«Мне довелось активно участвовать в этом большом деле. В конце 1921 года по инициативе ЦК партии с группой работников Гомельской губчека я был направлен в Башкирию и выполнял там обязанности заместителя Председателя ЧК автономной республики. Нас послали туда в связи с тем, что в Башкирии не все шло гладко с созданием местного государственного аппарата, возникали разногласия на почве межнациональных отношений.
По приезде в Уфу мы, изучив обстановку, в корне изменили направление деятельности Башкирской ЧК, пресекли высокомерие, элементы великодержавного шовинизма, имевшие место в коллективе местных чекистов, ввели в аппарат ЧК национальные кадры, установили деловые отношения с ЦИК и Совнаркомом Башкирии. В короткий срок нам удалось нормализовать ситуацию и создать необходимые условия для становления и развития этой республики».
Хорошую память о себе оставил в Башкирии Владимир Павлович. При отъезде из Уфы ему вручили благодарственный адрес республики.
Так В. П. Алексеев впервые столкнулся с проблемами Востока, с которыми в дальнейшем был связан на протяжении всей своей разведывательной деятельности.
В 1923 году Владимира Павловича перевели в Москву, в Восточный отдел ОГПУ. Два года он работал там в должности уполномоченного под непосредственным руководством замечательного советского чекиста Якова Христофоровича Петерса. В этот период ему не раз приходилось видеть на работе, совещаниях и на отдыхе Дзержинского и его ближайших соратников.
Рассказывая о тех годах, А. П. Алексеев как-то обратил внимание на такой интересный факт, имевший, по его мнению, большое воспитательное значение для сотрудников ОГПУ:
Следует отметить, что Восточный отдел был специально создан в рамках ВЧК-ОГПУ в связи с особенностями чекистских задач, вытекавших из требований и установок партии по национальному вопросу. Позднее Я. Х. Петерс был направлен в Среднюю Азию с тем, чтобы на месте принимать меры по устранению различного рода осложнений, возникавших там на почве национальных отношений.
В 1923 году В. П. Алексеев поступил на Восточный факультет Военной академии им. М. В. Фрунзе, где в течение двух лет изучал японский язык без отрыва от основной работы в Восточном отделе. Выпускной экзамен по языку принимал у него выдающийся деятель международного коммунистического движения, основатель компартии Японии Сэн Катаяма.
В ноябре 1924 года на уполномоченного Восточного отдела ОГПУ В. П. Алексеева была составлена служебная характеристика, в которой, в частности, отмечалось:
«… Подбирать работников и руководить ими может. Инициативен. Энергичен и дисциплинирован. Обладает большой работоспособностью. Признавать свои ошибки не любит, хотя делает из них правильные выводы. Умеет настроить работников на выполнение задач. При проведении чекистских операций проявляет большую выдержку.
Учится на Восточном факультете академии, готовит себя для работы по Японии. Безусловно в дальнейшем может быть использован на более ответственной работе».
По мере подавления контрреволюционных выступлений внутри страны центр антисоветской деятельности к середине 1920-х годов начал постепенно перемещаться за границу, что потребовало от органов ОГПУ значительного усиления разведывательной работы за рубежом. В числе первых чекистов, переведенных из контрразведки на разведывательную работу, оказался и Алексеев. По окончании академии в 1925 году он был зачислен в аппарат Иностранного отдела ОГПУ.