Прибыв в столицу, комиссия немедленно начала чинить расправу над противниками самозванца. Начали с патриарха Иова. Патриарх в Успенском соборе Кремля готовился к совершению литургии, когда в храм ворвались вооруженные люди. Иова выволокли из алтаря и потащили на Лобное место. Там сторонники самозванца пытались линчевать патриарха за то, то он-де «наияснейшего царевича расстригой называет». Однако из Кремля сбежались попы и церковные служки, которые подняли крик в защиту патриарха. На помощь Иову кинулась и часть горожан. Стало ясно, что убийство патриарха приведет к побоищу с непредсказуемыми последствиями. Тогда кто-то из агентов Отрепьева крикнул: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идем и разграбим имения его!» Довод был неотразим, и толпа кинулась грабить патриаршие палаты.
Тем временем агенты Отрепьева отвели Иова обратно в Успенский собор. Туда прибыл вскоре и боярин П. Ф. Басманов. Вооруженные люди в спешке и без особых формальностей произвели низложение патриарха и отправили его в Старицкий Успенский монастырь.
Разобравшись с патриархом, комиссия занялась царем Федором и его семьей. На старое подворье Бориса Годунова, полученное им в приданое от Малюты Скуратова, явились члены комиссии во главе с В. В. Голицыным и отряд стрельцов. Голицын, Мосальский, дворяне Молчанов и Шерефединов и несколько стрельцов вошли внутрь дома. Там раздались отчаянные крики. Через несколько минут на крыльцо вышел Голицын и объявил, что «царица и царевич со страстей испита зелья и пороша, царевна же едва оживе». Естественно, что Голицыну никто их москвичей не поверил. Но утверждать, что народ оцепенел от ужаса, узнав о преступлении, и впал в безмолвствие, нет никаких оснований. История — не драматический театр. Большинство населения восприняло убийство царской семьи как должное или отнеслось к нему безразлично.
Что касается дочери Годунова Ксении, то ее, видимо, недодушили. Князь Мосальский взял ее к себе в дом и некоторое время держал взаперти, а затем отдал самозванцу «для потехи».
Желая угодить самозванцу, московские бояре надругались и над прахом семьи Годуновых. Царь Борис был по обычаю похоронен в Архангельском соборе Кремля рядом с другими московскими правителями. По боярскому приговору тело царя было выкопано, положено в простой гроб и перезахоронено в ограде бедного Варсонафьева монастыря на Сретенке.
Уцелевшие Годуновы, а также их отдаленные родственники Сабуровы и Вельяминовы были по указу самозванца разосланы под стражей по отдаленным городам. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя боярина С. М. Годунова. Его отправили в Персяславль-Залесский с приставом князем Ю. Приимковым-Ростовским. Везти боярина в отдаленный город не имело смысла. Пристав получил приказ умертвить его в тюрьме. Вотчины, дома и прочее имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну.
20 июня 1605 г. по Коломенской дороге в Москву двигалась торжественная процессия. Впереди нее скакали взад и вперед польские гусары в раззолоченных шлемах и кирасах. В Москву возвращался сын Ивана Грозного. Вокруг него ехали московские бояре. Сзади шла польская пехота и русские стрельцы. Торжественно звонил колокол. Московские улицы были забиты людьми, люди облепили крыши домов и колокольни — всем хотелось посмотреть на чудесно спасшегося царевича.
День был солнечный и тихий, но, когда новый царь, переехавший наплывной мост через Московские ворота, вступил на площадь, поднялась сильная буря. Народ заволновался, начал креститься и приговаривать: «Помилуй нас Бог! Помилуй нас Бог!» Духовенство встретило царя на Лобном месте с крестами. Отъехав несколько шагов от Лобного места, Лжедмитрий остановил свою лошадь около церкви Василия Блаженного, снял шапку, взглянул на Кремль, на бесчисленные толпы народа и со слезами стал благодарить Бога, что сподобил его увидеть родную Москву. Народ, видя слезы царя, тоже стал рыдать.
В Кремле по старинному обычаю Лжедмитрий пошел по соборам, слушал молебны. Во время молебнов поляки сидели на лошадях, трубили в трубы и били в бубны, и это не понравилось москвичам.
Вопреки легендам; никаких речей при встрече Лжедмитрия сказано не было. Лишь в Архангельском соборе Отрепьев собрался с духом и сказал несколько слов, которых от него все ждали. Обливаясь слезами, Лжедмитрий припал к гробу Ивана Грозного и громко объявил, что «отец его — царь Иоанн, а брат его — царь Федор».
Обойдя соборы, Лжедмитрий направился в тронный зал и торжественно уселся на царский престол. Польские роты стояли строем с развернутыми знаменами под окнами дворца.