При возобновлении заседания Карл, учитывая обстановку, потребовал, чтобы парламент выслушал его новые предложения. Брейдшоу отверг этот последний маневр короля. В своей заключительной речи председатель суда снова напомнил о преступлениях Карла перед английским народом, о нарушении им договора, который связывает монарха с его подданными, разжигании гражданской войны. Брейдшоу объяснил, игнорируя протесты Карла, почему короля нужно считать тираном, изменником и убийцей в полном смысле этого слова. Приговор, зачитанный секретарем суда, гласил: «Указанный Карл Стюарт как тиран, изменник, убийца и враг общества будет предан смерти посредством отсечения головы от туловища».
Те немногие дни, которые отделяли вердикт суда от казни, были заполнены лихорадочной активностью роялистов и иностранных дипломатов, пытавшихся добиться отсрочки или пересмотра приговора. В Лондоне распространялись слухи, что даже палач отказался выполнять свои обязанности, и что его роль будет играть сам Кромвель. Палач и его помощник действительно были в маске, очевидно, чтобы потом иметь возможность, если потребуется, отрицать свое участие в цареубийстве, а пока чтобы избежать удара кинжалом, который всегда ведь мог быть нанесен из-за угла рукой какого-нибудь «кавалера». 30 января Карл I взошел на эшафот.
Парламент немедля принял закон, запрещавший провозглашение королем наследника казненного монарха. Как указывалось в парламентском решении, принятом через неделю после казни, «было доказано на опыте, что должность короля Англии и принадлежность власти над нею какому-либо одному лицу не обязательны, обременительны и опасны для свободы, безопасности и общественных интересов народа и, следовательно, должны быть уничтожены». Однако победившие классы — буржуазия и обуржуазившаяся часть дворянства — боялись народных масс, с помощью которых они одержали победу над королем. Они мечтали о твердой власти, которая гарантировала бы их завоевания от опасности как слева — со стороны трудящихся масс, так и справа — со стороны побежденных, но мечтавших вернуть утерянное роялистами («кавалеры» сплотились вокруг находившегося в эмиграции Карла II, сына казненного короля).
В стране была установлена диктатура генерала Оливера Кромвеля, объявившего себя лорд-протектором Англии. Кромвель должен был бороться с деятельным роялистским подпольем. «Кавалеры» пытались поднимать восстания, вести переговоры со всеми группировками, недовольными режимом протектората, готовили покушения на лорд-протектора. В борьбе против «кавалеров» не меньшее значение, чем армия — знаменитые «железнобокие», — имела кромвелевская разведка. Кромвель лично разработал некоторые принципы построения своей разведывательной службы, например, ввел правило, что ни один агент не должен знать ничего сверх того, что ему необходимо для его действия, и в особенности не быть посвященным без крайней необходимости в работу других агентов. Лорд-протектор любил порой приглашать к себе за стол друзей и лиц, казавшихся ему подозрительными, чтобы изумлять первых и ужасать вторых степенью своей осведомленности о связях и действиях каждого из них.
Еще в 1649 году руководство разведкой было возложено на Томаса Скотта — одного из «цареубийц», голосовавших за вынесение смертного приговора королю Карлу I. Роялист Клемент Уокер, вспоминая библейский миф о египетском пленении, жаловался, что агентами Скотта «вся Англия кишела, как Египет кишел вшами и лягушками». Скотт использовал не только шпионов, но и агентов, провоцировавших плохо организованные выступления «кавалеров».
Энергичным помощником Скотта вскоре стал капитан Джордж Бишоп, занявшийся организацией шпионажа внутри страны. Другим сотрудником начальника кромвелевской разведки был профессор геометрии Оксфордского университета Джон Уоллис, достойный наследник Фелиппеса, утверждавший, что он является основателем новой науки — криптографии. Уоллис расшифровал многие коды роялистов. Утверждали, что не было шифра, который ему не удалось бы раскрыть. При этом, в отличие от Бишопа, ярого сторонника Кромвеля, Уоллис изображал человека не от мира сего, ученого, готового лишь в интересах науки разгадывать передаваемые ему шифры. Гайд, канцлер жившего в эмиграции Карла II, долгое время не мог поверить, что Уоллис раскрывает роялистские шифры. Гайд считал, что ключи к шифрам были выданы кем-то из «кавалеров». Лишь после реставрации, получив в свои руки образцы работы Уоллиса, Гайд должен был сознаться, что недооценил таланты оксфордского геометра. Наряду с Уоллисом опытным криптографом зарекомендовал себя Джон Уилкинс, епископ Честера, который впоследствии раскрыл свой метод Карлу II.
Роялисты скоро почувствовали эффективность системы, созданной Скоттом. Приближенный короля маркиз Ньюкасл признал это в разговоре с одним из «кавалеров», который, между прочим, тоже был агентом Бишопа. Тот писал своим начальникам: «Они думают, что вы в сговоре с дьяволом. Стоит им только подумать о чем-нибудь, как вы уже узнаете об этом».