Как и дела всякого другого приказа, они состояли из «входящих» и «исходящих». Самыми интересными были последние, так как именно они давали наиболее полное представление о деятельности таинственного учреждения. Их сохранилось меньше, чем «входящих», и они часто оказывались не подлинниками, а черновиками. Но как раз это и было ценно. Составленные подьячими и дьяками черновики обычно показывались Алексею Михайловичу. Он вносил в них поправки и замечания, после чего указ или грамота переписывались начисто и отсылались по назначению. Только по черновикам и можно было определить, какие замечания и вставки делал царь. При переписке документов набело они исчезали. Но самой важной находкой была отлично сохранившаяся рукопись так называемой «черной» книги. Черной — не по внешнему виду; она была в кожаном переплете, на котором было вытиснено: «Книга переписная Приказу тайных дел всяким делам, черная» — то есть черновая. Именно в эту книгу подьячие Тайного приказа в течение нескольких лет после его упразднения вписывали все числившиеся за ним дела. Пусть многие из этих дел потом не нашлись, истлели — от них остался след в этой сводной описи. Она не только напоминала о давно исчезнувших и никому не известных тайных делах, но вкратце рассказывала и их содержание. Велико значение этих записей для характеристики деятельности загадочного приказа и его бессменного начальника.
Что же представлял собой управляемый самим царем Приказ тайных дел?
На этот вопрос ученые давали разноречивые ответы, в зависимости от того, какие документы из секретной переписки приказа попадали им в руки. Одни считали этот приказ чем-то вроде русской инквизиции — тайного судилища и даже застенка, в котором втихомолку производились расправы с неугодными царю людьми; другие — «зародышем тайной полиции»; третьи — органом секретного надзора и управления, с помощью которого царь собирал нужные ему сведения, наблюдал за деятельностью всех остальных приказов и, помимо них, проводил в жизнь свои распоряжения. Этот взгляд опирался, между прочим, на свидетельство одного из современников его царствования, хорошо знакомого с дворцовыми порядками и тайнами, подьячего Посольского приказа Григория Котошихина. Прельстившись иностранным золотом, Котошихин сбежал за границу и принялся разоблачать царские секреты. О Приказе тайных дел он сообщал, что в нем «сидит дьяк да подьячих с десять человек и ведают они и делают дела всякие царские, тайные и явные, а в тот приказ бояре и думные люди не ходят и дел не ведают, кроме самого царя, а посылаются того приказу подьячие с послами в государства и на посольские съезды и в войну с воеводами… И те подьячие над послы и над воеводы подсматривают и царю приехав сказывают. А устроен тот приказ при нынешнем царе для того, чтобы его царская мысль и дела исполнялись все по его хотению, а бояре б и думные люди о том ни о чем не ведали».
Подлинные документы описи Тайного приказа, найденные через полтораста лет после того, как были написаны эти строки, в общем подтвердили эту характеристику. Но они дополнили и расширили представление о Приказе тайных дел также и новыми существенными подробностями, о которых обыкновенный подьячий, каким был Котошихин, при всей его осведомленности не мог знать. К тому же он служил в другом приказе — в Посольском.
В старых, написанных еще в дооктябрьские годы учебниках, царя Алексея Михайловича часто называли «тишайшим» государем. Документы созданного им Приказа тайных дел говорят, однако, о том, что под кроткой личиной царя скрывалась далеко не голубиная натура. Когда царь испытывал к кому-нибудь личную неприязнь, он не считался с утвержденными им же самим законами. В минуты гнева (а такие минуты бывали часто: Алексей Михайлович отличался вспыльчивостью) он был способен на любое коварство и жестокость.
«Черная» книга и продолжающая ее так называемая «зотовская опись» бумаг Тайного приказа говорят о том, что Алексея Михайловича из всех его, предшественников особенно интересовала личность Ивана Грозного. В Приказе тайных дел хранилось немало документов, напоминавших об усилиях Ивана Грозного укрепить самодержавную власть. Этой же цели, как видно из той же «черной» книги, служили и многие действия Алексея Михайловича. Созданием своего особого Приказа тайных дел не подражал ли он Ивану Грозному, основавшему при введении опричнины «особый двор государев»?