Сам Иисус в этом произведении исполнен тайны. Идея о невыразимости сущности Иисуса присутствует в эпизоде, где Иисус спрашивает учеников, кому он подобен. Петр сравнивает его с ангелом, Матфей — с мудрым философом, Фома же говорит: "...мои уста никак не примут сказать, на кого ты похож". Тогда Иисус сообщает ему тайно некие слова, которые тот не решается передать другим ученикам. В этом эпизоде отразились споры о природе Иисуса, которые велись в христианстве в период создания первых евангелий. Сравнение Петра связано с представлениями о божественной сущности Иисуса; Матфей видит в нем человека, как видели в Иисусе человека, например, эбиониты. В ответе Фомы отражен гностический взгляд на сущность Иисуса, которая якобы не поддается определению и не нуждается в нем. Эту сущность можно передать только символически, и символ ее в Евангелии Фомы — разлитый повсюду свет. Интересно в этом отношении, как использован в Евангелии Фомы логий о повсеместном присутствии Иисуса. В упоминавшемся выше папирусном фрагменте этот логий выглядит так: человек не одинок "и где будет один сам с собою, я с ним. Подними камень, и там найдешь меня, рассеки дерево — и там". В Евангелии Фомы словам о камне и дереве предшествует совсем иная фраза, характеризующая сущность Иисуса: "Я — свет, который на всех. Я- все: все вышло из меня и все вернулось ко мне". Здесь мы видим типичное для всех евангелистов обращение с традицией: берутся знакомые слова и вставляются в контекст, меняющий их смысл, или к известным словам прибавляется соответствующее толкование — и поучение приобретает совсем иную направленность. Создатели христианских "священных" книг не только почитали себя вправе поступать так с тем, что они услышали от проповедников или прочитали в более ранних записях, но видели свою заслугу именно в том, что давали "истинное" понимание традиционных речений и преданий, их "единственно правильное" истолкование.