Ямагути пользовался немалой поддержкой государства, видимо, и благодаря своей тайной профессии. Если его учитель Мияги создавал на свои деньги первые секции Годзю-рю, преподавал в других странах мира и страдал, когда его ученики не видели за каскадами приёмов духовной сути каратэ, то Ямагути был другим человеком – одновременно самураем и ниндзя, столь же мужественным, сколь и хитрым. Для него каратэ стало одной из составных частей глобальной идеи – величия японского духа. Он мог радоваться, вспоминая победу японского флота над российским в Цусимском проливе, мог испытывать особое удовлетворение от того, что ударил коммуниста (обратим внимание – не хулигана, не нападающего, а именно идеологического врага). Все эти черты несовместимы с классическим образом мастера боевых искусств, хотя и близки самурайским идеалам.
Ямагути практически не поддерживал отношений с Окинавой, где было немало талантливых мастеров Годзю-рю. В свою очередь мир окинавского Годзю-рю, стоящий ближе к истокам истинного стиля, перестал признавать Ямагути, обвинив его едва ли не в самозванстве.
Это ничуть не смутило Ямагути Гогэна – человека весьма решительного. Он, не обращая внимания на Окинаву, самостоятельно создал в мае 1950 г. Всеяпонскую Ассоциацию каратэ-до Годзю-кай. Возникновение единой Ассоциации, президентом которой стал Ямагути Гогэн, положило конец всем «разночтениям» в Годзю-рю. Вскоре собралась комиссия, которая привела все ката к единому стандартному виду – тому, который практиковал сам Гогэн.
Сыновья Ямагути Гогэна продолжили дело отца. Старший сын Госэй и второй, Госэн, отправились в США, где открыли филиалы Годзю-кай, и сегодня Годзю-рю благодаря их деятельности особенно популярно в Калифорнии. А с 1963 г. начинают проводиться регулярные чемпионаты Японии по Годзю-рю.
Ямагути значительно меняет структуру Годзю-рю, вводя туда немало аспектов, являющихся абсолютно новыми для классического каратэ, но тем не менее проистекающими из самой сути духовного осознания Гогэном боевых искусств. Он объясняет, что в основе Годзю-рю – несколько составных частей: синтоизм, боевые искусства (собственно каратэ), йога и дзэнское созерцание. В техническом плане японское Годзю-рю состоит из следующих частей: базовые упражнения (кихон), базовые движения и связки (кихон идо), формальные комплексы (ката), свободные поединки (дзю-кумитэ).
Ката в этом стиле заметно отличаются от ката в стилях Сётокан, Сито-рю и Вадо-рю. Все ката подразделяются на подготовительные (дзюнби ката), базовые (кихон ката) и высшие ката, или «ката открытой руки» (кайсу ката). К подготовительным ката относятся несколько ката Тайкиёку, к базовым – знаменитые комплексы Сантин и Тэнсё, а к высшим ката – Сайфа, Сэйсин, Сансэру, Сисотин, Сэйсан, Сэйпай, Курурунфа, Супарумпэй. Всего в стиле 22 ката.
В Годзю-рю были включены дзэнская медитация и совершение дзэнских ритуалов, например молений в храме. Другой не менее важной частью стала йога, на основе которой построены практически все дыхательные упражнения в Годзю-рю. Ямагути привлекает в йоге то, что, по его мнению, она может сделать совершенными тело и дух. Он в равной степени практиковал и хатха-йогу (йогу физического тела, базирующуюся на позициях-асанах), и духовно-созерцательную йогу – раджа-йогу. Особенно много внимания в Годзю-рю уделяется дыхательному аспекту йоги – пранаяме, которая выполняется в различных позах-асанах. Примечательно, что учителями самого Ямагути в йоге были как японцы, так и европейцы, получившие наставления от учителей в Индии, в частности норвежец Пер Винтер.
Последователь школы Годзю-рю должен преодолеть пять аспектов жизни: желание наносить вред другим; сексуальные желания и стремление к удовольствиям; стремление к богатству и изобилию; незнание истинной Реальности и истинного Я; гордость своим благородным происхождением, благосостоянием и учёностью.
Первые шаги на этом пути заключаются в следовании простейшим морально-этическим наставлениям, которые составил Ямагути; теперь их заучивают наизусть в школах Годзю-рю. Каратист должен:
1. Гордиться тем, что изучает Годзю-рю.
2. Всегда правильно соблюдать ритуалы.
3. Воспитывать в себе силу и чистоту духа.
4. Воспитывать в себе дух солидарности, основанный на взаимной поддержке.
5. Уважать моральные традиции японского будо.