Постепенно между царем и патриархом назревало охлаждение. Никон, мало вникавший в существо закулисных интриг, не мог даже помыслить о перемене отношения к себе царя. Напротив, он был убежден в незыблемости своего положения. Когда же Алексей Михайлович выразил неудовольствие властными действиями патриарха, Никон 11 июля 1658 года, после службы в Успенском соборе, заявил народу, что покидает свой патриарший престол, и удалился в Воскресенский монастырь. Этим жестом он рассчитывал окончательно сломить слабовольного царя, однако не учел роста влияния на него старообрядчески настроенного боярства.
Заметив свою ошибку, Никон попытался вернуться назад, но это еще больше усложнило дело. При установившейся зависимости русской церкви от светской власти выход из создавшегося положения целиком зависел от воли государя, но Алексей Михайлович колебался и, не желая уступить притязаниям своего недавнего «собинного друга», в то же время долго не мог собраться с духом, чтобы нанести ему последний удар. Зато его новому окружению удалось устроить возвращение в Москву протопопа Аввакума и других членов бывшего кружка «боголюбцев».
Ничего не зная в Даурии об этих обстоятельствах, Аввакум связывал свой вызов с победой староверия.
Почти два года добирался он до Москвы, неустанно распространяя по пути свое учение. Какою же было его разочарование, когда он увидел, что никонианство в церковной жизни повсюду пустило корни, а Алексей Михайлович, охладев к Никону, тем не менее не собирался оставлять никонианство. В нем с прежней силой пробудилась страстная готовность бороться за свои убеждения, и он, воспользовавшись благоволением царя, подал ему пространную челобитную.
«Я чаял, — писал Аввакум, — живучи на востоке в смертех многих, тишину здесь в Москве быти, а ныне увидал церковь паче и прежняго смущенну». Он забрасывает царя челобитными с протестом против никонианства и самого патриарха.
Алексею Михайловичу хотелось привлечь на свою сторону неустрашимого «ревнителя благочестия», так как это позволило бы в корне заглушить все более нараставшую народную оппозицию. Оттого он, не выказывая прямо своего отношения к челобитным Аввакума, попытался склонить его к уступчивости обещанием сперва места царского духовника, затем, что гораздо больше привлекало Аввакума, справщика в Печатном дворе. Одновременно от имени царя боярин Родион Стрешнев уговаривал протопопа прекратить свои проповеди против официальной церкви, по крайней мере до собора, который обсудит вопрос о Никоне.
Тронутый вниманием государя и надеясь, что ему будет поручено исправление книг, Аввакум некоторое время действительно пребывал и умиротворении. Такой поворот событий пришелся сильно не по душе староверам, и они бросились со всех сторон уговаривать протопопа не оставлять «отеческих преданий». Аввакум возобновил свои обличения никонианского духовенства, называя их в своих проповедях и писаниях отщепенцами и униатами. «Они, — утверждал он, — не церковные чада, а диаволя».
Царь увидел, сколь беспочвенны его надежды на примирение Аввакума с церковью и, поддавшись уговорам духовенства, 29 августа 1664 года подписал указ о высылке Аввакума в Пустозерский острог.
В феврале 1666 годя в связи с открытием церковного собора Аввакума привезли в Москву. Его снова пытались склонить к признанию церковных реформ, но протопоп «покаяния и повиновения не принес, а во всем упорствовал, еще же и освященный собор укорял и неправославным называл». В результате 13 мая Аввакум был расстрижен и предан проклятию как еретик.
После суда Аввакума вместе с другими расколоучителями отправили в заключение в Угрешский монастырь, откуда его позднее перевели в Пафнутьев-Боровский. В специальной инструкции, присланной игумену того монастыря, предписывалось Аввакума «беречь накрепко с великим опасением, чтобы он с тюрьмы не ушел и дурна никакова бы над собою не учинил, и чернил и бумаги ему не давать, и никого к нему пускать не велеть».
Его еще надеялись сломить с помощью вселенских патриархов, которых ждали на собор для низложения Никона.
Патриархи прибыли в Москву в апреле 1667 года.
Поскольку с Никоном все уже было решено и его низложили с патриаршества 12 декабря 1666 года, им не оставалось ничего другого, как основательно заняться Аввакумом. Протопопа доставили им 17 июля. Долго уговаривали они его, советуя смириться и принять церковные нововведения.
— Что ты так упрям? — говорили патриархи. — Вся наша Палестина, и Сербия, и Албания, и волохи, и римляне, и ляхи — все тремя перстами крестятся, один ты упорствуешь в двоеверии.
— Вселенские учители! Рим давно упал и лежит невос-клонно, и ляхи с ним же погибли, до конца враги быша христианам. А и у вас православие пестро стало от насилия турскаго Махмета, — да и дивить на вас нельзя: немощни есте стали. И впредь приезжайте к нам учитца: у нас, божиею благодатию, самодержество. До Никона отступника в нашей России у благочестивых князей и царей все было православие чисто и непорочно и церковь немятежна».
После этого Аввакум отошел к дверям и лег на пол со словами: