Драмой царской семьи была болезнь сына Алексея — гемофилия. Как уже говорилось, эта неизлечимая болезнь и обусловила появление в царском доме «исцелителя» Григория Распутина, который неоднократно помогал Алексею побороть ее приступы.
Переломным рубежом в судьбе Николая стал 1914 год — начало Первой мировой войны. Царь не хотел войны и до самого последнего момента пытался избежать кровавого столкновения. Однако 19 июля (1 августа) 1914 года Германия объявила войну России.
В августе 1915 года, в период военных неудач, Николай принял на себя военное командование и теперь бывал в столице лишь изредка, большую же часть времени проводил в ставке Верховного главнокомандующего в Могилеве.
Война обострила внутренние проблемы страны. На царя и его окружение стали возлагать главную ответственность за военные неудачи и затянувшуюся военную кампанию. Распространились утверждения, что в правительстве «гнездится измена».
В конце февраля 1917 года в Петрограде начались волнения, которые, не встречая серьезного противодействия со стороны властей, через несколько дней переросли в массовые выступления против правительства и династии. Первоначально царь намеревался навести порядок в Петрограде силой, но когда выяснился масштаб беспорядков, отказался от этой мысли, опасаясь большого кровопролития. Некоторые высокопоставленные военные чины, члены императорской свиты и политические деятели убеждали царя в том, что для умиротворения страны требуется перемена правления, что необходимо отречение его от престола. 2 марта 1917 года в Пскове, в салон-вагоне императорского поезда, после мучительных раздумий Николай подписал акт отречения, передав власть своему брату великому князю Михаилу Александровичу Но тот корону не принял.
9 марта Николай и царская семья были арестованы. Первые пять месяцев они находились под охраной в Царском Селе, в августе 1917 года их переправили в Тобольск. Через полгода после победы Октябрьской революции 1917 года большевики перевели Романовых в Екатеринбург. В ночь на 17 июля 1918 года в центре Екатеринбурга, в подвале дома инженера Ипатьева царская семья была без суда и следствия расстреляна.
Решение о расстреле бывшего императора России и его семьи принял Уралисполком — по собственной инициативе, но с фактического «благословения» центральных советских властей (в том числе Ленина и Свердлова). Кроме самого Николая II, были расстреляны его жена, четыре дочери и сын Алексей, а также доктор Боткин и прислуга — повар, горничная и «дядька» Алексея (всего 11 человек).
Руководил расстрелом комендант «Дома особого назначения» Яков Юровский. Около полуночи 16 июля 1918 года он поручил доктору Боткину обойти спящих членов царской семьи, разбудить их и попросить одеться. Когда в коридоре появился Николай II, комендант объяснил, что на Екатеринбург наступают белые армии и, чтобы обезопасить царя и его родных от артиллерийского обстрела, всех переводят в подвальное помещение. Под конвоем их отвели в угловую полуподвальную комнату размером 6x5 метров. Николай попросил разрешения взять в подвал два стула — для себя и жены. Больного сына император нес на руках сам.
Едва они вошли в подвал, как следом за ними появилась расстрельная команда. Юровский торжественно произнес:
«Николай Александрович! Ваши родственники старались вас спасти, но этого им не пришлось. И мы принуждены вас сами расстрелять…»
Он стал зачитывать бумагу Уралисполкома. Николай II не понял, о чем речь, коротко переспросил: «Что?»
Но тут пришедшие подняли оружие, и все стало ясно.