Кроме того, наркому внутренних дел Генриху Ягоде, входившему в Комитет содействия ВИЭМ, было приказано начать строительство специальной лаборатории.
Под нее выбрали большой остров неподалеку от Шлиссельбурга. На строительство из средств НКВД было отпущено полмиллиона. Не обидели и в остальном. Зарплата будущих сотрудников была заметно выше, чем у других работников ВИЭМ. Заместитель начальника ленинградского НКВД Иван Запорожец всячески обхаживал Календарова: привозил ему книги из библиотек, подарил охотничье ружье. Самому главе спецлаборатории предоставили квартиру в ведомственном доме НКВД.
Чекисты ревностно оберегали тайны лаборатории. Когда Ворошилов захотел выяснить, как продвигаются работы «по закрытию границ», и послал представителя РККА Синявского ознакомиться с ними на месте, Запорожец велел Календарову сказаться больным и не появляться в лаборатории. Эта записка, которую Календаров хранил как оправдательный документ, была впоследствии использована в качестве доказательства его преступной связи с «вредителями» Ягодой и Запорожцем, пытавшимися лишить Красную армию «новейших технических средств».
Помимо спецлаборатории Календаров возглавил отдел с претенциозным названием — Отдел колебательной физики и биологии и технической реконструкции советской медицины. Вел он себя довольно бесцеремонно, не чтил авторитетов и будоражил коллег туманными намеками о своих «открытиях мирового значения». При этом Ученый совет ВИЭМ не имел возможности проверить, чем занимается Календаров, поскольку его работы шли под грифом повышенной секретности, зато сам он был полностью в курсе исследований, проводившихся в институте, и умело пользовался чужими идеями и результатами. Не скупился он и на дешевые эффекты. Однажды, желая поразить воображение чекистов, Календаров выпросил у коллег из отдела эмбриологии чучело двухголового цыпленка и демонстрировал его на закрытых показах, утверждая, что получил урода, облучая куриное яйцо.
Эксперименты по изучению влияния УКВ на человека Календаров проводил на себе. Вот как он описывает свое самочувствие под воздействием ультракоротких волн:
У чекистов, однако, этот опыт энтузиазма не вызвал. Их волновало, когда же, наконец, они получат оружие, которое
Запорожец нервничал и торопил своего подопечного. На помощь последнему пришел неожиданный случай. Однажды при включении высокочастотной установки исчезла телефонная связь со Шлиссельбургом, и Календаров решил извлечь из аварии пользу. Он доложил Запорожцу, что разработал способ выводить из строя средства связи, пережигая аппараты и подвергая телефонисток «смертельному воздействию».
Запорожец немедленно доложил об этом «успехе» Ягоде и, разумеется, попал впросак. Получив от куратора хорошую взбучку, Запорожец в присутствии сотрудников лаборатории назвал Календарова бандитом и аферистом. Тот разыграл из себя обиженного, написав заявление с просьбой освободить его от занимаемой должности, поскольку не может работать в обстановке недоверия и угроз. Ягода тотчас вызвал Календарова в Москву и устроил ему разнос, после чего поставил ультиматум: если Календаров не выполнит обещаний, то отправится гнить в тюрьме; если выполнит, Ягода повесит его портрет в своем кабинете.
История зашла слишком далеко. Календаров мог потянуть за собой не только Федорова, но и руководство НКВД. Поэтому в конце концов дело замяли, перепоручив спецлабораторию военному специалисту.
В ВИЭМ Календарова встретили холодно. Здесь уже давно понимали, что имеют дело с безответственным авантюристом. Почувствовав, что его сторонятся, Календаров направил очередную жалобу Сталину и Молотову. Свои неудачи он объяснял тем, что его затирают, не дают работать, не печатают…
Из ЦК ВКП(б) поступило указание поддержать товарища, и Календарова включили в состав докладчиков на Всесоюзном съезде физиологов. Однако выступление не состоялось — 21 сентября 1937 года Календарова арестовали.