Причастность Пушкиных к противникам Петра I подчеркивают и другие родственные связи этой семьи. Дочь Я. С. Пушкина Ирина в 1716 г. вышла замуж (третьим браком) за стольника Ивана Ивановича Цыклера, сына казненного Ивана Елисеевича. Родственница Матвея и Якова Степановичей Пушкиных, Ирина Федоровна Пушкина, была женой предводителя знаменитой Хованщины – князя Ивана Андреевича Хованского.
В результате опалы самая выдающаяся линия рода пресеклась. Сын Ф. М Пушкина, Федор Федорович, умер в Енисейске, не оставив детей. Родственные связи дочерей Ф. М. Пушкина чрезвычайно интересны. Евдокия Федоровна, в замужестве Боборыкина, оставила дочь Анну (род. 1746), вышедшую замуж за Юрия Петровича Лермонтова (см. очерк о Лермонтовых). Сестра Евдокии Федоровны, Прасковья, была замужем за сыном знаменитого украинского гетмана – Александром Петровичем Дорошенко. Ее правнучка, Наталия Ивановна Загряжская, вышла замуж за Николая Афанасьевича Гончарова и стала матерью Наталии Гончаровой. Таким образом, М. Лермонтов и Н. Гончарова приходились друг другу пятиюродными братом и сестрой. Наконец, Екатерина Федоровна была женой Грибоедова, одного из представителей семьи, давшей России великого драматурга, автора «Горя от ума». Вероятно, это был Федор Иванович Грибоедов – прапрадед Александра Сергеевича.
После пресечения ветви Гаврилы Григорьевича к началу XVIII в. осталась только одна линия рода – потомство опричника Семена Михайловича. Сын Семена Михайловича, Тимофей Семенович, в 1601 г. был воеводой в Цареве-Борисове, в 1618 г. – в Цивильске. Он оставил сына Петра Тимофеевича Черного Толстого, служившего воеводой сторожевого полка в Пронске в 1624 г. В 1625–1628 гг. Петр Тимофеевич воеводствовал в Тюмени и умер около 1634 г. От брака с Еленой Григорьевной Сунбуловой (из древнего рязанского рода) Петр Тимофеевич оставил сына – Петра Петровича, служившего в стольниках.
Петр Петрович прожил недолго и скончался в 1661 г. Его вдова, Анастасия Афанасьевна (урожденная Желябужская), известна по одному скандальному судному делу. В 1675 г. стольник, князь Иван Петрович Козловский, повинился царю в том, что «жил с племянницею своею с двоюродною с Петровой женою Петрова сына Пушкина с Настасьею Офанасьевой дочерью, лет с десять и больши» (т. е. состоял с ней во внебрачной связи). Царь Алексей Михайлович приказал взять Козловского под стражу, а Анастасию Пушкину отправить в Страстной монастырь, где держать «под крепким начальством». Неизвестно, сколько времени провела Пушкина в монастыре, но впоследствии она переписывалась с царевной Прасковьей Ивановной (внучкой царя Алексея Михайловича), из чего можно заключить, что прожила она долго.
Сын Петра Петровича, также Петр Петрович, стольник и второй судья Владимирского судного приказа, умер 12 февраля 1692 г. Он имел пятерых сыновей, из которых третий, Александр Петрович, был прадедом поэта по отцовской линии, а пятый, Федор Петрович, – прапрадедом по материнской.
Александр Петрович Пушкин родился в 90-е гг. XVII в. В 1718 г. он поступил на службу в лейб-гвардии Преображенский полк солдатом, а в 1722 г. произведен в сержанты и каптенармусы. Женой Александра Петровича стала дочь любимого денщика Петра I, а затем адмирала Ивана Михайловича Головина, Евдокия Ивановна. В 1725 г. Пушкин в припадке ревности или сумасшествия зарезал свою жену. За убийство Александр Петрович был арестован и умер в тюрьме. Двое детей Пушкина – Лев и Мария – остались сиротами, их взял на воспитание дед Головин, к которому перешли и управление семейными владениями Пушкиных. Эти имения располагались в Московском, Зарайском, Коломенском, Рязанском и Дмитровском уездах. Кроме того, в 1718 г. к Александру Петровичу по завещанию его бездетного родственника Ивана Ивановича Пушкина перешли все его земли, и в том числе знаменитое село Болдино в Нижегородском уезде. Когда-то это село пожаловал царь Михаил Федорович деду И. И. Пушкина Федору Федоровичу за «московское осадное сиденье», т. е. за участие в отражении похода на Москву королевича Владислава в 1618 г.
Лев Александрович Пушкин (1723– 1790), сын Александра Петровича, еще в детстве был записан в службу в лейб-гвардии Семеновский полк. Карьера его шла без особых взлетов и падений. В 1759 г. Л. А. Пушкин получил чин майора. Когда произошел переворот Екатерины II, Лев Александрович, верный присяге Петру III, отказался признать новую императрицу, попал под арест и, по некоторым данным, провел в заключении два года. В 1763 г. он вышел в отставку с чином подполковника и уже больше никогда не служил, а жил в Москве или в своих деревнях. А. С. Пушкин характеризовал своего деда Льва Александровича как человека «пылкого и жестокого».