Весной 1586 г. Шуйские попытались прийти к власти с помощью мятежа. На подкуп московских купцов и «черных людей» были потрачены крупные суммы. Шуйские распускали самые нелепые слухи. Так, например, Борису Годунову приписывалось намерение свергнуть с престола Федора и посадить на царский трон католика — австрийского принца, женив его на царице Ирине.
Борис Годунов, в свою очередь, передал большие суммы начальникам всех стрелецких полков.
В те времена в Московском государстве тщательно скрывались все народные восстания. Поэтому о бунте московского населения в мае 1586 г никаких официальных документов не сохранилось. Мало того, в конце 1586 г. русские послы в Польше и Австрии категорически опровергали слухи о том, что царь Федор в «Кремле-городе в осаде сидел». Послы лгали, как, впрочем, и положено дипломатам. Расходные книги Чудова монастыря засвидетельствовали факт осады Кремля с полной неопровержимостью. В середине мая 1586 г. монастырь закупал боеприпасы «для осадного времени». Как видим, монастырские служки и холопы в дни осады охраняли кремлевские стены вместе с верными Годуновым стрельцами.
Поднимать население на восстание — дело крайне опасное, особенно когда зачинщики восстания стремятся не к радикальным переменам, а к простой смене правителей. Это еще раз показал московский бунт 1586 г. — чернь вышла из-под контроля Шуйских. Уничтожение клана Годуновых и, возможно, Романовых, могло произойти только ценой большой крови и полного разгрома стрельцов. А что потом? Смогли бы в случае победы Шуйские обуздать московскую чернь? Однозначных ответов на эти вопросы у Шуйских, видимо, не было, и они решили заключить мир с Борисом Годуновым. Роль посредника взял на себя митрополит Дионисий. В нашей исторической литературе его принято называть сторонником Шуйских. На самом же деле Дионисий был хитрым и чрезвычайно честолюбивым человеком. Его поведение свидетельствует о том, что он не желал полной победы ни Шуйским, ни Годуновым. А сторону тех и других Дионисий принимал исключительно из тактических соображений. Он вел свою борьбу за власть. Заметим, у него было много шансов на успех. Дионисий мечтал стать наставником и фактическим правителем при набожном царе Федоре. В Средние века отмечены десятки случаев, когда глава церкви становился главой светской власти при неспособном правителе.
С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские помирились с Годуновыми. Какое-то время условия соглашения между Годуновыми и Шуйскими более менее выполнялись обеими сторонами. А тем временем Шуйские готовили страшный удар Борису — развод царя Федора с Ириной. (У Федора с Ириной не было детей, хотя царица неоднократно беременела, но каждый раз случались выкидыши.)
Вскоре представители земства вместе с митрополитом явились во дворец и подали царю Федору прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Прошение это было равнозначно соборному приговору: его подписали князь Иван Шуйский и ряд членов Боярской думы, митрополит Дионисий, епископы и вожди посада — гости и торговые люди.
Шуйские недооценили характер Федора. Еще в последние годы жизни Иван Грозный пытался заставить развестись Федора, но каждый раз наталкивался на решительное сопротивление. Применить же крайние меры после убийства царевича Иван Грозный не решался. Сейчас же развода требовал не свирепый царь-отец, а подданные. Заметим, что хотя Федор не любил лезть в государственные дела и доверял это ближним боярам, но при этом никогда не считал их равными себе.
Царь категорически отверг идею развода. Кроме того, красноречивому Борису удалось перетащить на свою сторону митрополита Дионисия. Вопрос о разводе царя был снят.
Настал черед и Годунову нанести ответный удар. Шуйских он решил оставить напоследок, а пока надо было свергнуть церковную верхушку. 13 октября 1586 г. по приказу царя митрополит Дионисий был лишен сана, а его место на митрополичьей кафедре занял Иов.
Согласно «Истории патриарха Иова», в апреле 1569 г. Иван Грозный посетил Успенский монастырь, стоявший на берегу Волги напротив города Старицы. Царь обратил внимание на молодого монаха Иова — воспитанника архимандрита Германа. Был он красив, имел приятный голос, проникновенно читал наизусть Писание и произносил слова молитв столь трогательно, что Грозный царь со своими опричниками плакали в умилении… Царь повелел произвести Иова в архимандриты.
Родители Иова были простыми посадскими людьми, так что путь к светской карьере их сыну был закрыт. Но успехи в церковной карьере зависели гораздо больше от личных качеств человека, нежели от его происхождения. Вспомним, к примеру, что Никон и Аввакум были из одной деревни.
В 1571 г. Иов становится архимандритом московского Симонова Успенского монастыря, а через четыре года — архимандритом более престижного Новоспасского монастыря. 16 апреля 1581 г. Иов был рукоположен в сан епископа коломенского.