В начале XVII в. в России разразилась гражданская война, получившая у современников имя Смуты. Бурные события гражданской войны захватили и Касимов.
В 1606–1607 гг. Касимов, как и другие города Юга России, держал сторону И. И. Болотникова, выступившего под знаменами чудесно спасшегося «царя Дмитрия» против царя Василия Шуйского. В 1608 г. Ураз-Мухаммед признал истинным государем Лжедмитрия II и перебрался в его лагерь в Тушино. Сохранились письма царя касимовского к одному из главных деятелей тушинского движения – гетману Я.-П. Сапеге. В одном из них Ураз-Мухаммед просил у гетмана «оберегательных» грамот от постоя тушинцев для своих поместий в Углицком, Владимирском и Ярославском уездах. После бегства Лжедмитрия II из Тушина в Калугу, Ураз-Мухаммед недолгое время находился в лагере короля Сигизмунда III под Смоленском. По поручению короля он безуспешно пытался склонить смоленский гарнизон к сдаче. Вскоре хан покинул Сигизмунда III и перебрался в Калугу, где был встречен с почетом.
Касимовские татары активно участвовали в движении, охватившем в 1608– 1609 гг. большую часть Поволжья. Татары, мордва, мари и другие народы Поволжья осадили Нижний Новгород, подступали и под другие города. Боярин Ф. И. Шереметев, двигавшийся на выручку к Москве, разбил отряды восставших в Поволжье и осадил Касимов. Город держался стойко, боярин взял Касимов приступом «и воровских людей многих побил, а иных в живых взял; и тех, которых мучили в темнице за царя Василия, всех освободил».
В это время Ураз-Мухаммед находился при дворе Лжедмитрия II в Калуге. Русские и иностранные источники сходно сообщают о гибели Ураз-Мухаммеда. Сын хана, также находившийся в Калуге, донес Лжедмитрию II, что отец хочет ему изменить. Самозванец решил казнить хана, заманил его на охоту и вместе с двумя приближенными убил, а тело бросил в реку. Согласно эпитафии это произошло 22 ноября 1610 г. Сам Лжедмитрий II ненадолго пережил Ураз-Мухаммеда. Ногайский князь Петр Урусов решил отомстить самозванцу за смерть царя касимовского и 11 декабря убил Лжедмитрия II на охоте.
В 1614 г. царь Михаил Федорович посадил на касимовский престол хана Араслана Алеевича (Альп-Арслана). Новый хан был сыном сибирского царевича Али и внуком Кучума. В 1598 г. во время разгрома хана Кучума воеводой Воейковым, Араслан был взят в плен и привезен в Москву. В 1612 г. он был воеводой во Втором ополчении, и до 1613 г. стоял во главе отряда татар на Вологде. В правление Араслана московское правительство начало наступление на ханскую власть. Грамота 1621 г. Араслану о взимании пошлин показывает, что споры и иски между князьями, мурзами и татарами «царева двора» разбирали уже государевы приказные люди.
В конце 10-х гг. XVII в. касимовские татары активно действовали в походах и войнах против поляков, литовцев, казаков и «русских воров», разбойничавших в различных областях государства. В 20-е гг. касимовцы ежегодно несли «украинную» службу, т. е. были в войсках, стоявших на границах на случай возможного прихода крымских татар. В 1633–34 гг. касимовские татары участвовали в неудачном Смоленском походе боярина М. Б. Шеина.
В 1627 г. после смерти Араслана на престол вступил его сын царевич Сеид-Бурхан. В это время он был еще ребенком, и русское правительство воспользовалось этим, чтобы еще больше ослабить ханскую власть. Опись Касимова, составленная в том же 1627 г. показывает, что в самом городе практически все доходы принадлежали уже царю Михаилу Федоровичу. Государю шел доход с кабаков, таможенной избы и рыбных ловель. В малолетство Сеид-Бурхана был установлен строгий надзор за тем, чтобы он не имел никакого общения с иностранными послами и купцами, проезжавшими через Касимов. Немецкий путешественник А. Олеарий, посетивший Россию в 1634 г. в составе шлезвиг-голштинского посольства, пишет, что послы послали Сеид-Бурхану в подарок фунт табаку и бутылку французской водки, что весьма понравилось царевичу, и он благодарил, но извинялся, что не может принять их в своем дворце, боясь недовольства воеводы. Олеарий же сообщает, что русские уговаривали царевича принять крещение, обещая ему руку царской дочери, на что приближенные отвечали, что Сеид-Бурхан еще слишком молод, чтобы вести разговоры об этом. Падение значения Касимовского ханства отразилось и в титуле его владельца – Сеид-Бурхан, в отличие от отца, назывался не царем, а царевичем.
В 1653 г. Сеид-Бурхан принял православие с именем Василия Араслановича. Насколько добровольным был это шаг, сказать трудно. Визирь крымского хана в грамоте к царю Алексею Михайловичу укорял его в том, что русские «насильно окрестили султана Ханкирманского…»