Итак, вечером 19 мая комиссия прибыла в Углич. Судя по протоколам допросов, все следствие было публичным. Воспользовавшись теплой майской погодой, допрашивали прямо во дворе кремля. Кругом толпились любопытные, что не всегда оказывалось для них безопасным: одного из таких зевак тут же опознали как человека, «который Михайла Битяговского и почал бити», и арестовали прямо на месте.
Конечно, при таком ведении следствия и фальсификация показаний, и давление на свидетелей были затруднены. Однако долгое время историки не принимали всерьез следственного дела. И виною тому прежде всего сам Василий Иванович Шуйский. В качестве главы следственной комиссии он подтвердил: Царевич закололся в эпилептическом припадке. При вступлении на престол Лжедмитрия он, признав нового царя, заявил, что не видел в Угличе тела убитого царевича. Овладев царским троном, тот же Шуйский объявил торжественно: царевич Дмитрий «заклан бысть» от «лукавого раба Бориса Годунова», и установил почитание нового святого мученика. В связи с этим дореволюционный историк Н. Костомаров писал: «Следственное дело для нас имеет значение не более, как одного из трех показаний Шуйского, и притом такого показания, которого сила была уничтожена дважды им же самим».
Подозрения в фальсификации увеличивались при анализе самого дела: листы перепутаны, нет записей допросов многих важных свидетелей. Возможно, еще члены комиссии Шуйского вырезали из него одни показания и вклеили другие? Однако тщательное исследование, проведенное около полувека тому назад опытным архивистом К. Клейном, отвергло такого 4 рода подозрения: просто за многие века часть листов оказалась утраченной, а часть — перепутанной.
Конечно, обидно, что в деле нет показаний матери погибшего царевича Марии Нагой. Только она одна могла рассказать, почему назвала убийцами Данилу Битяговского, Никиту Качалова и Осипа Волохова. Но, разумеется, ни о каком допросе царицы Марии не могло быть и речи: на это не имели права ни бояре, ни даже патриарх.
Большое недоумение вызывало всегда начало дела. После небольшого отрывка из допроса городового приказчика Русина Ракова следовало сообщение о прибытии комиссии в Углич и о допросе Нагого. Следователи задали ему целый комплекс вопросов: «Которым обычаем царевича Дмитрия не стало, и что ево болезнь была и для он чево велел убити Михайла Битяговского и Михайлова сына Данила и Микиту Качалова и Данила Третьякова и Осипа Волохова и посадцких людей и Михайловых людей Битяговского и Осиповых Волохова и для он чево велел во фторник собирати ножи и пищали и палицы железные и класти на убитых людей и почему прикащика Русина Ракова приводил к целовенью (то есть к присяге. —
Трижды при разных обстоятельствах всплывала эта версия. Уже 15 мая 1591 года Нагие обвинили Годунова в смерти царевича. В умысле (хотя и неудачном) на убийство Дмитрия обвинял Годунова и Лжедмитрий. 17 мая 1606 года Лжедмитрия свергли с престола и через два дня царем «выкликнули» Василия Шуйского. Как повел себя бывший глава следственной комиссии? Первые грамоты Василия глухо говорили, что Дмитрий «умре подлинно и погребен на Угличе», но умалчивали о причинах смерти. Однако вскоре по окраинам государства стали разноситься слухи о спасении самозванца. Появились и новые самозванцы, утверждавшие: да, убитый в Москве царь был и впрямь «вор и еретик Гришка Отрепьев», а вот он — подлиный Дмитрий. Чтобы доказать самозванство любого возможного претендента на роль Дмитрия, нашли средство — царевича объявили святым мучеником. «Мог ли рискнуть русский человек XVII века усомниться в том, что говорило «житие» царевича и что он слышал в чине службы новому чудотворцу?» — писал С. Платонов.
2 июня 1591 года «Освященный собор» и боярская дума решили: «Царевичу Дмитрию смерть учинилась божим судом». Ровно через 15 лет, 2 июня 1606 года, в Москву торжественно въезжали мощи нового чудотворца святого великомученика Дмитрия-царевича»