Создание специальных органов репатриации в СССР явилось своевременным шагом, обеспечившим возвращение на родину 5 457 856 советских и более 5 млн. иностранных граждан. В период с июля по октябрь 1945 г., когда органы репатриации были полностью укомплектованы и работали с полной нагрузкой, в них числилось 50 755 человек, в том числе 44 827 военнослужащих и 5928 вольнонаёмных. Из этого числа 3773 человека занимались репатриацией граждан иностранных государств, а 46 971 человек — репатриацией граждан СССР.
Несмотря на новизну дела, отсутствие опыта, а также встречавшиеся трудности в проведении репатриации, органы репатриации вполне успешно справлялись со всеми задачами, поставленными перед ними Правительством Советского Союза. Государственно-политическое руководство страны в тяжёлых условиях военного времени создало всё необходимое для выполнения поставленной перед Уполномоченным СНК СССР по делам репатриации политической и общегосударственной задачи — вернуть миллионы советских людей на Родину.
Вместе с тем следует признать, что деятельность органов репатриации зачастую была связана с нарушением прав и свобод человека и гражданина, так как часть перемещённых лиц буквально силой заставляли возвращаться в СССР, да и сами методы работы советских представителей граничили с насилием и нарушением законодательства тех стран, на территории которых они вели розыскную деятельность.
Определённую роль в решении проблемы репатриации военнопленных и перемещённых лиц сыграли Организация Объединённых Наций и международные организации по делам беженцев и перемещённых лиц — ЮНРРА и ИРО, которые действовали под эгидой ООН, а также Директорат военнопленных и перемещённых граждан Союзной контрольной власти в Германии. К сожалению, многие важные решения, принятые в рамках ООН по вопросам о беженцах и перемещённых лицах, оставались лишь на бумаге.
С середины 1946 г. союзники фактически полностью стали на путь саботирования достигнутых ранее межгосударственных соглашений о возвращении советских граждан на Родину. Более того, именно ЮНРРА и особенно ИРО создавали искусственные препятствия в работе советским репатриационным миссиям, использовали все возможные формы давления на советских граждан с целью не допустить их возвращения в Советский Союз. При содействии международных организаций вербовочные комиссии различных капиталистических стран вывезли из западных зон Германии и Австрии сотни тысяч граждан СССР.
Основные принципы и механизм репатриации в СССР советских граждан были сформированы в Постановлении СНК СССР «Об организации приёма и устройства репатриируемых граждан СССР из Германии и оккупированных ею стран» № 30–12с от 6 января 1945 г. и в совместной директиве начальника Тыла Красной Армии и Уполномоченного СНК СССР по делам репатриации за № 1/1240646с от 18 января 1945 г. В соответствии с этими документами репатриантов полагалось «сортировать» на следующие категории: бывшие военнопленные (рядовой и сержантский состав); бывшие военнопленные офицеры; военнопленные и гражданские лица, служившие в строевых немецких спецформированиях, власовцы, полицейские и прочие подозрительные лица; интернированное гражданское население; жители приграничных областей; дети-сироты.
После «сортировки» бывшие военнопленные (рядовой и сержантский состав) направлялись в армейские сборно-пересыльные пункты, а после проверки органами СМЕРШ — в армейские и фронтовые запасные части. Более трагично складывалась судьба офицеров, которых сразу же после фильтрации отправляли в спецлагеря НКВД. Многие из подвергшихся спецпроверке на основании решений военных трибуналов расценивались как предатели Родины и направлялись в трудовые лагеря, где содержались как заключённые. Значительную часть офицеров в порядке наказания направляли в отдельные штурмовые стрелковые батальоны (штрафбаты) в качестве рядовых и лишь после «искупления кровью преступлений» их восстанавливали в званиях и на штатных должностях.
Третья категория репатриантов — военнопленные и гражданские, служившие в строевых немецких спецформированиях, власовцы, полицейские и другие «подозрительные лица» — направлялись, как и военнопленные офицеры, в спецлагеря НКВД. Большинство этих репатриантов подлежали по закону за переход на сторону противника в военное время и прямое сотрудничество с фашистами самому суровому наказанию, вплоть до смертной казни. Однако на практике все те, кому посчастливилось благополучно добраться в задраенных наглухо товарных вагонах до отдалённых районов Сибири и Дальнего Востока, отделались в большинстве случаев 6-летним спецпоселением и не привлекались к уголовной ответственности.