто, а его прах перенесен на кладбище Варсонофьевского монастыря, где хоронили бездомных и убогих. Москвичи принесли присягу новому царю.
10 июня 1605 г. в Москву прибыли любимцы самозванца – боярин П. Ф. Басманов, князь В. В. Голицын, князь В. М. Рубец Мосальский, дворянин М. А. Молчанов и дьяк А. В. Шерефединов. Они низложили и сослали из Москвы престарелого патриарха Иова, а затем, в сопровождении трех стрельцов, пришли к месту заключения Годуновых. Царицу Марию Григорьевну убийцы удавили быстро, но юный царь Федор оказал им отчаянное сопротивление. Наконец и он был убит. Князь В. В. Голицын объявил народу, что царь и царица приняли яд. Царевну убийцы пощадили: ее ждала печальная участь наложницы самозванца, а затем – монашеский клобук.
Современники, даже те, кто нисколько не симпатизировали царю Борису, единодушны в похвалах Федору Годунову. Князь И. А. Хворостинин называет его «благородным и светлейшим юношей». В народе сожалели о смерти царя Федора, вспоминая его добродетели и нравственные достоинства.