Еще более неясны и запутаны отношения Цвигуна с Брежневым. Здесь превалируют три точки зрения.
Первая из них сводится к тому, что Цвигун был в близких отношениях к Леониду Ильичу и его семье. Ушедший в 1991 году с поста начальника аналитического управления КГБ СССР генерал-лейтенант Леонов весьма своеобычно высказался по этому поводу:
— Андропов работал всегда как бы под конвоем двух своих заместителей — Цвигуна и Цинева, ближайших сторожевых псов Брежнева, которые следили за каждым шагом Юрия Владимировича.
Такого же мнения придерживается и бывший главный кремлевский врач Чазов:
— Андропов был одним из самых преданных Брежневу членов Политбюро. Могу сказать твердо, что и Брежнев не просто хорошо относился к Андропову, но по-своему любил своего «Юру», как он обычно его называл. И все-таки, считая его честным и преданным ему человеком, он окружил его и связал «по рукам» заместителями председателя КГБ — Цвигуном, которого хорошо знал по Молдавии, и Циневым, который в 1941 году был секретарем горкома партии Днепропетровска, где Брежнев в то время был секретарем обкома.
По словам Чазова, Цвигун и Цинев независимо друг от друга информировали Брежнева обо всем, что происходило.
Бывший начальник личной охраны Брежнева генерал-майор Медведев тоже разделяет это мнение:
— Как бы ни доверял Леонид Ильич Андропову, как бы ни прислушивался к его мнению, а заместителем к нему все же приставил надежнейшего Цвигуна, которого знал давно, еще по работе в Молдавии…
Бывший первый заместитель председателя КГБ Бобков тоже считает, что Цвигун стал заметен в высоких кругах благодаря личным отношениям с Брежневым. Цвигун не скрывал и даже подчеркивал, что ориентируется на Брежнева, которому он верен и которого будет поддерживать во всех ситуациях, — таково свидетельство и экс-шефа КГБ Крючкова.
Вторая точка зрения — прямо противоположная первой. Ее сторонники утверждают, что Цвигун выступил против политического курса Брежнева, за что подвергся гонениям, преследованиям и в итоге поплатился жизнью. Легенда о Цвигуне как о неуступчивом борце за справедливость живуча по сей день. Правда, в последнее время появились свидетельства, опровергающие молву, наделившую покойного генерала ореолом мученичества за правду.
— Цвигун не относился к числу тех принципиалов, которые способны проявить характер и идти до конца в споре с начальством, — утверждает его бывший коллега Бобков. — Напротив, он никогда не вступал в полемику и старался обходить острые углы.
По словам Бобкова, Цвигун в годы войны не был на фронте, а из Сталинграда еще до начала боев за легендарный город был отозван из военной контрразведки в тыл, в Оренбургскую, тогда Чкаловскую, область. В последующие годы работал в Москве, затем в Молдавии, где и подружился с Брежневым. Бобков дает резкий отзыв о коллеге: среди профессиональных чекистов Цвигун отнюдь не слыл профессионалом. В годы работы в КГБ написал и издал несколько книг и киносценариев о жизни партизан, тем самым произведя себя в число героев партизанского движения. Именно в таком виде его биография вошла во все советские энциклопедии.
Развернутую характеристику Цвигуну дает Крючков, знавший Семена Кузьмича почти пятнадцать лет, живший с ним в одном дачном поселке и встречавшийся едва ли не каждый день.
— Когда-то, в период работы в Молдавии, Брежнев и Цвигун были знакомы, у них были служебные контакты, но они не отличались близостью. Затем их пути-дороги разошлись: Брежнев поехал в Казахстан, затем в Москву, Цвигун же работал сначала в Таджикистане, затем в Азербайджане. Но, видимо, в своей памяти Брежнев сохранил имя Цвигуна.
Как вспоминает сегодня экс-шеф КГБ, в 1967 году Комитет госбезопасности стал укрепляться кадрами после снятия Семичастного и новый председатель Андропов приступил к назначению заместителей, руководителей управлений. Брежнев вспомнил о Цвигуне и предложил Андропову познакомиться с ним и решить вопрос о перемещении его в союзный комитет из Азербайджана, где Цвигун возглавлял КГБ республики. Брежнев не называл должность, на которую следовало бы переместить Цвигуна, заметив, чтобы с этим вопросом Андропов сам определился.
— В июне 1967 года Цвигун был приглашен к Андропову, у них состоялось первое знакомство, после чего Андропов предложил Цвигуну должность заместителя председателя Комитета с курированием ряда подразделений, преимущественно хозяйственных и технических. Андропов доложил свои соображения Брежневу, и тот согласился, сказав, что на данном этапе решение, пожалуй, правильное и о более высокой должности для Цвигуна он не думал.