Двумя днями позже ночью вновь было замечено неизвестное судно. Поскольку оно несло ходовые огни, Рогге решил, что судно нейтральное, и не стал атаковать. На следующий день самолеты «Атлантиса» засекли еще одно судно. Рейдер выследил его и ночью атаковал. Были включены прожекторы, 5,9-дюймовые орудия открыли огонь, и от первого же залпа судно вспыхнуло. Были произведены еще пять залпов. Неприятель потерял трубу и мачту, закрепленный на его палубе самолет загорелся. Вскоре все судно уже было охвачено пламенем. Его команда спустила шлюпки, но судно продолжало ходить кругами – у него заклинило руль. Внезапно возникла опасность, что оно может протаранить «Атлантис». Рогге выпустил торпеду, стремясь потопить пылающее судно, но у торпеды отказал гироскоп, она развернулась и двинулась обратно к «Атлантису», который, как говорится в военном дневнике, «оказался в незавидном положении, ибо к нему на скорости в пять узлов направлялось пылающее судно, а кружащая торпеда подходила все ближе и ближе».
Взбунтовавшаяся торпеда проскочила прямо у носа «Атлантиса». Вторая торпеда прошла мимо мишени, но третья все же попала в корму пылающего судна и потопила его. После этого началась работа по вылавливанию уцелевших. В темноте это нелегко было сделать, так как на шлюпках не было света. В конце концов Рогге удалось всех подобрать, и спасенные британские моряки рассказали, что их судно «Трафальгар» (4530 брт) везло 4500 тонн угля и два самолета. У него не было времени подать сигнал тревоги.
Пленные были перевезены с «Атлантиса» на «Бабитонгу», которая отправилась на встречу с танкером снабжения подлодок «Эссо Гамбург». «Бабитонга» должна была пополнить свои запасы с этого судна, а также запасы «Эгерланда».
В это время SKL приказал «Атлантису» продолжать действовать на южноамериканских торговых путях и в северной части маршрута Кейптаун – Фритаун до конца июня, когда ему была назначена встреча с «Орионом».
11 июня после капитального ремонта двигателей и очередной смены маскировки «Атлантис» пустился в путь. 16 июня он отпраздновал 445 суток пребывания в открытом море – рекорд, установленный «Вольфом» во время Первой мировой войны. За это время «Атлантис» прошел 71 411 миль.
На следующий день воздушная разведка засекла судно в направлении на юго-юго-восток, и Рогге вновь предпринял ночную атаку. Судно очень высоко сидело в воде и было выкрашено в светло-серый цвет. Артиллеристы «Атлантиса» недооценили расстояние, и атакованное судно успело дать в эфир сигнал RRR.
После 39 выстрелов «Атлантис» прекратил огонь, поскольку неприятель остановился и начал спускать шлюпки. Рогге подошел поближе, чтобы потопить его торпедой, но торпеды вновь подвели его. Две из них прошли мимо мишени, а третья ударила слишком далеко к носу, чтобы произвести большие разрушения, так что топить судно Рогге пришлось орудийным огнем. «Атлантис» подобрал 29 уцелевших членов команды, было известно о пяти погибших, а еще 17 человек были в шлюпке, обнаружить которую не удалось. Через два месяца эту шлюпку вынесло на берег возле Рио; в ней никого не было. Потопленное судно «Тотенхем» из Лондона (4640 брт) направлялось из Соединенного Королевства в Александрию через мыс Доброй Надежды. На борту находился самолет, запчасти для самолетов, провизия, трактора и автомобили.
Подобрав всех уцелевших, кого удалось найти, «Атлантис» полным ходом поспешил прочь с места событий, направляясь на юго-восток. Четверо суток он медленно крейсировал вдоль путей, ведущих в Монтевидео, Пернамбуку, Фритаун и Кейптаун, прислушиваясь к оживленным радиопереговорам.
Внезапно пришли новости о потере трех судов снабжения «Атлантиса». «Эссо Гамбург» и «Эгерланд» были потоплены в начале июня крейсером «Лондон», а «Альштертор», перехваченный самолетом и эсминцами, затоплен возле мыса Финистерре. Пленники, захваченные «Атлантисом», при этом получили свободу, а важные бумаги попали в руки британцев. В их числе был, например, военный дневник «Пингвина», различные коды, шифры и другие конфиденциальные документы, в том числе и захваченные с британских судов.