Историки называют разные даты, но тем не менее они укладываются в сравнительно узкий промежуток между понтификатами Иннокентия Третьего (1198—1216) и Григория Девятого (1227—1241).
Инквизиция обладала всем, что нужно для организации борьбы, да притом она с этой задачей и появилась на свете. Главной её целью была борьба с ересью. Вникая в сущность ереси, в её ухищрения и уловки, во все ходы и переходы, в которых она пряталась от преследования, инквизиция попутно и мимоходом глубоко вникла ив тайные науки. Ересь и тайная наука — две формы отступничества от господствующей религии; Ересь — это отступничество от догмата, а тайные науки — служение дьяволу. Значит, то и другое, с той точки зрения, на которой стояла инквизиция, одинаково подлежало искоренению.
Папа римский Иннокентий IV ввёл пытки при допросах инквизиции. С помощью пыток от людей добивались «признания» о связях с дьяволом.
Иннокентий VIII благословил буллой 1484 г. авторов книги «Молот ведьм» — немецких монахов Инститориса и Шпренгера. Эта книга служила инструкцией инквизиторам для преследования «ведьм» и «колдунов».
Сомнение в существовании дьявола или ведьм признавалось ересью и жестоко наказывалось. Церковь требовала, чтобы верили в дьявола и в ведовство.
В Трирском университете в конце XVI в. преподавал некий Корнелий Лоос. Это был теолог, усиленно боровшийся с протестантизмом. Он усомнился в возможности вмешательства дьявола в человеческие дела и в могуществе колдунов и имел несчастье изложить это в книге «Истинная и ложная магия». Хотя сомнения его носили весьма умеренный характер, книга была задержана в печати, рукопись конфискована, а сам Лоос брошен в тюрьму и подвергнут всевозможным унижениям. Выпущенный весной 1593 г. из тюрьмы, он вынужден был отречься на коленях перед собранием служителей церкви от своих взглядов. Всю свою остальную жизнь он оставался под бдительным надзором инквизиции и время от времени снова попадал в тюрьму. По словам самого жестокого его врага, иезуита Дельрио, «только смерть спасла его от колесования».
Из учения о существовании и активных действиях дьявола церковь делала практические выводы: всех, «одержимых» дьяволом, всех, «заключивших с дьяволом союз», нужно безжалостно уничтожать. Средневековые хроники полны сообщений о массовом сожжении ведьм в городах Германии, Франции, Австрии, Италии, Швейцарии, Испании и других государств.
Так, например, в Трирской области за шесть лет (1587—1593 гг.) в двадцати двух поселениях было сожжено 380 человек Имущество сожжённых было конфисковано. Иезуит Эльбуц не без гордости сообщал своему начальнику в 1607 г. из Трира, что он один отправил на казнь по меньшей мере двести ведьм.
Особенно свирепствовала инквизиция в Баварии. В графстве Верденфельде с 5 февраля 1590 г. по ноябрь того же года казнили 51 ведьму. В Аугсбургском епископстве с 1 августа 1590 г. по 13 мая 1592 г. было сожжено 68 ведьм «за любовную связь с дьяволом».
В Вюрцбурге при епископе Эренберге (1628—1631) было сожжено 209 ведьм. Среди казнённых были даже дети от четырёх до четырнадцати лет. В числе других были казнены: самый толстый мужчина, самая толстая женщина и самая красивая девушка, которая знала несколько языков и играла на нескольких музыкальных инструментах. И телесная полнота, и высокое духовное развитие были объявлены инквизиторами «от дьявола».
Как пишет немецкий историк Шерр в своей книге «История цивилизации Германии», «ко всем этим казням, известным нам по документам, мы должны присоединить ещё, по крайней мере, столько же казней, акты которых потеряны для истории. Тогда окажется, что каждый город, каждое прелатство, каждое дворянское имение в Германии зажигали костры, на которых погибали тысячи людей, обвиняемых в колдовстве. Мы не преувеличим, если определим число жертв в 100 000 человек».
В других странах происходило то же самое. В 1275 г. во Франции в Тулузе сожгли женщину по обвинению в сожительстве с дьяволом, в результате которого она якобы родила существо с головой волка и хвостом змеи. Вскоре после этого начались массовые сожжения ведьм: в 1320—1350 гг. в Каркассоне сожгли более 200 женщин, а к Тулузе — более 400. В Испании первое сожжение по обвинению в колдовстве было в 1507 г. В этом же году было сожжено более 30 женщин, а уже в 1609 г. — более 600 человек.
В 1520 г. папа Александр VI опубликовал буллу о ведьмах, адресованную инквизитору района Кома (в Италии). Папа писал, что в Ломбардии появилась секта, которая подчинилась дьяволу, отвергает католическое учение, топчет ногами крест, наносит вред животным и людям. Папа дал неограниченные полномочия инквизиторам в этом районе бороться с врагами веры.