К 1937 году Германия, окончательно отбросившая ограничения, налагавшиеся на нее Версальской системой, открыто готовилась к практической реализации своих захватнических планов в Европе, изложенных в «библии нацизма», книге Гитлера «Моя борьба». Кремль принимает решение сорвать сближение белогвардейской эмиграции с нацистами. Для этого предполагалось похитить генерала Миллера и доставить его в Москву.
В случае исчезновения Миллера, заменить его на посту руководителя РОВС, по мнению Центра, реально мог только генерал Скоблин, являвшийся агентом резидентуры НКВД в Париже (оперативный псевдоним «Фермер»), что позволило бы советской разведке полностью контролировать деятельность этой террористической белогвардейской организации.
Однако в 1937 году, в самый разгар «сталинских чисток», в план вносятся некоторые коррективы. Похищение Е. Миллера и тайная переправка его в Москву в Кремле уже связываются с организацией широкомасштабного судебного процесса над ним. Этот процесс, по мнению Сталина, был призван не только разоблачить связи белогвардейцев с нацистами, но и ослабить негативное впечатление международной общественности от организованных по его указанию политических процессов над опальными военными маршалами и генералами Красной Армии — Тухачевским, Егоровым, Блюхером, Уборевичем, Якиром, Корком и другими советскими военачальниками, «доказать» их связь с белогвардейской эмиграцией и иностранными спецслужбами.
Для организации похищения генерала Миллера в Париж прибыл заместитель начальника внешней разведки НКВД Сергей Шпигельглас. Во французскую столицу был также командирован из Испании резидент НКВД Александр Орлов. В операции принимал непосредственное участие и парижский резидент НКВД Георгий Косенко, находившийся в стране под прикрытием должности вице-консула и под фамилией Кислова, а также целый ряд сотрудников центрального аппарата разведки, специально командированных в Париж. Конечная цель операции перед ними не раскрывалась. Согласно разработанному плану, генерал Скоблин должен был заманить Миллера на конспиративную квартиру резидентуры якобы для переговоров с представилями гитлеровских спецслужб о налаживании сотрудничества с РОВС.
Акция чекистов завершилась, казалось бы, благополучно: Миллер был похищен 22 сентября 1937 года и затем доставлен в Гавр на борт советского теплохода «Мария Ульянова», который немедленно взял курс на Ленинград. Однако перед тем, как пойти на встречу, организованную Скоблиным, генерал Миллер оставил у себя на рабочем столе записку следующего содержания:
Поскольку генерал Миллер в штаб-квартиру РОВС не вернулся, вечером 22 сентября генерал Кусонский и заместитель Миллера адмирал Кедров вскрыли пакет с его запиской и вызвали к себе генерала Скоблина для объяснений. Скоблин поначалу отрицал сам факт своей встречи с Миллером. Однако после того, как адмирал Кедров предъявил ему записку Миллера и предложил пройти в полицейский участок для дачи показаний, Скоблин понял, что все рухнуло. Под благовидным предлогом он вышел из помещения РОВС и исчез. Некоторое время он скрывался на конспиративной квартире советской разведки в Париже, а затем на самолете, специально закупленном для этого Александром Орловым, был переправлен в Барселону, где вскоре погиб в результате бомбардировки города гитлеровской авиацией.
Миллер был доставлен во внутреннюю тюрьму НКВД на Лубянке, где содержался как заключенный N 110 и под именем Иванова Петра Васильевича до мая 1939 года. Однако к тому времени нужда в инсценированных политических процессах отпала, поскольку в воздухе явно пахло новой мировой войной. К маю 1939 года Германия не только совершила аншлюсс Австрии, Судетской области, но и полностью оккупировала Чехословакию, несмотря на гарантии ее безопасности со стороны Англии и Франции. Разведка НКВД располагала информацией о том, что следующей целью Гитлера будет Польша.