Указ о создании опричнины был им издан немедленно по возвращении в столицу. Опричнина означала личный удел царя, остальная часть государства стала именоваться земщиной — ею управляла отныне Боярская дума. Политическим и административным центром опричнины стал «особый двор» со своей Боярской думой и приказами. В опричнине имелась также и особая казна. Первоначально в опричнину была взята тысяча (позже — уже 6 тыс.) в основном служилых людей, но были и представители некоторых старых княжеских и боярских родов. У опричников была особая эмблема в виде собачьей головы и метлы. Это означало, что опричник должен грызть «государевых изменников» и выметать измену. Но не карательная, а административная функция опричнины стала важным направлением ее деятельности. «Аз есмь царь, — говорил Грозный, — Божиим произволением, а не многомятежным человеческим хотением».
И конечно же, другой важнейшей задачей, стоявшей перед организацией, была защита монарха и государства. В состав опричнины входило особое опричное войско — своеобразная лейб-гвардия при царе. Отбор в него был весьма жесткий, и только «лучшие люди» имели шанс на зачисление в опричные полки. Комплектовались полки из преданных царю дворян и детей боярских «опричных» волостей и уездов. В 1565 году войско насчитывало 1 тыс. опричников. На 20 марта 1573 года в составе опричного двора царя Иоанна числилось 1854 человека. Из них 654 опричника составляли охранный корпус государя, остальные 1200 были разделены на четыре приказа, а именно: Постельный, ведающий обслуживанием помещений дворца и предметами обихода царской семьи; Бронный, то есть оружейный; Конюшенный, в ведении которого находилось огромное конское хозяйство дворца и царской гвардии, и Сытный — продовольственный.
С годами войско росло, так что через десять лет в его рядах состояло до 5–6 тыс. человек. По своему характеру оно было поместным: опричники получали за службу поместья во временное пользование и «государево» жалованье и давали клятву верности царю. Опричное войско было конным, снабженным к тому же и собственной артиллерией. Оно имело полковую структуру, а управлялось воеводами, которых царь назначал лично, а регулировалось опричным Разрядным (дворовым) приказом.
Безусловно, основной целью создания опричного войска была борьба с внутренней крамолой и сепаратистскими тенденциями, подавление и предупреждение мятежей. Кроме того, опричники несли порубежную службу, охраняя границы государства, и участвовали в войнах совместно с земским войском, находясь на самых ответственных или опасных участках и действуя как ударные отряды. При этом опричные полки объединялись с соответствующими земскими полками. Но временами опричное войско действовало против внешнего врага и самостоятельно. Несмотря на то, что этот «спецназ» был не очень многочисленным, он сыграл выдающуюся роль в защите России. В 1568 году охрану южной границы Русского государства несли только опричники. Большой, передовой и сторожевой полки располагались в Мценске, а полки правой и левой руки вместе с ертаульным (дозорным, разведывательным) — в Калуге.
Охрана царя была не единственной функцией уже упомянутых 600 особо приближенных к государю опричников. Эти люди в случае необходимости служили в роли доверенных царских порученцев, выполнявших охранные, разведывательные, следственные и карательные задачи. Видный советский историк И. И. Полосин считает, что опричнина обладала всеми основными признаками рыцарско-монашеского (или придворного) ордена, который имел свой орденский костюм, свою символику, свой орденский храм в Александровской Слободе, своего гроссмейстера, — которым, без сомнения, был царь, — и даже свою печать. Вот что он посчитал нужным отметить: «Даже внешний вид Александровской Слободы, ставшей как бы сердцем суровой брани за душу России, свидетельствовал о напряженности и полноте религиозного чувства ее обитателей. В ней все было устроено по типу иноческой обители — палаты, кельи, великолепная крестовая церковь (каждый кирпич ее был запечатлен знамением Честнаго и Животворящего Креста Господня). Ревностно и неукоснительно исполнял царь со своими опричниками весь строгий устав церковный».