Между тем Иван III усиленно собирает земли «под своей рукой». В год его свадьбы с Софьей умирает брат, князь Дмитровский Юрий. Весь его удел Иван III забирает себе, не пожелав, по обычаю, поделиться с другими братьями. Покорив с братьями Новгород Великий, он не дает им участия и в Новгородской волости. Именно к Новгороду он применяет систему массовых выселений. Но только так называемые житые люди выводятся не в отдаленные края, а в Москву.
За один 1488 год таких переселенцев оказалось в столице больше 7 тысяч человек.
От опытных торговых людей Москве всегда был «ино прибыток». Памятью о них остались названия лиц — Псковская горка на Варварке и Вознесенский переулок на Большой Никитской. Это переселенцами из Новгорода и Пскова была первоначально построена церковь, ныне называемая Малым Вознесением.
Под все усиливающимся давлением Москвы присоединяется к столице Ярославль — тамошние князья не смогли не уступить своих прав «старшему брату». Затем Ростовские князья продали Ивану III остававшуюся за ними половину Ростова Великого. Чтобы сохранить свою независимость, деверь Ивана III, Тверской князь Михаил Борисович женится на внучке Литовского князя Казимира, заключает с ним военный договор. Но и ему приходится бежать в литовские земли. Тверь переходит под власть Москвы. Та же участь ждет Верею, последний князь которой, понимая всю бессмысленность попыток сопротивления Ивану III, выбирает жизнь на Литовских землях. В этой жестокости действий великого Московского князя, его неумолимости современники готовы видеть влияние византийской царевны. Она же становится подлинным посредником между появляющимися в Московском государстве итальянскими инженерами и государем — так все чаще начинают называть великого князя.
Белокаменные стены Кремля, возведенные Дмитрием Донским, за сто лет существования обветшали и требовали постоянного поновления, особенно со стороны Неглинной. Но главное — Кремль нуждался в новой и более совершенной системе оборонительных сооружений. Слишком многое изменилось в военном деле, в видах и возможностях огнестрельного оружия. В планах перестройки учитываются все новинки техники: от нового строительного материала — кирпича до последних открытий западноевропейских инженеров. Славой лучших пользуются выходцы из северных областей Италии. Именно они и приглашаются в Москву через десять лет после свадьбы Софьи Фоминишны.
Фрязины (итальянцы) Антон и Марко Руффо начинают с самой опасной для москвичей надречной стороны, откуда обычно появлялись шедшие по Ордынской дороге кочевники. В 1485 году первой закладывается «стрельница у Шишковых ворот» — Тайницкая башня. Она становится своеобразным памятником присоединения к Москве Твери. Двумя годами позже Марко Руффо закладывает угловую со стороны Васильевского спуска — Беклемишевскую, или Москворецкую, башню, а Антон Фрязин переходит к сооружению угловой от устья Неглинной — Свибловой стрельницы, переименованной при первом из династии Романовых в Водовзводную. Всего за пять лет появляются по южной стороне еще четыре башни и соединившие их стены. В 1490 году южная сторона была полностью завершена.
Эксперты из числа славившихся своим строительным мастерством псковичей уклонились от восстановления Успенского собора. Направленному к венецианскому дожу русскому послу Семену Толбузину было поручено найти в Италии самого опытного строителя — мастера «камнесечной» хитрости. Выбор пал на архитектора и инженера из Болоньи Аристотеля Фиораванте. Предложенное ему жалованье составляло немыслимую по тем временам сумму — 2 фунта серебра в месяц. В марте 1475 года после четырехмесячного пути архитектор с сыном Андреем и «паробком Петрушкой» прибыл в Москву.
Слава Аристотеля не была выдуманной. Это он совершает ряд настоящих инженерных чудес — передвигает в Болонье колокольню Святого Марко, выпрямляет в городе Ченто покосившуюся колокольню, восстанавливает арки древнего моста в Павии, проектирует и проводит Пармский канал. И это не считая строительства многочисленных замков и зданий на землях Миланского герцогства. Инженерный талант и успехи Фиораванте побуждают некоторых наших историков видеть его руку, расчет в самой планировке Московского Кремля.
Аристотель отказывается использовать остатки Успенского собора. Полностью очищает строительную площадку. Организует за Андрониковом монастырем, в Калитникове, кирпичный завод по производству нового по форме и очень твердого после обжига кирпича. Предлагает рецепт отличавшейся высокой вязкостью извести, делает под собор фундамент глубокого заложения и вводит смешанную кладку кирпича и блоков белого камня. Притом он не делает из своих приемов секретов, но обучает им местных каменщиков.