Однако помимо военно-политических вопросов Центр волновали и другие, не менее важные проблемы. Еще в конце 1940 года из Москвы по инициативе начальника научно-технического подразделения разведки Леонида Романовича Квасникова в лондонскую резидентуру, а также в резидентуры в США и Германии, поступила директива приступить к получению сведений о возможных работах в этих странах по созданию атомного оружия. Проблема эта была новой, неизвестной. Кроме того, лично Л. Берия на первом этапе считал ее явно надуманной и расценивал как попытку отвлечь разведку от решения основных задач в условиях начавшейся в Европе войны. Но уже в сентябре 1941 года Вадим направляет в Центр доклад «Уранового комитета» премьер-министру У. Черчиллю. В этом документе говорилось о начале работ по созданию в Великобритании и США атомной бомбы, о ее предполагаемой конструкции и о перенесении в США центра тяжести исследований и производства в связи с военной обстановкой в Европе. Документ был получен Вадимом от Джона Кернкросса («Лист») и в дальнейшем сыграл важную роль в том, что в Москве всерьез отнеслись к проблеме создания атомного оружия.
Благодаря упорному труду Вадима и всех сотрудников его резидентуры, уже в 1942 году Центру стало ясно, что работа с «Кембриджской пятеркой» представляет особый интерес для внешней разведки. В связи с тем, что резидент был перегружен вопросами, связанными с руководством загранаппаратом, а также встречами с другими важными источниками, в Центре было принято решение о подключении к организации встреч с членами «пятерки» сотрудника резидентуры Бориса Михайловича Крешина. Он проводил конспиративные встречи с агентами, получал от них документальную разведывательную информацию, обрабатывал ее и на следующий день возвращал документы. Такая организация работы позволила значительно увеличить результативность источников и разгрузить резидента. Сам Вадим периодически проводил контрольные встречи с членами «Кембриджской пятерки» и руководил их работой.
Однако не все было безоблачно в работе с этими выдающимися разведчиками. В середине 1942 года Центр засомневался в искренности «пятерки». А дело заключалось в том, что А. Блант, являясь сотрудником британской контрразведки, с течением времени получил доступ к материалам ее дешифровальной службы — сверхсекретного отдела ISOS — Intelligence Source Oliver Srtachey, — что можно перевести как «Источник разведданных Оливера Стрейчи». Эта спецслужба была названа так по имени легендарного британского дешифровальщика времен Первой мировой войны О. Стрейчи, который в дальнейшем являлся экспертом британского МИД по кодам и шифрам, а в годы войны возглавлял ISOS.
Накануне нападения Германии на Польшу польской разведке удалось получить образец немецкой шифровальной машины «Энигма». С началом оккупации страны поляки передали машину англичанам, которые, используя ее, получили доступ ко всей шифрованной переписке гитлеровской Германии, в том числе к шифровкам абвера. Эта операция получила название «план «Ультра». Руководил ею начальник ISOS О. Стрейчи. Материалы операции были совершенно секретными и не поступали в другие отделы британской контрразведки (МИ-5). Однако благодаря А. Бланту Москва была в курсе переписки германских вермахта и абвера.
В одном из оперативных писем в Центр Б. Крешин упомянул о том, что А. Блант «связан с начальником русского отделения МИ-5 Шилитто, который утверждает, что британская контрразведка против нас фактически не работает». Эта фраза насторожила Центр и, как показало дальнейшее развитие событий, негативно отразилась на работе лондонской резидентуры с агентами. В ответ на донесение Б. Крешина о встречах с А. Блантом 26 августа 1942 года в Лондон пришло оперативное письмо, в котором Центр проанализировал всю его работу с «Кембриджской пятеркой». В нем отмечалось, что Ким Филби и Антони Блант «подозрительно преуменьшают работу английской разведки и контрразведки против советских представителей в стране». Центр считал это «абсурдом», поскольку, согласно материалам того же Бланта, МИ-5 «активно разрабатывает югославскую и шведскую дипломатические миссии, а нас — нет».
В последующих письмах с Лубянки отмечалась «неискренность» Бланта, поскольку-де в передаваемых им сводках наружного наблюдения британской контрразведки не фигурируют советские разведчики. Сотрудник Центра, который вел дело «пятерки», видимо, исходил из простой логики: если советская контрразведка держит под плотным «колпаком» британских представителей в Москве, то и британские спецслужбы обязаны поступать аналогичным образом.