После смерти царя Бориса три брата Шуйские присягнули царевичу Федору. Апрель, май и начало июня 1605 г. братья провели в Москве. Чем они занимались, историкам неведомо, видимо, просто ожидали развязки драмы.
Ни один из Шуйских не поехал вместе с другими боярами в Тулу присягать Лжедмитрию.
20 июня 1605 г. самозванец торжественно въехал в столицу. Вот тут бы Василию Ивановичу выйти ему навстречу и торжественно объявить, что-де злодей Борис заставлял его молчать 14 лет, что он сам хоронил в Угличе подставного ребенка и т. д. Однако Василий этого не сделал, его вообще не было среди встречающих.
23 июня по приказу Лжедмитрия были арестованы Василий Шуйский и его два брата. К Петру Басманову, которого самозванец поставил ведать политическим сыском, пришло несколько доносов, но никаких конкретных обвинений, предъявленных В. И. Шуйскому, до нас не дошло.
Подойдем к «заговору» Шуйских с точки зрения здравого смысла. Какая-то вероятность успеха у Шуйских могла быть, когда самозванец находился еще в Туле. Но сейчас, когда он торжественно встречен в Москве народом, в самый разгар эйфории, охватившей столицу, поднимать мятеж? Это было бы равносильно самоубийству, а Шуйских за дураков никто и не считал. Вполне логично было бы им подождать, пока пройдут торжества, уляжется эйфория, народ не только не почувствует облегчения, а наоборот, ощутит новые тяготы. Самозванцу же придется платить по счетам польским наемникам, Мнишку, купцам, польскому королю и т. д. Уплата же даже части этих долгов неизбежно должна была вызвать народное возмущение и, соответственно, падение самозванца. Так был ли резон Шуйскому спешить с организацией переворота, а тем более заниматься пустой болтовней о расстриге?
Отсюда явствует, что Димитрий устроил провокацию против клана Шуйских. Тогда возникает вопрос: а зачем? Пока народ считает Отрепьева царем, никакие Шуйские не конкуренты сыну Ивана Грозного, а если выяснится, что на престоле беглый монах, то на престол может претендовать любой князь Рюрикович, а их в Московском государстве были десятки. Скорее всего, Димитрия на расправу с Шуйскими подтолкнули бояре, видевшие в них конкурентов.
Риторический вопрос — кому мог встать на дороге клан Шуйских? Годуновы были мертвы или находились под стражей в отдаленных городах. Остаются Романовы.
Был резон пугнуть Шуйского и у Гришки Отрепьева. Он не боялся встречи с теми, кто знал царевича Димитрия и инока Григория. Большинству он показывал большой пряник, а другим доставался кнут. А тут главный свидетель молчит, словно воды в рот набрал. В народе о красноречивом молчании Василия Ивановича уже пошли дурные толки.
Димитрий предал Василия Шуйского суду специально созванного собора, на котором присутствовали бояре, думные дворяне и духовенство. Собор был собран 24 июня, то есть на следующий день после ареста Шуйских. На соборе сам царь выступил с обвинением Шуйских. Однако Димитрию пришлось встретиться с сильной оппозицией в Боярской думе. Формально бояре «кричаху» на братьев Шуйских, но все же они были против смертной казни. Что же касается Димитрия, он и не собирался казнить Шуйских, и процесс о покушении на царя превратился в фарс. На соборе Василий Шуйский покаялся во всех приписанных ему преступлениях. Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев приговорил к пожизненному заключению. Казнь боярина была назначена на следующий день.
Утром 25 июня Василия Шуйского вывели на Красную площадь, где собралась многотысячная толпа горожан. Боярин был взведен на эшафот, где ему зачитали приговор и перечислили его преступления. Шуйский уже положил голову на плаху, как из Кремля выехал гонец, объявивший, что царь Димитрий помиловал осужденного.
Современники и позднейшие историки предлагали различные версии мотивов помилования Шуйского. Так, историк Р. Г. Скрынников ссылается на поляка С. Борша, прибывшего в Москву вместе с самозванцем. Борш писал: «Царь даровал ему жизнь по ходатайству некоторых сенаторов». Другие авторы утверждают, что Лжедмитрия убедил простить Шуйского его секретарь Бучинский, некоторые считают, что это сделал дьяк Афанасий Власьев. Называют даже царицу Марфу, которая была еще в дороге и знать не знала о процессе Шуйского. На самом же деле руководил всем фарсом сам Отрепьев, хотя, возможно, идея была подана ляхами. Цель самозванца была достигнута — Шуйских основательно пугнули. А начинать царствование с казни «принца крови» милосердному царю явно не к лицу, да и в будущем Шуйские могли пригодиться в качестве противовеса другим боярским кланам.
Василий Шуйский вместе с братьями Дмитрием и Иваном были отправлены в ссылку в пригород Галича, а их имения отобраны в казну Забегая вперед, скажу, что 30 июля Лжедмитрий объявил полное прощение Шуйским, которые к тому времени еще даже не доехали до места ссылки. Всех троих братьев отправили в Москву, где им вернули боярство и все вотчины.