Вскоре после получения Кенией независимости Кениата дал знать, что англичане не разрешили ему назначить Одингу в качестве министра финансов. Вместо этого Одинга стал министром внутренних дел, где ему пришлось решать вопрос об изменении конституции независимой Кении, в основу которой был положен региональный принцип. Кроме того, ему поручили депортировать Яна Гендерсона, офицера из числа белых, который ведал разведывательными делами в полиции, что сделало Одингу непопулярным у белых поселенцев. Впоследствии Гендерсон объявился в Бахрейне, где разрабатывал и внедрял сложную систему обеспечения внутренней безопасности.
После получения Кенией независимости Маккензи стал наиболее влиятельным человеком в стране из числа белых. Он был назначен министром сельского хозяйства и помог организовать международную конференцию по кофе, игравшему важную роль в экономике страны. Его позиция внушала уверенность в своем будущем белым поселенцам, которые начали испытывать беспокойство после окончательного ухода из страны англичан. Маккензи продолжал играть активную роль в военных делах и вопросах безопасности. До 1982 года основную угрозу стабильности Кении создавали непрекращающиеся политические убийства, которые подвергали серьезному испытанию структуру правящей партии КАНУ. Убийство в июле 1969 года вероятного преемника Кениаты Тома Мбойи и заключение Одинги под стражу вызвали широкие волнения. Союзу народа Кении, партии Одинги, отделившейся от КАНУ, было запрещено участвовать в предстоявших выборах. У администрации не было уверенности, в каком направлении будет развиваться ситуация, и спустя некоторое время Маккензи и министр обороны Ньёрогу Мунгаи прибыли в Лондон, чтобы договориться об использовании британских войск в случае возникновения беспорядков.
Смерть Мбойи нанесла серьезный удар по операциям [133] фонда «Ариэль» в Африке. Появившиеся за два года до этого в американском журнале «Рэмпертс» разоблачения финансирования ЦРУ международных студенческих организаций вызвали у национальных лидеров подозрения в отношении деятельности западных «благотворительных» групп. Это касалось и «Ариэля». «Ариэлем» был учрежден памятный Фонд Тома Мбойи, который действовал из штаб-квартиры «Ариэля» в Лондоне, в комитет которого входили два члена попечительского совета «Ариэля». Однако в 1976 году африканская программа фонда полностью провалилась. Пожертвования в фонд упали с 75 тысяч фунтов стерлингов в 1960 году до 25 тысяч фунтов стерлингов, и в основном это были вклады анонимных лиц. История «Ариэля» имеет определенное значение, поскольку подобный инструмент вполне может быть снова использован англичанами. Согласно сообщению журнала «Прайвит аи» за 1976 год, правительство Великобритании проявило интерес к созданию учреждения, подобного «Ариэлю», для «прикрытия сбора разведывательной информации и оказания тайной поддержки пробританским движениям».
В 1970 году Маккензи вышел из состава правительства. Он занял пост директора авиакомпании «Ист африкэн Эйруэйз», а позднее (после ее банкротства) — компании «Кения Эйруэйз». Будучи председателем совета директоров фирмы «Купер Моторз», занимавшейся продажей автомашин «фольксваген» и «лейленд» в Кении и Уганде, он поставлял лендроверы, а возможно, и броневики службам безопасности Кении. Эти подразделения были обучены англичанами в обмен на предоставление Великобритании определенных возможностей в военной области, в частности портов на побережье Индийского океана и тренировочных лагерей в джунглях около Ньери, примерно в 60 милях к северу от Найроби. Кенийские военные нередко жаловались на то, что англичане не полностью выполняют свои обязательства. У населения нет уверенности в том, что в случае гражданских беспорядков Великобритания не вмешается в дела Кении. Согласно неподтвержденным сообщениям, в марте 1975 года подразделение САС было переброшено в Кению в связи с волнениями, возникшими после убийства члена парламента Джозиа Кариуки, часто открыто выступавшего против правительства.
В начале 1978 года Маккензи вновь направился в Великобританию с целью организации приезда в Кению генерала Роланда Мэнса, который должен был оказать помощь в реорганизации кенийской армии и ее модернизации на случай возможных столкновений с Сомали. Предусматривалась также реорганизация кенийских разведывательных служб и доведение их действий до современного уровня. Однако осуществить это не удалось ввиду нехватки денег у британской стороны для финансирования данного проекта. Роль Маккензи в рейде [134] Израиля на аэродром Энтеббе сейчас хорошо известна. В основном она заключалась в обеспечении дозаправки израильских самолетов и оказании в кенийском аэропорту медицинской помощи пострадавшим.