Алексеев сильно хворал. Сначала болезнь никаких осложнений не предвещала — насморк от простуды. Появившийся кашель свидетельствовал уже о бронхите, а потом резкое прогрессирование болезни. Боли за грудиной, вялость, потливость, бессилие и, наконец, сердце не выдержало из-за отека легких.
Алексеев скончался от воспаления легких 8 октября 1918 года и был похоронен в Войсковом соборе Кубанского казачьего войска в Екатеринодаре. При отступлении белых войск в начале 1920 года его прах по настоянию вдовы был перевезен в Сербию и перезахоронен в Белграде.
В кабинете Алексея Максимовича Каледина было найдено письмо, датированное 29 января 1918 года. Оно адресовалось генералу от инфантерии, генерал-адъютанту Михаилу Васильевичу Алексееву. В нем атаман писал видному полководцу и прославленному генштабисту:
Самоубийство атамана потрясло Тихий Дон. Потом его преемник генерал П. Н. Краснов о Каледине скажет:
А она, эта самая совесть, пробудилась от зверств Троцкого и ему подобных, ненавидевших казачество и православную веру. Казаки, недавно примирившиеся с мыслью о переводе стрелок на мирную жизнь, поняли по поведению красноармейцев и быстро насаждающейся местной власти со своими жестокостями, неизбежность скорой расплаты. Многие поняли, что в таких условиях возможности выжить у них нет. Одни считали, что надо сопротивляться, другие — уходить в партизанку, а потом к белому офицерству.
Каледина похоронили со всеми почестями 2 февраля 1918 года. Супруга — Мария Петровна пережила его на год. Могил не сохранило время, а главное — люди и события. Их сына в одиннадцатилетнем возрасте принял водоворот тихого Дона, — он утонул. Личные материалы Каледина побывали в Югославии и Чехословакии. После войны пражский архив атамана был возвращен в СССР и в настоящее время находится в спецхранении.
После этого на Дону развернулась полная героизма и драматизма, замешанная на кровавом трагизме борьба белого и красного казачества. Это была война, на которой отец мог убить сына, сын — отца, брат — брата. Идеология стравливала людей для кровавых сшибок. Народные массы, крестьянство и мятежное казачество «проголосовали на выборах» за Советскую власть, после чего люди убивали несогласных, агитируя друг друга с оружием в руках, где земляк стрелял в земляка, сосед — в соседа, где вчерашние закадычные друзья становились заклятыми, непримиримыми врагами.
Дон требовал крови, и она полилась ему в угоду…
В феврале 1918 года в городе Новочеркасске собрался Четвертый Малый круг Войска Донского. Под давлением пружины Красной Армии его делегаты практически единогласно приняли решение незамедлительно начать переговоры с командованием советских войск.
Красноармейские отряды 23 февраля вступили в Ростовна-Дону, а через два дня красный отряд Голубова без всякого сопротивления вошел в город Новочеркасск. Войсковой круг был разогнан, атаман А. М. Назаров и председатель круга Е. А. Волошинов были арестованы и вскоре расстреляны.
Понимая, что пощады от Советской власти им не светит, более полутора тысяч донских казаков ушли в партизаны с походным атаманом П. Х. Поповым, ушли в Сальские степи, чтобы продолжить борьбу с большевиками.